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万見
- EMDB-15641: Structure of the Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15641
タイトルStructure of the Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E-gene lysed E. coli cells.
マップデータNative Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli using subtomo averaging, cubic map without filtering or masking
試料
  • 複合体: Native Chemotaxis Core Signalling Complex
    • タンパク質・ペプチド: Chemotaxis protein CheA
キーワードChemotaxis Core Signalling Complex from E. coli / Chemotaxis / Signal Transduction / Chemoreceptor / Core signaling complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein histidine kinase activity / negative regulation of protein modification process / detection of chemical stimulus / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / protein histidine kinase activity / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / protein trimerization / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis ...regulation of protein histidine kinase activity / negative regulation of protein modification process / detection of chemical stimulus / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / protein histidine kinase activity / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / protein trimerization / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / cell tip / regulation of chemotaxis / thermotaxis / signal complex assembly / receptor clustering / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / establishment of localization in cell / cellular response to amino acid stimulus / cell motility / protein homooligomerization / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / protein domain specific binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis protein CheW / CheY binding / CheY binding / Methyl-accepting chemotaxis protein, four helix bundle domain superfamily / Homologues of the ligand binding domain of Tar / Chemotaxis methyl-accepting receptor, methyl-accepting site / Bacterial chemotaxis sensory transducers signature. / Chemotaxis methyl-accepting receptor Tar-related, ligand-binding / Tar ligand binding domain homologue / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain ...Chemotaxis protein CheW / CheY binding / CheY binding / Methyl-accepting chemotaxis protein, four helix bundle domain superfamily / Homologues of the ligand binding domain of Tar / Chemotaxis methyl-accepting receptor, methyl-accepting site / Bacterial chemotaxis sensory transducers signature. / Chemotaxis methyl-accepting receptor Tar-related, ligand-binding / Tar ligand binding domain homologue / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / : / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein I / Chemotaxis protein CheA / Chemotaxis protein CheW
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Qin Z / Zhang P
資金援助 英国, 米国, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBSRC: B5R00550 B500.01 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1 英国
European Research Council (ERC)101021133European Union
引用ジャーナル: mBio / 年: 2023
タイトル: Structure of the native chemotaxis core signaling unit from phage E-protein lysed cells.
著者: C Keith Cassidy / Zhuan Qin / Thomas Frosio / Khoosheh Gosink / Zhengyi Yang / Mark S P Sansom / Phillip J Stansfeld / John S Parkinson / Peijun Zhang /
要旨: Bacterial chemotaxis is a ubiquitous behavior that enables cell movement toward or away from specific chemicals. It serves as an important model for understanding cell sensory signal transduction and ...Bacterial chemotaxis is a ubiquitous behavior that enables cell movement toward or away from specific chemicals. It serves as an important model for understanding cell sensory signal transduction and motility. Characterization of the molecular mechanisms underlying chemotaxis is of fundamental interest and requires a high-resolution structural picture of the sensing machinery, the chemosensory array. In this study, we combine cryo-electron tomography and molecular simulation to present the complete structure of the core signaling unit, the basic building block of chemosensory arrays, from . Our results provide new insight into previously poorly-resolved regions of the complex and offer a structural basis for designing new experiments to test mechanistic hypotheses.
履歴
登録2022年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli using subtomo averaging, cubic map without filtering or masking
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 527.04 Å		2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 527.04 Å		2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 527.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.745 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.2987305 - 0.46617848
平均 (標準偏差)-0.000000000004459 (±0.04120924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 527.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli...

ファイルemd_15641_half_map_1.map
注釈Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli using subtomo averaging, cubic half map without filtering or masking
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli...

ファイルemd_15641_half_map_2.map
注釈Native Chemotaxis Core Signalling Complex from E. coli using subtomo averaging, cubic half map without filtering or masking
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native Chemotaxis Core Signalling Complex

全体名称: Native Chemotaxis Core Signalling Complex
要素
  • 複合体: Native Chemotaxis Core Signalling Complex
    • タンパク質・ペプチド: Chemotaxis protein CheA

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超分子 #1: Native Chemotaxis Core Signalling Complex

超分子名称: Native Chemotaxis Core Signalling Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Chemotaxis protein CheA

分子名称: Chemotaxis protein CheA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: E. coli histidine kinase CheA / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSMDISDFYQ TFFDEADELL ADMEQHLLVL QPEAPDAEQL NAIFRAAHSI KGGAGTFGFS VLQETTHLME NLLDEARRGE MQLNTDIINL FLETKDIMQE QLDAYKQSQE PDAASFDYIC QALRQLALEA KGETPSAVTR LSVVAKSEPQ DEQSRSQSPR RIILSRLKAG ...文字列:
MSMDISDFYQ TFFDEADELL ADMEQHLLVL QPEAPDAEQL NAIFRAAHSI KGGAGTFGFS VLQETTHLME NLLDEARRGE MQLNTDIINL FLETKDIMQE QLDAYKQSQE PDAASFDYIC QALRQLALEA KGETPSAVTR LSVVAKSEPQ DEQSRSQSPR RIILSRLKAG EVDLLEEELG HLTTLTDVVK GADSLSAILP GDIAEDDITA VLCFVIEADQ ITFETVEVSP KISTPPVLKL AAEQAPTGRV EREKTTRSNE STSIRVAVEK VDQLINLVGE LVITQSMLAQ RSSELDPVNH GDLITSMGQL QRNARDLQES VMSIRMMPME YVFSRYPRLV RDLAGKLGKQ VELTLVGSST ELDKSLIERI IDPLTHLVRN SLDHGIELPE KRLAAGKNSV GNLILSAEHQ GGNICIEVTD DGAGLNRERI LAKAASQGLT VSENMSDDEV AMLIFAPGFS TAEQVTDVSG RGVGMDVVKR NIQKMGGHVE IQSKQGTGTT IRILLPLTLA ILDGMSVRVA DEVFILPLNA VMESLQPREA DLHPLAGGER VLEVRGEYLP IVELWKVFNV AGAKTEATQG IVVILQSGGR RYALLVDQLI GQHQVVVKNL ESNYRKVPGI SAATILGDGS VALIVDVSAL QAINREQRMA NTAA

UniProtKB: Chemotaxis protein CheA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 5100
抽出トモグラム数: 33 / 使用した粒子像数: 20000
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PROTOMO (ver. 0.9)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8c5v:
Chemotaxis core signalling unit from E protein lysed E. coli cells

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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