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万見
- EMDB-1541: Visualization of the hybrid state of tRNA binding promoted by spo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1541
タイトルVisualization of the hybrid state of tRNA binding promoted by spontaneous ratcheting of the ribosome
マップデータHybrid configuration pre-translocational ribosome
試料
  • 試料: Hybrid state pre-translocational ribosome
  • 複合体: 70S prokaryote ribosome
キーワードHybrid state tRNA configuration / pre-translocational ribosome / spontaneous ratchet motion
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Agirrezabala X / Lei J / Brunelle JL / Ortiz-Meoz RF / Green R / Frank J
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2008
タイトル: Visualization of the hybrid state of tRNA binding promoted by spontaneous ratcheting of the ribosome.
著者: Xabier Agirrezabala / Jianlin Lei / Julie L Brunelle / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Rachel Green / Joachim Frank /
要旨: A crucial step in translation is the translocation of tRNAs through the ribosome. In the transition from one canonical site to the other, the tRNAs acquire intermediate configurations, so-called ...A crucial step in translation is the translocation of tRNAs through the ribosome. In the transition from one canonical site to the other, the tRNAs acquire intermediate configurations, so-called hybrid states. At this stage, the small subunit is rotated with respect to the large subunit, and the anticodon stem loops reside in the A and P sites of the small subunit, while the acceptor ends interact with the P and E sites of the large subunit. In this work, by means of cryo-EM and particle classification procedures, we visualize the hybrid state of both A/P and P/E tRNAs in an authentic factor-free ribosome complex during translocation. In addition, we show how the repositioning of the tRNAs goes hand in hand with the change in the interplay between S13, L1 stalk, L5, H68, H69, and H38 that is caused by the ratcheting of the small subunit.
履歴
登録2008年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年8月18日-
マップ公開2009年8月27日-
更新2013年5月8日-
現状2013年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1541.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hybrid configuration pre-translocational ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 250 pix.
= 375. Å		1.5 Å/pix.
x 250 pix.
= 375. Å		1.5 Å/pix.
x 250 pix.
= 375. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 30.0 / ムービー #1: 31
最小 - 最大-117.195213319999993 - 293.753967289999991
平均 (標準偏差)5.17587709 (±27.60373306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 375.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.000375.000375.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-120-120-120
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-117.195293.7545.176

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hybrid state pre-translocational ribosome

全体名称: Hybrid state pre-translocational ribosome
要素
  • 試料: Hybrid state pre-translocational ribosome
  • 複合体: 70S prokaryote ribosome

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超分子 #1000: Hybrid state pre-translocational ribosome

超分子名称: Hybrid state pre-translocational ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: HiFi buffer, 3.5 mM Mg2 / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 3
分子量実験値: 2.6 MDa / 理論値: 2.6 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: 70S prokaryote ribosome

超分子名称: 70S prokaryote ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Ribosome / 詳細: Pre-translocational ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量実験値: 2.6 MDa / 理論値: 2.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: HiFi (50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT)
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-sample
グリッド詳細: Quantifoil 2/4
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 80.7 K / 最高: 80.7 K / 平均: 80.7 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: No energy filter
詳細Automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x)
日付2007年4月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x) TVIPS TemCam-F415
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 58269 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Supervised classification
CTF補正詳細: Defocus groups, Wiener filter
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Supervised classification / 使用した粒子像数: 158969
最終 角度割当詳細: Spider
最終 2次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

2avy
PDB 未公開エントリ

,

2aw4
PDB 未公開エントリ

,

2j00
PDB 未公開エントリ

,

1gix
PDB 未公開エントリ

,

1lbk

)
ソフトウェア名称: CNS
詳細Protocol: Real-space refinement. 1lBK(1989-1996 fragment)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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