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- EMDB-15313: Complex III2 from Yarrowia lipolytica, atovaquone and antimycin A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15313
タイトルComplex III2 from Yarrowia lipolytica, atovaquone and antimycin A bound
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Complex III2, atovaquone and antimycin A bound
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista ...mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / nuclear periphery / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
YALI0F24673p / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / YALI0C12210p / Complex III subunit 9 / quinol--cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wieferig JP / Kuhlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023
タイトル: Analysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III by cryo-EM.
著者: Jan Philip Wieferig / Werner Kühlbrandt /
要旨: Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain ...Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain towards the electron acceptor cytochrome c. We present cryo-EM structures of CIII from Yarrowia lipolytica at resolutions up to 2.0 Å under different conditions, with different redox states of the cofactors of the high-potential chain. All possible permutations of three primary positions were observed, indicating that the two halves of the dimeric complex act independently. Addition of the substrate analogue decylubiquinone to CIII with a reduced high-potential chain increased the occupancy of the Q site. The extent of Rieske domain interactions through hydrogen bonds to the cytochrome b and cytochrome c subunits varied depending on the redox state and substrate. In the absence of quinols, the reduced Rieske domain interacted more closely with cytochrome b and cytochrome c than in the oxidized state. Upon addition of the inhibitor antimycin A, the heterogeneity of the cd-helix and ef-loop increased, which may be indicative of a long-range effect on the Rieske domain.
履歴
登録2022年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15313.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.046434287 - 0.0865261
平均 (標準偏差)0.00017639836 (±0.0040679704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 301.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15313_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15313_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex III2, atovaquone and antimycin A bound

全体名称: Complex III2, atovaquone and antimycin A bound
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Complex III2, atovaquone and antimycin A bound
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: YALI0F24673p
    • タンパク質・ペプチド: YALI0A14806p
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: YALI0A17468p
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: YALI0C12210p
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: [(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 3-methylbutanoate
  • リガンド: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: Complex III2, atovaquone and antimycin A bound

超分子名称: Complex III2, atovaquone and antimycin A bound / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)

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分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 43.409406 KDa
配列文字列: MALRKKNSLL NMANSYVLDS PQPSNLNYFW NFGSLLALCL VIQLATGITL AMHYTSHASL AFDSVEHIMR DVNFGWFIRY AHANTASFF FICIYAHMGR NIYYGSYKTP RVLPWSIGVI IFLLLIITAF MGYVLVFGQM SLWGATVICN LVSAIPWLGE D IVHFLWGG ...文字列:
MALRKKNSLL NMANSYVLDS PQPSNLNYFW NFGSLLALCL VIQLATGITL AMHYTSHASL AFDSVEHIMR DVNFGWFIRY AHANTASFF FICIYAHMGR NIYYGSYKTP RVLPWSIGVI IFLLLIITAF MGYVLVFGQM SLWGATVICN LVSAIPWLGE D IVHFLWGG FSVGNPTLQR FFALHYLMPF VLAVFALLHL IALHTAGSSN PLGITSNVDK LSMHPYYSFK DLITVFAFLL MF TLFVFFS PDKLGHPDNY IPANPMVTPA SIVPEWYLLP FYAILRAIPD KLGGVIAMVA AILILLILPI VDRSIIRGNA FKP ISKLLF GFFICNFLLL GVLGQVHIEP PFIVLGQICT IFYFSYFLIL LPMVSTIENI FFYIGSLRK

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 24.563213 KDa
配列文字列: MSLLRTAAQA VKAPKAYTPL VAAKAFAQTR SVSSQPIGGK STYKIPDFTP YLKKDRNTDA NRLFSYFMIG SFGMLSAAGA KATVQDFLS NMSASADVLA MAKVEVKLGA IPLGKNVIIK WRGKPIFIRH RTSEEIEEAN EVNVATLRDP QTDDERVQKP E WLVMIGVC ...文字列:
MSLLRTAAQA VKAPKAYTPL VAAKAFAQTR SVSSQPIGGK STYKIPDFTP YLKKDRNTDA NRLFSYFMIG SFGMLSAAGA KATVQDFLS NMSASADVLA MAKVEVKLGA IPLGKNVIIK WRGKPIFIRH RTSEEIEEAN EVNVATLRDP QTDDERVQKP E WLVMIGVC THLGCVPIGE AGDFGGWFCP CHGSHYDISG RIRRGPAPLN LEIPEYDFAD AETLVIG

+
分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 14.675995 KDa
配列文字列:
MASITSVVKT SELILKSPLL SKIVVPLAKT YVKFSGYRQL GFKMNDLIIE ETPNMQLALR RLPPTESYDR VYRLIRATQF SLSHKLATG NDITKPEEDD HYLIPYILDV EAEAFEKDAL DNLEVVKRK

+
分子 #4: YALI0F24673p

分子名称: YALI0F24673p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 15.789444 KDa
配列文字列:
MSYFLTLASE VAESLLPTVA FASEEEKEQD EPVEVESDDD ESEEKEDDDE EEDEDDDDDD DDDEVPDPAI ALHEAAAEGP CHDFKHHFD ECVERVTKAQ EAEDYDHAEY KEDCVEEFFH LQHCINDNTA DKLFRVLK

+
分子 #5: YALI0A14806p

分子名称: YALI0A14806p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 52.846945 KDa
配列文字列: MNSLLRLPAL KRGVFTMSKR GLATTVSPKT RTSNLKNGLT IASESNPLVQ TATVGVWIDA GSRNENAYNN GTAHFFEHLA FKGTDKRSQ HQLELDIENM GGHLNAYTSR ESTVYYAKSF KDDVPKSVEI LADILQHSKL AESAIDRERE VITRELEEVN K QYEEVVFD ...文字列:
MNSLLRLPAL KRGVFTMSKR GLATTVSPKT RTSNLKNGLT IASESNPLVQ TATVGVWIDA GSRNENAYNN GTAHFFEHLA FKGTDKRSQ HQLELDIENM GGHLNAYTSR ESTVYYAKSF KDDVPKSVEI LADILQHSKL AESAIDRERE VITRELEEVN K QYEEVVFD HLHATAFMNQ PLGRTILGPR ENIQTITNTE LRKFITENYT ADRMVLVGAG AVDHDALVEL AEKYFSHLPS SQ SPVPLGT PRSSGEDANQ NPIPNFVGSE VRLRDDTMPV AHIAIAVEGV SWTSEDYYTA LVAQAIIGNY DRAVGTSRHQ GSR LSNIVS ENNLANSFQS FSTSYSDTGL WGIYLTSENT TQIDDLVHFT LKEWNRLSTS VSNLQVERAK SQLKAGLLLS LDGT TYVAE DIGRQLTTLG RRVTPAEVEA KLEAVTEHDV RAWAQKTLYD KDIALVGLGP IEGLYDYNRI RNDMSMMRW

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 44.27784 KDa
配列文字列: MTRGVPRLAV AARHFSTAEA AGVKVAAQDG QSPISDLSVV LRGGSRYATV PGVSHILEKF AFQNTVPKSA LRFVRELELF GGKLYTHTT REHIVLRTQF LKQDLPYFVD AFANVLKETK FQQFELTERV APVAELDLLK RESDPAFTAL EAAHEVAFRT G LGNSVYAQ ...文字列:
MTRGVPRLAV AARHFSTAEA AGVKVAAQDG QSPISDLSVV LRGGSRYATV PGVSHILEKF AFQNTVPKSA LRFVRELELF GGKLYTHTT REHIVLRTQF LKQDLPYFVD AFANVLKETK FQQFELTERV APVAELDLLK RESDPAFTAL EAAHEVAFRT G LGNSVYAQ GYSPVTLEDV KEFARQVYAK QNVAVVGNNV VPADLQQLVG TAFADLQEGS KVTQAGTTTL HGGEARVRTS TG NALTIAL PIAEPKPVYH ALASFLGGPA SMPWSVGASP LAQATVGTHT SVKATYHNYG DAGLFAITIK GDSPAEISQV AHK AVQALK DTGAEVTEEQ AARAYAKSKF AAAEAFENPD SSASVIGMEL LSGVSRIAPE NVQKFTPAEL SEAAAQLSAS AKPV VAAVG QVHALPFADE LF

+
分子 #7: YALI0A17468p

分子名称: YALI0A17468p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 36.555605 KDa
配列文字列: MRRRRIGVWP ENRRVSRLWV SLSPRSCVTC PVPTNQNPPI NNHHTPILTQ MFKAIPLRQA LLGISSAVCA GATTTYYYTT KAEAMTAAE HGLHPAEYPW PQNGMLSTFD HASLRRGYQV YKEVCAACHS LDRIAWRNLV GVTHTTDEAK AFAEELEYDD E PDDEGNPR ...文字列:
MRRRRIGVWP ENRRVSRLWV SLSPRSCVTC PVPTNQNPPI NNHHTPILTQ MFKAIPLRQA LLGISSAVCA GATTTYYYTT KAEAMTAAE HGLHPAEYPW PQNGMLSTFD HASLRRGYQV YKEVCAACHS LDRIAWRNLV GVTHTTDEAK AFAEELEYDD E PDDEGNPR KRPGKLADYI PGPYPNEQAA RAANQGALPP DLSLIAKARH GGADYIFALL TGYPDEPPAG VVLAPGMNYN PY FPGGGIG MARTLFDGVV EYEDGTPATT SQMAKDVAAF LTWAAEPEHD ERKKLGLKAI IVISAMLGLS VYIKKFKWSP IKN RKFIYN PPKN

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 10.46397 KDa
配列文字列:
MGGNGHYMGW WGHMGSPPQK GIAGYTISPF AARPFAGVVH AAIFNTFRRT KNQALFVILP VSFFYYVWTQ ASEKNEWLYT KAGRHELAK ALAE

+
分子 #9: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 8.038856 KDa
配列文字列:
MAWATTFYNV FVKRNSAFVA TILASAFVFD MTFETAIDNF WDRINAGKQW KDIRHKYIEA AGDDDEDDE

+
分子 #10: YALI0C12210p

分子名称: YALI0C12210p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 9.114678 KDa
配列文字列:
MICGEGDYVK KPSYKIVPHF LGFNIPTVSK WIPIFGIWGA AAGIGALFLI EGVPRTRQDI LSKIPIIGEH WIREIPASDN PF

+
分子 #11: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #12: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #13: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #14: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 10 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #15: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #16: [(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino...

分子名称: [(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 3-methylbutanoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: AWB
分子量理論値: 548.625 Da
Chemical component information

ChemComp-AWB:
[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 3-methylbutanoate / アンチマイシンA1b

+
分子 #17: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione

分子名称: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: AOQ
分子量理論値: 366.837 Da
Chemical component information

ChemComp-AOQ:
2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / アトバコン / 薬剤, Antimicrobial*YM

+
分子 #18: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #19: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: XP4
分子量理論値: 591.777 Da
Chemical component information

ChemComp-XP4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / DMPA, リン脂質*YM

+
分子 #20: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 35394
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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