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- EMDB-1525: Structure of Thermusphage P23-77 using electron cryomicroscopy an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1525
タイトルStructure of Thermusphage P23-77 using electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction
マップデータThis is a 14 A resolution cryo-EM reconstruction of Thermusphage P23-77
試料
  • 試料: Thermusphage P23-77
  • ウイルス: Thermus phage P23-77 (ファージ)
キーワードIcosahedral thermophilic bacterial virus
生物種Thermus phage P23-77 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Jaatinen ST / Happonen LJ / Laurinmaki P / Butcher SJ / Bamford DH
引用ジャーナル: Virology / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural characterisation of membrane-containing icosahedral dsDNA bacteriophages infecting thermophilic Thermus thermophilus.
著者: S T Jaatinen / L J Happonen / P Laurinmäki / S J Butcher / D H Bamford /
要旨: Icosahedral dsDNA viruses isolated from hot springs and proposed to belong to the Tectiviridae family infect the gram-negative thermophilic Thermus thermophilus bacterium. Seven such viruses were ...Icosahedral dsDNA viruses isolated from hot springs and proposed to belong to the Tectiviridae family infect the gram-negative thermophilic Thermus thermophilus bacterium. Seven such viruses were obtained from the Promega Corporation collection. The structural protein patterns of three of these viruses, growing to a high titer, appeared very similar but not identical. The most stable virus, P23-77, was chosen for more detailed studies. Analysis of highly purified P23-77 by thin layer chromatography for neutral lipids showed lipid association with the virion. Cryo-EM based three-dimensional image reconstruction of P23-77 to 1.4 nm resolution revealed an icosahedrally-ordered protein coat, with spikes on the vertices, and an internal membrane. The capsid architecture of P23-77 is most similar to that of the archaeal virus SH1. These findings further complicate the grouping of icosahedrally-symmetric viruses containing an inner membrane. We propose a single superfamily or order with members in several viral families.
履歴
登録2008年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月12日-
マップ公開2010年1月26日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1525.gif

emd_1525.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈This is a 14 A resolution cryo-EM reconstruction of Thermusphage P23-77
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 401 pix.
= 1122.8 Å		2.8 Å/pix.
x 401 pix.
= 1122.8 Å		2.8 Å/pix.
x 401 pix.
= 1122.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 6480.0 / ムービー #1: 7000
最小 - 最大-16509.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)-34.956800000000001 (±3684.760000000000218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ401401401
Spacing401401401
セルA=B=C: 1122.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z401401401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1122.8001122.8001122.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS401401401
D min/max/mean-16509.00032443.000-34.957

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermusphage P23-77

全体名称: Thermusphage P23-77
要素
  • 試料: Thermusphage P23-77
  • ウイルス: Thermus phage P23-77 (ファージ)

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超分子 #1000: Thermusphage P23-77

超分子名称: Thermusphage P23-77 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified on a sucrose gradient, and stored at 28 C prior to plunging.
集合状態: 1 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Thermus phage P23-77

超分子名称: Thermus phage P23-77 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Thermusphage P23-77 / NCBI-ID: 668994 / 生物種: Thermus phage P23-77 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Thermusphage P23-77
宿主生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 780 Å / T番号(三角分割数): 28

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 1mM MgCl2, 0.1 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Vitrified. Grids were blotted for roughly one second before being plunged into liquid ethane.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, Quantifoil R2/2 holey
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Guillotine
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
詳細Low dose conditions.
日付2007年3月19日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 25
詳細: Images were scanned at 7 microns, and binned by 2 to 14 microns step size.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49300 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program (ETHAN).
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT, POR, EM3DR2, P3DR / 使用した粒子像数: 880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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