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- EMDB-15219: PAPP-A dimer in complex with endogenous STC2 inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15219
タイトルPAPP-A dimer in complex with endogenous STC2 inhibitor.
マップデータPrimary, sharpened map of the PAPP-A dimer in complex with STC2 dimer. Refinement focused on the dimerization region
試料
  • 複合体: PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer
    • 複合体: Pregnancy-associated plasma protein A
      • タンパク質・ペプチド: PAPP-A
    • 複合体: Stanniocalcin-2
      • タンパク質・ペプチド: Stanniocalcin 2
キーワードMetzincin metalloprotease Inhibitor complex / HYDROLASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.02 Å
データ登録者Kobbero SD / Oxvig C / Gajhede M / Boesen T
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the proteolytic enzyme PAPP-A with the endogenous inhibitor stanniocalcin-2 reveals its inhibitory mechanism.
著者: Sara Dam Kobberø / Michael Gajhede / Osman Asghar Mirza / Søren Kløverpris / Troels Rønn Kjær / Jakob Hauge Mikkelsen / Thomas Boesen / Claus Oxvig /
要旨: The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single- ...The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we here report the structure of PAPP-A in complex with its endogenous inhibitor, stanniocalcin-2 (STC2), neither of which have been reported before. The highest resolution (3.1 Å) was obtained for the STC2 subunit and the N-terminal approximately 1000 residues of the PAPP-A subunit. The 500 kDa 2:2 PAPP-A·STC2 complex is a flexible multidomain ensemble with numerous interdomain contacts. In particular, a specific disulfide bond between the subunits of STC2 and PAPP-A prevents dissociation, and interactions between STC2 and a module located in the very C-terminal end of the PAPP-A subunit prevent binding of its main substrate, IGFBP-4. While devoid of activity towards IGFBP-4, the active site cleft of the catalytic domain is accessible in the inhibited PAPP-A·STC2 complex, as shown by its ability to hydrolyze a synthetic peptide derived from IGFBP-4. Relevant to multiple human pathologies, this unusual mechanism of proteolytic inhibition may support the development of specific pharmaceutical agents, by which IGF signaling can be indirectly modulated.
履歴
登録2022年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary, sharpened map of the PAPP-A dimer in complex with STC2 dimer. Refinement focused on the dimerization region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.6 Å		1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.6 Å		1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18594 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.11998253 - 0.22352219
平均 (標準偏差)0.0012110415 (±0.01281748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 303.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Raw, unsharpened map of the PAPP-A dimer in...

ファイルemd_15219_additional_1.map
注釈Raw, unsharpened map of the PAPP-A dimer in complex with STC2 dimer. Refinement focused on the dimerization region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the PAPP-A dimer in...

ファイルemd_15219_half_map_1.map
注釈Half map A of the PAPP-A dimer in complex with STC2 dimer. Refinement focused on the dimerization region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the PAPP-A dimer in...

ファイルemd_15219_half_map_2.map
注釈Half map B of the PAPP-A dimer in complex with STC2 dimer. Refinement focused on the dimerization region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer

全体名称: PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer
要素
  • 複合体: PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer
    • 複合体: Pregnancy-associated plasma protein A
      • タンパク質・ペプチド: PAPP-A
    • 複合体: Stanniocalcin-2
      • タンパク質・ペプチド: Stanniocalcin 2

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超分子 #1: PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer

超分子名称: PAPP-A dimer in complex with its endogenous inhibitor STC2 dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Inhibited proteolytic complex generated by harvest of serum media, purifying on a nickel column followed by negative affinity purification and size-exclusion chromatography.
分子量理論値: 100 KDa

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超分子 #2: Pregnancy-associated plasma protein A

超分子名称: Pregnancy-associated plasma protein A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Homodimer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: ubiquitous / 細胞中の位置: extracellular

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超分子 #3: Stanniocalcin-2

超分子名称: Stanniocalcin-2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Homodimer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: ubiquitous / 細胞中の位置: extracellular

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分子 #1: PAPP-A

分子名称: PAPP-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pre-pro-peptide / 光学異性体: LEVO / EC番号: pappalysin-1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLWSWVLHL GLLSAALGCG LAERPRRARR DPRAGRPPRP AAGPATCATR AARGRRASPP PPPPPGGAW EAVRVPRRRQ QREARGATEE PSPPSRALYF SGRGEQLRLR ADLELPRDAF T LQVWLRAE GGQRSPAVIT GLYDKCSYIS RDRGWVVGIH TISDQDNKDP ...文字列:
MRLWSWVLHL GLLSAALGCG LAERPRRARR DPRAGRPPRP AAGPATCATR AARGRRASPP PPPPPGGAW EAVRVPRRRQ QREARGATEE PSPPSRALYF SGRGEQLRLR ADLELPRDAF T LQVWLRAE GGQRSPAVIT GLYDKCSYIS RDRGWVVGIH TISDQDNKDP RYFFSLKTDR AR QVTTINA HRSYLPGQWV YLAATYDGQF MKLYVNGAQV ATSGEQVGGI FSPLTQKCKV LML GGSALN HNYRGYIEHF SLWKVARTQR EILSDMETHG AHTALPQLLL QENWDNVKHA WSPM KDGSS PKVEFSNAHG FLLDTSLEPP LCGQTLCDNT EVIASYNQLS SFRQPKVVRY RVVNL YEDD HKNPTVTREQ VDFQHHQLAE AFKQYNISWE LDVLEVSNSS LRRRLILANC DISKIG DEN CDPECNHTLT GHDGGDCRHL RHPAFVKKQH NGVCDMDCNY ERFNFDGGEC CDPEITN VT QTCFDPDSPH RAYLDVNELK NILKLDGSTH LNIFFAKSSE EELAGVATWP WDKEALMH L GGIVLNPSFY GMPGHTHTMI HEIGHSLGLY HVFRGISEIQ SCSDPCMETE PSFETGDLC NDTNPAPKHK SCGDPGPGND TCGFHSFFNT PYNNFMSYAD DDCTDSFTPN QVARMHCYLD LVYQGWQPS RKPAPVALAP QVLGHTTDSV TLEWFPPIDG HFFERELGSA CHLCLEGRIL V QYASNASS PMPCSPSGHW SPREAEGHPD VEQPCKSSVR TWSPNSAVNP HTVPPACPEP QG CYLELEF LYPLVPESLT IWVTFVSTDW DSSGAVNDIK LLAVSGKNIS LGPQNVFCDV PLT IRLWDV GEEVYGIQIY TLDEHLEIDA AMLTSTADTP LCLQCKPLKY KVVRDPPLQM DVAS ILHLN RKFVDMDLNL GSVYQYWVIT ISGTEESEPS PAVTYIHGSG YCGDGIIQKD QGEQC DDMN KINGDGCSLF CRQEVSFNCI DEPSRCYFHD GDGVCEEFEQ KTSIKDCGVY TPQGFL DQW ASNASVSHQD QQCPGWVIIG QPAASQVCRT KVIDLSEGIS QHAWYPCTIS YPYSQLA QT TFWLRAYFSQ PMVAAAVIVH LVTDGTYYGD QKQETISVQL LDTKDQSHDL GLHVLSCR N NPLIIPVVHD LSQPFYHSQA VRVSFSSPLV AISGVALRSF DNFDPVTLSS CQRGETYSP AEQSCVHFAC EKTDCPELAV ENASLNCSSS DRYHGAQCTV SCRTGYVLQI RRDDELIKSQ TGPSVTVTC TEGKWNKQVA CEPVDCSIPD HHQVYAASFS CPEGTTFGSQ CSFQCRHPAQ L KGNNSLLT CMEDGLWSFP EALCELMCLA PPPVPNADLQ TARCRENKHK VGSFCKYKCK PG YHVPGSS RKSKKRAFKT QCTQDGSWQE GACVPVTCDP PPPKFHGLYQ CTNGFQFNSE CRI KCEDSD ASQGLGSNVI HCRKDGTWNG SFHVCQEMQG QCSVPNELNS NLKLQCPDGY AIGS ECATS CLDHNSESII LPMNVTVRDI PHWLNPTRVE RVVCTAGLKW YPHPALIHCV KGCEP FMGD NYCDAINNRA FCNYDGGDCC TSTVKTKKVT PFPMSCDLQG DCACRDPQAQ EHSRKD LRG YSHG

GENBANK: GENBANK: AL691426

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分子 #2: Stanniocalcin 2

分子名称: Stanniocalcin 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TDATNPPEGP QDRSSQQKGR LSLQNTAEIQ HCLVNAGDVG CGVFECFENN SCEIRGLHGI CMTFLHNAG KFDAQGKSFI KDALKCKAHA LRHRFGCISR KCPAIREMVS QLQRECYLKH D LCAAAQEN TRVIVEMIHF KDLLLHEPYV DLVNLLLTCG EEVKEAITHS ...文字列:
TDATNPPEGP QDRSSQQKGR LSLQNTAEIQ HCLVNAGDVG CGVFECFENN SCEIRGLHGI CMTFLHNAG KFDAQGKSFI KDALKCKAHA LRHRFGCISR KCPAIREMVS QLQRECYLKH D LCAAAQEN TRVIVEMIHF KDLLLHEPYV DLVNLLLTCG EEVKEAITHS VQVQCEQNWG SL CSILSFC TSAIQKPPTA PPERQPQVDR TKLSRAHHGE AGHHLPEPSS RETGRGAKGE RGS KSHPNA HARGRVGGLG AQGPSGSSEW EDEQSEYSDI RR

GENBANK: GENBANK: AF031036

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepesHepes
100.0 mMNaClNaCl
1.0 mMCaClCaCl

詳細: HEPES buffer 20 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl, 1mM CaCl
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot time 4.5 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 32144 / #0 - 平均露光時間: 0.91 sec. / #0 - 平均電子線量: 59.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 10060 / #1 - 平均露光時間: 0.8 sec. / #1 - 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 31119
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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