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- EMDB-14731: High-resolution cryo-EM structure of Pyrococcus abyssi 30S riboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14731
タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of Pyrococcus abyssi 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA anticodon stem-loop
マップデータ
試料
  • 複合体: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA
    • 複合体: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA
      • RNA: x 2種
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • 複合体: Met-tRNAiMet
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードInitiation complex / translation initiation / small ribosomal subunit / aIF5b / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS27 ...Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kazan R / Bourgeois G / Mechulam Y / Coureux PD / Schmitt E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Role of aIF5B in archaeal translation initiation.
著者: Ramy Kazan / Gabrielle Bourgeois / Christine Lazennec-Schurdevin / Eric Larquet / Yves Mechulam / Pierre-Damien Coureux / Emmanuelle Schmitt /
要旨: In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established ...In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established and structural data showing eIF5B bound to the full ribosome were obtained. To achieve its function, eIF5B collaborates with eIF1A. However, structural data illustrating how these two factors interact on the small ribosomal subunit have long been awaited. The role of the archaeal counterparts, aIF5B and aIF1A, remains to be extensively addressed. Here, we study the late steps of Pyrococcus abyssi translation initiation. Using in vitro reconstituted initiation complexes and light scattering, we show that aIF5B bound to GTP accelerates subunit joining without the need for GTP hydrolysis. We report the crystallographic structures of aIF5B bound to GDP and GTP and analyze domain movements associated to these two nucleotide states. Finally, we present the cryo-EM structure of an initiation complex containing 30S bound to mRNA, Met-tRNAiMet, aIF5B and aIF1A at 2.7 Å resolution. Structural data shows how archaeal 5B and 1A factors cooperate to induce a conformation of the initiator tRNA favorable to subunit joining. Archaeal and eukaryotic features of late steps of translation initiation are discussed.
履歴
登録2022年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14731.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 432 pix.
= 371.52 Å		0.86 Å/pix.
x 432 pix.
= 371.52 Å		0.86 Å/pix.
x 432 pix.
= 371.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0249
最小 - 最大-0.14437886 - 0.3357949
平均 (標準偏差)0.0002494454 (±0.009355333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 371.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14731_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14731_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14731_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA

全体名称: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA
要素
  • 複合体: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA
    • 複合体: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA
      • RNA: rRNA 16S
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Ae
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27ae
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L41e
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Ae
      • RNA: mRNA
    • 複合体: Met-tRNAiMet
      • RNA: Met-tRNAiMet
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA

超分子名称: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA and tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31

+
超分子 #2: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA

超分子名称: High resolution 30S ribosomal subunit with a fragment of mRNA
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #3: Met-tRNAiMet

超分子名称: Met-tRNAiMet / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #31
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
分子 #1: rRNA 16S

分子名称: rRNA 16S / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 487.993062 KDa
配列文字列: AUUC(4AC)GG(OMU)UG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC A(OMU)GCGAGUCA AGGG GGCGU CCCUUCUGGG ACGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAAC(OMC)UA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC C CGGGAAAC ...文字列:
AUUC(4AC)GG(OMU)UG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC A(OMU)GCGAGUCA AGGG GGCGU CCCUUCUGGG ACGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAAC(OMC)UA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC C CGGGAAAC UGGGGCUAAU CCCCCAUAGG CCUGGGGUAC UGGAAGGUCC CCAGGCCGAA AGGGAGCCGU AAGGCUCCGC CC GAGGAUG GGCCGGCGGC (LHH)GAUUAGGUA GUUGGUGGGG UAACGGCCCA CCAAGC(4AC)GAA GAUCGGUACG GGC (4AC)GUGAG AGCGGGAGCC (4AC)GGAGAUGGA CACUGAGACA CGGGUCCAGG CCCUACGGGG CGCAGCAGGC GCGA (A2M)ACCU C(4AC)GCAAUGCG GGAAAC(4AC)GCG ACGGGGGGAC CCCCAGUGCC GUGCCUCUGG CACGGCUUUU CCG GAGUGU AAAAAGCUCC GGGAAUAAGG (OMG)CUG(OMG)GCAAG GC(4AC)GGUGGCA GCCGCCGCGG UAAUACCGGC GG CC(4AC)GAGU GGU(OMG)GCCACU AUUAUUGGG(5MC) CUAAAGCGGC (4AC)GUAGCCGGG CCCGUAAGUC CCUGGCG AA AUCCCACGGC UCAAC(4AC)GUGG GGCUCGCUGG GGAUACUGCG GGCCUUGGGA C(4AC)GGGAGAGG C(4AC)GGGG GUA CCCCCGGGGU AGG(OMG)GUGAAA UCCUAUAAUC CCGGGG(OMG)GAC CGCCAGUGG(5MC) GAAGGCGCC(4AC) G GCUGGAAC GGGUC(4AC)GACG GUGAGGGC(4AC)G AAGGCCAGGG GAGCGAAC(4AC)G GAUUAGAUAC CCGGGUAGUC (OMC)(OMU)GGCUGUA AAGGA(OMU)GCGG GCUAGGUGUC GGGCGAGCUU CGAGCUCGCC CGGUGC(4AC)G(OMU)A G GGAAGC(4AC)G UUAAG(OMC)C(4AC)GC (4AC)GCCUGGGGA GUACGGC(4AC)GC AA(OMG)G(5MC)UGAAA CUUA AAGGA AUUGGCGGGG GAGCACUACA AGG(OMG)GUGGAG CGUGCGGUUU AAUU(OMG)GAU(B8H)C AACGCCGGGA ACC UCAC(4AC)G GGGGCGACGG CAGGAUGAAG GCCAGGCUGA AGGUCUUGCC GGACGCGCCG AGAGGAGGUG CAUGGC (5MC)GC (4AC)GUCAGCU(OMC)G UA(OMC)(LHH)GUGAGG CGUCCACUUA AGUGUGGUAA C(OMG)AGCGAGAC CCG CGCCCC CAGUUGCCAG UCCCUCCCGC UCGGGAGGGA GGCACUCUGG GGGGACUGCC GGCGAUAAGC (4AC)GGAGGAAGG GGCGGGCGA CGGUAGGUCA G(OMU)AUGCCC(4AC)G AAACCCCCGG GCUACA(5MC)GCG CGCUACAAUG GGCGGGACA AUGGGUGC(4AC)G ACCC(4AC)GAAAG GGGGAGGUAA UCCCCUAAAC CCGCCCUCAG UUCGGAUCGC GGGCUGCAAC UC GCCCGCG UGAAGCUGGA AUCCCUAGUA CCCGCGCGUC AUCAUCGCGC GGCGAAUACG UCCCUGCUCC UUGCACACAC (5MC)G(OMC)CCG(OMU)CA CUCCACCCGA GCGGGGCCUA GGUGAGGCCC GAUCUCCUUC GGGAGGUCGG GUCGAGCCU AGGCUCCGUG AGGGGGGAGA AGUCG(UR3)A(6MZ)CA AGGUAGC(4AC)GU AGGGG(MA6)(MA6)CCU ACGG(5MC)U (5MC)GA UCAC(5MC)UCCU

GENBANK: GENBANK: AJ248283.1

+
分子 #30: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 5.509302 KDa
配列文字列:
UGGAGGUGAU UUAAAUG

+
分子 #31: Met-tRNAiMet

分子名称: Met-tRNAiMet / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 24.833904 KDa
配列文字列:
AGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GG(OMC)UCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCGGCCCC CGCUACCA

GENBANK: GENBANK: CP026027.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 22.888068 KDa
配列文字列: MAAKRRVSAA KDKWKLKQWY VIYAPDFFGG VEVGLTPADD PEKVLNRVVE VTLKDITGDF LKGHVKLYFQ VYDVKGQNAY TKFKGMKLA RSYIRSLVRR RTTRIDGIFN ITTKDGYKLR VMAMVIAARR IQTSQERAIR KIMQEIIYKK AEELNFKDFV L EAVNGKIA ...文字列:
MAAKRRVSAA KDKWKLKQWY VIYAPDFFGG VEVGLTPADD PEKVLNRVVE VTLKDITGDF LKGHVKLYFQ VYDVKGQNAY TKFKGMKLA RSYIRSLVRR RTTRIDGIFN ITTKDGYKLR VMAMVIAARR IQTSQERAIR KIMQEIIYKK AEELNFKDFV L EAVNGKIA AEIAKEAKKI YPLKKAEIRK IKVLGEPEVA A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 23.026865 KDa
配列文字列: MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA RFDPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVIIITD PRADHQAMKE AIEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY ...文字列:
MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA RFDPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVIIITD PRADHQAMKE AIEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY WILAREILYN RGEISSREEF KIPVEEFEMK IVRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

分子名称: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 7.163395 KDa
配列文字列:
MAENVELKFE IPVCTSCGRE ITPREHATHF VCPNCGEAII WRCETCRLLA KPYKCPKCGW EGP

UniProtKB: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 21.38191 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPPHPWIK ERLDRERVLM DKYELKNKKE LWKHETQLKN FRRRARRLLA ARGKQAEIER EQLLARLKRL GLLPEDAVL DDVLSLTIED ILERRLQTIV YKKGLARTMR QARQLIVHGH IEVNGQIIRS PSYLVLKEEE DTITYARTSP F ANPQHPER MMIEKAKQGG EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 28.246119 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE ANIKPLRIRN KRMVKGAKIQ LNFHDGTNHL IPLSEKDNYF T SYTVLMKV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE ANIKPLRIRN KRMVKGAKIQ LNFHDGTNHL IPLSEKDNYF T SYTVLMKV PEREILEVLP FEKGAYVFVT QGKNVARKGR IVEIKKFPMG WPDVVTIEDE EGELFDTLKE YAFVVGRDKP RI SLP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 26.523904 KDa
配列文字列: MSQEWKEYAK RVLDEWQPKT KLGMLVKEGQ ITDIHEIFRK GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEILDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGREVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFTVEGKE GSVRVKLIPG P RGLGLVIG ...文字列:
MSQEWKEYAK RVLDEWQPKT KLGMLVKEGQ ITDIHEIFRK GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEILDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGREVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFTVEGKE GSVRVKLIPG P RGLGLVIG DVGKKILRLA GIQDVWSQTL GETRTTVNFA KAVFNALYNT NKVVVTPEMI ERYGIVVGRA MPASFTLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.029461 KDa
配列文字列:
MATFKLVISD PKTGIAKQIE ITGPEAEKLI GKRIGDQIPV KELGINLNEL FGKEFPEDVK MEIRGGTDKD GFPMRPDIHG PRRVRILLS KGPGFRPKEK GERRKKTVRG NTISPEIVQV NVKLVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 24.662818 KDa
配列文字列: MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ...文字列:
MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ASAKCYRTKM SFAEALAEEI ILAANKDPKS YAYSKKLEIE RIAESSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.772246 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKREVYIKPA SKLIGEVLRV MQKYGYIGEF EFIDDGRAGV YRVQLLGKIN KAGAIKPRFP VKARDYERW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMSHKEAREK GIGGRLIAYV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.293733 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLR KPSGGRIVLA RKKRKRELGR EPSNTRVAEQ DKRKIIRTYG GNKKVRLTAA AYANVFDKSG KGRKVRIIRV IENPANRQF ARRNIITKGA IIETEIGKAK VTSRPGQDGV VNAILLEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.293867 KDa
配列文字列:
MRIIQTTGKR KTAIARAVIR EGKGRVRING KPVELVEPEI ARFTILEPLI LAGEEIWNSV DIDVKVQGGG FMGQAEAARI AIARALVEW TGDMNLKEKF IKYDRTMLVG DPRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 11.795769 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TNVRSLEEVA NQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRIVTR KSPDGEGSAT FDRWELRIHK RLIDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.77295 KDa
配列文字列:
MSEEQVNIKK KEKWGIAHIY SSYNNTIIHI TDITGAETIS RWSGGMVVKA DRDEPSPYAA MLAARRAAEE ALEKGIVGVH IRVRAPGGS KSKTPGPGAQ AAIRALARAG LKIGRVEDVT PIPHDGTRPK GGRRGRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 16.477621 KDa
配列文字列:
MPGKKAPNGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSGMR KAVRVQLIKN GKVVTAFCP GDGAIKFIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 16.992912 KDa
配列文字列:
MADFRHIVRV AGVDLDGNKQ LRWALTAIKG VGINFATMVC RVAGLDPFMK AGYLTDEQVK KIEEILQDPV AHGIPRWAVN RPKDYETGR DLHLITAKLD MAIREDIMRL RRIRAYRGIR HELGLPVRGQ RTRSNFRRGQ TVGVSRKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 6.644064 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CIRCGQYGPI IRIHGLMLCR HCFREVAPKL GFRKYE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 18.697143 KDa
配列文字列:
MARMHARKRG KSGSKRPPRT APPIWLEYTV EDIENLVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PTVKLFRDPD NPNRKLTITR ILEKHGLAP EIPEDLMFLI KRAVNLRKHL EQHPKDLHSM RGLQLIESKI RRLVKYYKRK GKLPKDWRYD PEQAKLLVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.364604 KDa
配列文字列:
MVRDIGLRIQ PPAEKCDDPK CPWHGHLKIH GRVFEGIVVS DKPRKTVTVE RQYYHYLKKY ERYELRRSRI HAHNPPCINA KVGDRVLIA ETRPLSKTKH FVVVAVLERA EERR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.059528 KDa
配列文字列:
MGKIRQGFIK RVARELFNKY PNEFTRDFEH NKKKVEELTN VTSKKIRNRI AGYITKLVRM KEEGKIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.307319 KDa
配列文字列:
MARKEFRYRG YTLEQLMNMS LEELAKLLPA RQRRSLKRGL TPEQKKLLRK IRLAKKGKYN KPIRTHCRDM IVLPEMVGLT IYVHNGKEF VPVEIKPEMI GHYLGEFAPT RKRVQHGAPG IGATRSSMFV AVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 17.42225 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAQRL KEIPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASILR RVYLDGPVGI ERLRTYYGGR KNRGHAPER FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVEKVPGKGR VITPKGRSFL DKIATELKKE LEEIIPELKK Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 11.798637 KDa
配列文字列:
MEIKITEVKE NKLIGRKEIY FEIYHPGEPT PSRKDVKGKL VAMLDLNPET TVIQYIRSYF GSYKSKGYAK YYYDKDRMLY IEPEYILIR DGIIEKKEGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 7.186609 KDa
配列文字列:
MALPRNVIPM PRSRFLRVKC IDCGNEQIVF SHPATRVRCN VCGATLVEPT GGKGIIRAKI LEVLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.102305 KDa
配列文字列:
MAEDEGYPAE VIEIIGRTGT TGDVTQVKVR ILEGRDKGRV IRRNVRGPVR VGDILILRET EREAREIKSR R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S27ae

分子名称: 30S ribosomal protein S27ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 5.992168 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYIV KDGKVIRKNK FCPRCGPGVF MADHGDRWAC GRCGYTEWKK K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS31

+
分子 #27: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 23.472309 KDa
配列文字列: MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ...文字列:
MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ALLKLGVIGV KVAIMPPDAR LPDEIEIIEK PVEEEVSSNE AE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L41e

分子名称: 50S ribosomal protein L41e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 4.910237 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKRQR KKERGL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.442678 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPKELAEKAL QAVEIARDTG KIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVAAASV AIIEPGKARD LVEEIAMKVR ELMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #32: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 90 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #33: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2083 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2000000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6swc

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1000000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7zhg:
High-resolution cryo-EM structure of Pyrococcus abyssi 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA anticodon stem-loop

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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