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万見
- EMDB-1462: Three-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1462
タイトルThree-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid
マップデータDensity for Canine adenovirus serotype 2
試料
  • 試料: canine adenovirus serotype 2
  • ウイルス: Canine adenovirus 2 (ウイルス)
生物種Canine adenovirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Schoehn G / El Bakkouri M / Fabry CM / Billet O / Estrozi LF / Le L / Curiel DT / Kajava AV / Ruigrok RW / Kremer EJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid.
著者: Guy Schoehn / Majida El Bakkouri / Céline M S Fabry / Oliver Billet / Leandro F Estrozi / Long Le / David T Curiel / Andrey V Kajava / Rob W H Ruigrok / Eric J Kremer /
要旨: There are more than 100 known adenovirus (AdV) serotypes, including 50 human serotypes. Because AdV-induced disease is relatively species specific, vectors derived from nonhuman serotypes may have ...There are more than 100 known adenovirus (AdV) serotypes, including 50 human serotypes. Because AdV-induced disease is relatively species specific, vectors derived from nonhuman serotypes may have wider clinical potential based, in part, on the lack of ubiquitous memory immunity. Whereas a few of the human serotype capsids have been studied at the structural level, none of the nonhuman serotypes has been analyzed. The basis laid by the analysis of human AdV (hAdV) has allowed us to determine and compare the three-dimensional structure of the capsid of canine serotype 2 (CAV-2) to that of hAdV serotype 5 (hAdV-5). We show that CAV-2 capsid has a smoother structure than the human serotypes. Many of the external loops found in the hAdV-5 penton base and the hexon, against which the antibody response is directed, are shorter or absent in CAV-2. On the other hand, the CAV-2 fiber appears to be more complex, with two bends in the shaft. An interesting difference between the human and canine viruses is that the C-terminal part of protein IX is in a different position, making an antenna sticking out of the CAV-2 capsid. The comparison between the two viruses allows the identification of sites that should be easy to modify on the CAV-2 capsid for altering tissue tropism or other biological activities.
履歴
登録2008年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年1月8日-
マップ公開2009年1月8日-
更新2013年12月25日-
現状2013年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1462.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 332.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density for Canine adenovirus serotype 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å		2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å		2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 76.5 / ムービー #1: 80
最小 - 最大-463.0 - 559.0
平均 (標準偏差)6.62015 (±60.592599999999997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ447447447
Spacing447447447
セルA=B=C: 1135.38 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z447447447
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1135.3801135.3801135.380
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29-50166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS447447447
D min/max/mean-463.000559.0006.620

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : canine adenovirus serotype 2

全体名称: canine adenovirus serotype 2
要素
  • 試料: canine adenovirus serotype 2
  • ウイルス: Canine adenovirus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: canine adenovirus serotype 2

超分子名称: canine adenovirus serotype 2 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 150 MDa

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超分子 #1: Canine adenovirus 2

超分子名称: Canine adenovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10514 / 生物種: Canine adenovirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: tris ph 7.4 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: zeiss / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 20 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each negative
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHT2, EM3DR2 / 使用した粒子像数: 2780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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