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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Pyrococcus abyssi 30S bound to Met-initiator tRNA, mRNA, aIF1A and aIF5B | |||||||||
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![]() | Initiation complex / translation initiation / small ribosomal subunit / aIF5b / TRANSLATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intein-mediated protein splicing / intron homing / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis ...intein-mediated protein splicing / intron homing / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Coureux PD / Bourgeois G / Mechulam Y / Schmitt E / Kazan R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Role of aIF5B in archaeal translation initiation. 著者: Ramy Kazan / Gabrielle Bourgeois / Christine Lazennec-Schurdevin / Eric Larquet / Yves Mechulam / Pierre-Damien Coureux / Emmanuelle Schmitt / ![]() 要旨: In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established ...In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established and structural data showing eIF5B bound to the full ribosome were obtained. To achieve its function, eIF5B collaborates with eIF1A. However, structural data illustrating how these two factors interact on the small ribosomal subunit have long been awaited. The role of the archaeal counterparts, aIF5B and aIF1A, remains to be extensively addressed. Here, we study the late steps of Pyrococcus abyssi translation initiation. Using in vitro reconstituted initiation complexes and light scattering, we show that aIF5B bound to GTP accelerates subunit joining without the need for GTP hydrolysis. We report the crystallographic structures of aIF5B bound to GDP and GTP and analyze domain movements associated to these two nucleotide states. Finally, we present the cryo-EM structure of an initiation complex containing 30S bound to mRNA, Met-tRNAiMet, aIF5B and aIF1A at 2.7 Å resolution. Structural data shows how archaeal 5B and 1A factors cooperate to induce a conformation of the initiator tRNA favorable to subunit joining. Archaeal and eukaryotic features of late steps of translation initiation are discussed. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 245.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 62.1 KB 62.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 141.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 307.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 11.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 284.2 MB 263.3 MB 212.7 MB 245.2 MB 245.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zahMC ![]() 7yypC ![]() 7yznC ![]() 7zagC ![]() 7zaiC ![]() 7zhgC ![]() 7zkiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_14580_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_14580_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14580_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14580_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and init...
+超分子 #1: Initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and init...
+超分子 #2: 30S and 50S ribosomal proteins
+超分子 #3: mRNA
+超分子 #4: tRNA-MET, Translation initiation factor 1A and Translation initia...
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #30: mRNA
+分子 #31: tRNA-MET
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3Ae
+分子 #3: 30S ribosomal protein S2
+分子 #4: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
+分子 #5: 30S ribosomal protein S4
+分子 #6: 30S ribosomal protein S4e
+分子 #7: 30S ribosomal protein S5
+分子 #8: 30S ribosomal protein S6e
+分子 #9: 30S ribosomal protein S7
+分子 #10: 30S ribosomal protein S8
+分子 #11: 30S ribosomal protein S8e
+分子 #12: 30S ribosomal protein S9
+分子 #13: 30S ribosomal protein S10
+分子 #14: 30S ribosomal protein S11
+分子 #15: 30S ribosomal protein S12
+分子 #16: 30S ribosomal protein S13
+分子 #17: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #18: 30S ribosomal protein S15
+分子 #19: 30S ribosomal protein S17
+分子 #20: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #21: 30S ribosomal protein S19
+分子 #22: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #23: 30S ribosomal protein S24e
+分子 #24: 30S ribosomal protein S27e
+分子 #25: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #26: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #27: 30S ribosomal protein S3
+分子 #28: 50S ribosomal protein L41e
+分子 #29: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #32: Translation initiation factor 1A
+分子 #33: Translation initiation factor 5B
+分子 #34: MAGNESIUM ION
+分子 #35: ZINC ION
+分子 #36: METHIONINE
+分子 #37: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #38: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |