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- EMDB-14526: AP2 on the membrane without cargo peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14526
タイトルAP2 on the membrane without cargo peptide
マップデータRelion_postprocess generated map, low-pass filtered according to local resolution, sharpened with global B factor -1800
試料
  • 複合体: Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the absence of a cargo peptide.
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
キーワードadaptins / endocytosis / clathrin-mediated
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Kovtun O / Kaufman JGG / Owen DJ / Briggs JAG
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: FCHO controls AP2's initiating role in endocytosis through a PtdIns(4,5)P-dependent switch.
著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / ...著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / Sally R Gray / Kun Qu / Philip R Evans / Marco Fritzsche / Filip Sroubek / Stefan Höning / John A G Briggs / Bernard T Kelly / David J Owen / Linton M Traub /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane- ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane-localized Fer/Cip4 homology domain-only proteins (FCHO). Here, live-cell enhanced total internal reflection fluorescence-structured illumination microscopy shows that FCHO marks sites of clathrin-coated pit (CCP) initiation, which mature into uniform-sized CCPs comprising a central patch of AP2 and clathrin corralled by an FCHO/Epidermal growth factor potential receptor substrate number 15 (Eps15) ring. We dissect the network of interactions between the FCHO interdomain linker and AP2, which concentrates, orients, tethers, and partially destabilizes closed AP2 at the plasma membrane. AP2's subsequent membrane deposition drives its opening, which triggers FCHO displacement through steric competition with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, clathrin, cargo, and CME accessory factors. FCHO can now relocate toward a CCP's outer edge to engage and activate further AP2s to drive CCP growth/maturation.
履歴
登録2022年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Relion_postprocess generated map, low-pass filtered according to local resolution, sharpened with global B factor -1800
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 64 pix.
= 217.728 Å		3.4 Å/pix.
x 64 pix.
= 217.728 Å		3.4 Å/pix.
x 64 pix.
= 217.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.402 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.181
最小 - 最大-0.8157973 - 0.66860694
平均 (標準偏差)0.0038222885 (±0.0874929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 217.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14526_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: unsharpened halfmap 2

ファイルemd_14526_half_map_1.map
注釈unsharpened halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: unsharpened halfmap 1

ファイルemd_14526_half_map_2.map
注釈unsharpened halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the abs...

全体名称: Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the absence of a cargo peptide.
要素
  • 複合体: Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the absence of a cargo peptide.
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma

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超分子 #1: Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the abs...

超分子名称: Clathrin adaptor protein AP2 recruited on the membrane in the absence of a cargo peptide.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2

分子名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISD I RNCKSKEA EI KRINKEL ANI RSKFKG DKAL DGYSK KKYVC KLLF IFLLGH DID FGHMEAV NL LSSNRYTE K QIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKND L ASRNPTFM GL ALHCIAN VGS REMAEA FAGE IPKIL ...文字列:
MPAVSKGDGM RGLAVFISD I RNCKSKEA EI KRINKEL ANI RSKFKG DKAL DGYSK KKYVC KLLF IFLLGH DID FGHMEAV NL LSSNRYTE K QIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKND L ASRNPTFM GL ALHCIAN VGS REMAEA FAGE IPKIL VAGDT MDSV KQSAAL CLL RLYRTSP DL VPMGDWTS R VVHLLNDQH LGVVTAATSL ITTLAQKNP E EFKTSVSL AV SRLSRIV TSA STDLQD YTYY FVPAP WLSVK LLRL LQCYPP PED PAVRGRL TE CLETILNK A QEPPKSKKV QHSNAKNAVL FEAISLIIH H DSEPNLLV RA CNQLGQF LQH RETNLR YLAL ESMCT LASSE FSHE AVKTHI ETV INALKTE RD VSVRQRAV D LLYAMCDRS NAQQIVAEML SYLETADYS I REEIVLKV AI LAEKYAV DYT WYVDTI LNLI RIAGD YVSEE VWYR VIQIVI NRD DVQGYAA KT VFEALQAP A CHENLVKVG GYILGEFGNL IAGDPRSSP L IQFNLLHS KF HLCSVPT RAL LLSTYI KFVN LFPEV KATIQ DVLR SDSQLK NAD VELQQRA VE YLRLSTVA S TDILATVLE EMPPFPERES SILAKLKKK K GGSGLVPR

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分子 #2: AP-2 complex subunit beta

分子名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal His-tag / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHMTD SKYFTTNKK G EIFELKAE LN NEKKEKR KEA VKKVIA AMTV GKDVS SLFPD VVNC MQTDNL ELK KLVYLYL MN YAKSQPDM A IMAVNSFVK DCEDPNPLIR ALAVRTMGC I RVDKITEY LC EPLRKCL KDE DPYVRK TAAV CVAKL ...文字列:
MHHHHHHMTD SKYFTTNKK G EIFELKAE LN NEKKEKR KEA VKKVIA AMTV GKDVS SLFPD VVNC MQTDNL ELK KLVYLYL MN YAKSQPDM A IMAVNSFVK DCEDPNPLIR ALAVRTMGC I RVDKITEY LC EPLRKCL KDE DPYVRK TAAV CVAKL HDINA QMVE DQGFLD SLR DLIADSN PM VVANAVAA L SEISESHPN SNLLDLNPQN INKLLTALN E CTEWGQIF IL DCLSNYN PKD DREAQS ICER VTPRL SHANS AVVL SAVKVL MKF LELLPKD SD YYNMLLKK L APPLVTLLS GEPEVQYVAL RNINLIVQK R PEILKQEI KV FFVKYND PIY VKLEKL DIMI RLASQ ANIAQ VLAE LKEYAT EVD VDFVRKA VR AIGRCAIK V EQSAERCVS TLLDLIQTKV NYVVQEAIV V IRDIFRKY PN KYESIIA TLC ENLDSL DEPD ARAAM IWIVG EYAE RIDNAD ELL ESFLEGF HD ESTQVQLT L LTAIVKLFL KKPSETQELV QQVLSLATQ D SDNPDLRD RG YIYWRLL STD PVTAKE VVLS EKPLI SEETD LIEP TLLDEL ICH IGSLASV YH KPPNAFVE G SHGIHRKHL PIHHGSTDAG DSPVGTTTA T NLEQPQVI PS QGDLLGD LLN LDLGPP VNVP QVSSM QMGAV DLLG GGLDSL VGQ SFIPSSV PA TFAPSPTP A VVSSGLNDL FELSTGIGMA PGGYVAPKA V WLPAVKAK GL EISGTFT HRQ GHIYME MNFT NKALQ HMTDF AIQF NKNSFG VIP STPLAIH TP LMPNQSID V SLPLNTLGP VMKMEPLNNL QVAVKNNID V FYFSCLIP LN VLFVEDG KME RQVFLA TWKD IPNEN ELQFQ IKEC HLNADT VSS KLQNNNV YT IAKRNVEG Q DMLYQSLKL TNGIWILAEL RIQPGNPNY T LSLKCRAP EV SQYIYQV YDS ILKN

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分子 #3: AP-2 complex subunit mu

分子名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRV Y RDDIGRNA VD AFRVNVI HAR QQVRSP VTNI ARTSF FHVKR SNIW LAAVTK QNV NAAMVFE FL YKMCDVMA A YFGKISEEN IKNNFVLIYE LLDEILDFG Y PQNSETGA LK TFITQQG IKS QHQTKE EQSQ ITSQV ...文字列:
MIGGLFIYNH KGEVLISRV Y RDDIGRNA VD AFRVNVI HAR QQVRSP VTNI ARTSF FHVKR SNIW LAAVTK QNV NAAMVFE FL YKMCDVMA A YFGKISEEN IKNNFVLIYE LLDEILDFG Y PQNSETGA LK TFITQQG IKS QHQTKE EQSQ ITSQV TGQIG WRRE GIKYRR NEL FLDVLES VN LLMSPQGQ V LSAHVSGRV VMKSYLSGMP ECKFGMNDK I VIEKQGKG TA DETSKSM EQK LISEED LGKQ SIAID DCTFH QCVR LSKFDS ERS ISFIPPD GE FELMRYRT T KDIILPFRV IPLVREVGRT KLEVKVVIK S NFKPSLLA QK IEVRIPT PLN TSGVQV ICMK GKAKY KASEN AIVW KIKRMA GMK ESQISAE IE LLPTNDKK K WARPPISMN FEVPFAPSGL KVRYLKVFE P KLNYSDHD VI KWVRYIG RSG IYETRC

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分子 #4: AP-2 complex subunit sigma

分子名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIRFILIQNR AGKTRLAKW Y MQFDDDEK QK LIEEVHA VVT VRDAKH TNFV EFRNF KIIYR RYAG LYFCIC VDV NDNNLAY LE AIHNFVEV L NEYFHNVCE LDLVFNFYKV YTVVDEMFL A GEIRETSQ TK VLKQLLM LQS LE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 27437
抽出トモグラム数: 17 / 使用した粒子像数: 160263
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: subTOM
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: subTOM
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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