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万見
- EMDB-13905: The cryoEM density map of human gamma-secretase complex with vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13905
タイトルThe cryoEM density map of human gamma-secretase complex with various ice thickness subset 3 (EMPIAR-10194 reprocessing)
マップデータSharpened and masked map
試料
  • 複合体: Human gamma-secretaseΓ-セクレターゼ
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Noncanonical activation of NOTCH3 / positive regulation of endopeptidase activity / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / choline transport / central nervous system myelination / synaptic vesicle targeting / membrane protein intracellular domain proteolysis / negative regulation of axonogenesis / regulation of resting membrane potential / T cell activation involved in immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / skin morphogenesis / growth factor receptor binding / neural retina development / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of synaptic vesicle cycle / L-glutamate import across plasma membrane / myeloid dendritic cell differentiation / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of phosphorylation / metanephros development / brain morphogenesis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / locomotion / glutamate receptor signaling pathway / nuclear outer membrane / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / amyloid precursor protein metabolic process / astrocyte activation involved in immune response / aggresome / regulation of long-term synaptic potentiation / embryonic limb morphogenesis / skeletal system morphogenesis / cell fate specification / 繊毛 / myeloid cell homeostasis / regulation of postsynapse organization / azurophil granule membrane / regulation of neuron projection development / dopamine receptor signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / Golgi cisterna membrane / adult behavior / positive regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of dendritic spine development / mitochondrial transport / positive regulation of catalytic activity / blood vessel development / heart looping / protein glycosylation / amyloid precursor protein catabolic process / cerebral cortex cell migration / amyloid-beta formation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / autophagosome assembly / membrane protein ectodomain proteolysis / endopeptidase activator activity / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / 小胞体 / neuron development / hematopoietic progenitor cell differentiation / somitogenesis / T cell proliferation / 小胞体 / Nuclear signaling by ERBB4 / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Notchシグナリング / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to calcium ion / neuron projection maintenance / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Degradation of the extracellular matrix / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of glycolytic process / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cerebellum development / post-embryonic development / thymus development / negative regulation of protein phosphorylation / dendritic shaft / epithelial cell proliferation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / PDZ domain binding / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / synapse organization / neuron migration
類似検索 - 分子機能
Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / プレセニリン / Nicastrin / Nicastrin, small lobe ...Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / プレセニリン / Nicastrin / Nicastrin, small lobe / Nicastrin / Nicastrin small lobe / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family
類似検索 - ドメイン・相同性
プレセニリン1 / Nicastrin / Gamma-secretase subunit APH-1A / Gamma-secretase subunit PEN-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.84 Å
データ登録者Olek M / Zhang P / Cowtan K / Chaban Y / Webb D
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206422/Z/17/ZEuropean Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V000403/1European Union
European Research Council (ERC)101021133European Union
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: IceBreaker: Software for high-resolution single-particle cryo-EM with non-uniform ice.
著者: Mateusz Olek / Kevin Cowtan / Donovan Webb / Yuriy Chaban / Peijun Zhang /
要旨: Despite the abundance of available software tools, optimal particle selection is still a vital issue in single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). Regardless of the method used, most pickers ...Despite the abundance of available software tools, optimal particle selection is still a vital issue in single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). Regardless of the method used, most pickers struggle when ice thickness varies on a micrograph. IceBreaker allows users to estimate the relative ice gradient and flatten it by equalizing the local contrast. It allows the differentiation of particles from the background and improves overall particle picking performance. Furthermore, we introduce an additional parameter corresponding to local ice thickness for each particle. Particles with a defined ice thickness can be grouped and filtered based on this parameter during processing. These functionalities are especially valuable for on-the-fly processing to automatically pick as many particles as possible from each micrograph and to select optimal regions for data collection. Finally, estimated ice gradient distributions can be stored separately and used to inspect the quality of prepared samples.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: An atomic structure of human gamma-secretase.
著者: Bai XC / Yan C / Yang G / Lu P / Ma D / Sun L / Zhou R / Scheres SHW / Shi Y
履歴
登録2021年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened and masked map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 179.2 Å		1.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 179.2 Å		1.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 179.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07083606 - 0.11758698
平均 (標準偏差)0.0010139035 (±0.006117216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 179.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z179.200179.200179.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0710.1180.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13905_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map (not masked)

ファイルemd_13905_additional_1.map
注釈Sharpened map (not masked)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_13905_additional_2.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_13905_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_13905_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human gamma-secretase

全体名称: Human gamma-secretaseΓ-セクレターゼ
要素
  • 複合体: Human gamma-secretaseΓ-セクレターゼ

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超分子 #1: Human gamma-secretase

超分子名称: Human gamma-secretase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl and amphipol A8-35
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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