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- EMDB-13831: Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13831
タイトルCryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene
マップデータCryo-EM map of Ty3 intasome targeting RNA Pol III transcribed gene
試料
  • 複合体: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and tRNA promoter
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (56-MER)
      • DNA: DNA (31-MER)
      • DNA: DNA (34-MER)
      • DNA: DNA (9-MER)
      • DNA: DNA (19-MER)
    • 複合体: TFIIIB transcription factor
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TFIIIB component B''
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding ...retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ribonuclease H / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA nuclease activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / disordered domain specific binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Transcription factor TFIIIB component B'', fungi / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / Integrase zinc-binding domain ...Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Transcription factor TFIIIB component B'', fungi / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / Transcription factor TFIIIB component B'' / Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Abascal-Palacios G / Jochem L / Pla-Prats C / Beuron F / Vannini A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKCR-UK C47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Ty3 retrotransposon integration at RNA Polymerase III-transcribed genes.
著者: Guillermo Abascal-Palacios / Laura Jochem / Carlos Pla-Prats / Fabienne Beuron / Alessandro Vannini /
要旨: Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity ...Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity in a narrow window upstream of RNA Polymerase (Pol) III-transcribed genes, representing a paradigm for harmless targeted integration. Here we present the cryo-EM reconstruction at 4.0 Å of an active Ty3 strand transfer complex bound to TFIIIB transcription factor and a tRNA gene. The structure unravels the molecular mechanisms underlying Ty3 targeting specificity at Pol III-transcribed genes and sheds light into the architecture of retrotransposon machinery during integration. Ty3 intasome contacts a region of TBP, a subunit of TFIIIB, which is blocked by NC2 transcription regulator in RNA Pol II-transcribed genes. A newly-identified chromodomain on Ty3 integrase interacts with TFIIIB and the tRNA gene, defining with extreme precision the integration site position.
履歴
登録2021年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年1月26日-
現状2022年1月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7q5b
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Ty3 intasome targeting RNA Pol III transcribed gene
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.044251382 - 0.10186844
平均 (標準偏差)0.00025617518 (±0.0025739507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 322.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.240322.240322.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0440.1020.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and ...

全体名称: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and tRNA promoter
要素
  • 複合体: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and tRNA promoter
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (56-MER)
      • DNA: DNA (31-MER)
      • DNA: DNA (34-MER)
      • DNA: DNA (9-MER)
      • DNA: DNA (19-MER)
    • 複合体: TFIIIB transcription factor
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TFIIIB component B''
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

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超分子 #1: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and ...

超分子名称: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and tRNA promoter
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9

+
超分子 #2: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: TFIIIB transcription factor

超分子名称: TFIIIB transcription factor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: DNA (56-MER)

分子名称: DNA (56-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 17.165039 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)

+
分子 #2: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 9.484193 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)

+
分子 #3: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 10.532895 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #4: DNA (9-MER)

分子名称: DNA (9-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 2.751818 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)

+
分子 #9: DNA (19-MER)

分子名称: DNA (19-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 5.882792 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)

+
分子 #5: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein

分子名称: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 178.556016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSFMDQIPGG GNYPKLPVEC LPNFPIQPSL TFRGRNDSHK LKNFISEIML NMSMISWPND ASRIVYCRRH LLNPAAQWAN DFVQEQGIL EITFDTFIQG LYQHFYKPPD INKIFNAITQ LSEAKLGIER LNQRFRKIWD RMPPDFMTEK AAIMTYTRLL T KETYNIVR ...文字列:
MSFMDQIPGG GNYPKLPVEC LPNFPIQPSL TFRGRNDSHK LKNFISEIML NMSMISWPND ASRIVYCRRH LLNPAAQWAN DFVQEQGIL EITFDTFIQG LYQHFYKPPD INKIFNAITQ LSEAKLGIER LNQRFRKIWD RMPPDFMTEK AAIMTYTRLL T KETYNIVR MHKPETLKDA MEEAYQTTAL TERFFPGFEL DADGDTIIGA TTHLQEEYDS DYDSEDNLTQ NGYVHTVRTR RS YNKPMSN HRNRRNNNPS REECIKNRLC FYCKKEGHRL NECRARKAVL TDLELESKDQ QTPFIKTLPI VHYIAIPEMD NTA EKTIKI QNTKVKTLFD SGSPTSFIRR DIVELLKYEI YETPPLRFRG FVATKSAVTS EAVTIDLKIN DLHITLAAYI LDNM DYQLL IGNPILRRYP KILHTVLNTR ESPDSLKPKT YRSETVNNVR TYSAGNRGNP RNIKLSFAPT ILEATDPKSA GNRGD SRTK TLSLATTTPA AIDPLTTLDN PGSTQSTFAQ FPIPEEASIL EEDGKYSNVV STIQSVEPNA TDHSNKDTFC TLPVWL QQK YREIIRNDLP PRPADINNIP VKHDIEIKPG ARLPRLQPYH VTEKNEQEIN KIVQKLLDNK FIVPSKSPCS SPVVLVP KK DGTFRLCVDY RTLNKATISD PFPLPRIDNL LSRIGNAQIF TTLDLHSGYH QIPMEPKDRY KTAFVTPSGK YEYTVMPF G LVNAPSTFAR YMADTFRDLR FVNVYLDDIL IFSESPEEHW KHLDTVLERL KNENLIVKKK KCKFASEETE FLGYSIGIQ KIAPLQHKCA AIRDFPTPKT VKQAQRFLGM INYYRRFIPN CSKIAQPIQL FICDKSQWTE KQDKAIDKLK DALCNSPVLV PFNNKANYR LTTDASKDGI GAVLEEVDNK NKLVGVVGYF SKSLESAQKN YPAGELELLG IIKALHHFRY MLHGKHFTLR T DHISLLSL QNKNEPARRV QRWLDDLATY DFTLEYLAGP KNVVADAISR AVYTITPETS RPIDTESWKS YYKSDPLCSA VL IHMKELT QHNVTPEDMS AFRSYQKKLE LSETFRKNYS LEDEMIYYQD RLVVPIKQQN AVMRLYHDHT LFGGHFGVTV TLA KISPIY YWPKLQHSII QYIRTCVQCQ LIKSHRPRLH GLLQPLPIAE GRWLDISMDF VTGLPPTSNN LNMILVVVDR FSKR AHFIA TRKTLDATQL IDLLFRYIFS YHGFPRTITS DRDVRMTADK YQELTKRLGI KSTMSSANHP QTDGQSERTI QTLNR LLRA YASTNIQNWH VYLPQIEFVY NSTPTRTLGK SPFEIDLGYL PNTPAIKSDD EVNARSFTAV ELAKHLKALT IQTKEQ LEH AQIEMETNNN QRRKPLLLNI GDHVLVHRDA YFKKGAYMKV QQIYVGPFRV VKKINDNAYE LDLNSHKKKH RVINVQF LK KFVYRPDAYP KNKPISSTER IKRAHEVTAL IGIDTTHKTY LCHMQDVDPT LSVEYSEAEF CQIPERTRRS ILANFRQL Y ETQDNPEREE DVVSQNEICQ YDNTSP

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分子 #6: Transcription factor TFIIIB component B''

分子名称: Transcription factor TFIIIB component B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 67.801906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSIVNKSGT RFAPKVRQRR AATGGTPTPK PRTPQLFIPE SKEIEEDNSD NDKGVDENET AIVEKPSLVG ERSLEGFTLT GTNGHDNEI GDEGPIDAST QNPKADVIED NVTLKPAPLQ THRDQKVPRS SRLASLSKDN ESRPSFKPSF LDSSSNSNGT A RRLSTISN ...文字列:
MSSIVNKSGT RFAPKVRQRR AATGGTPTPK PRTPQLFIPE SKEIEEDNSD NDKGVDENET AIVEKPSLVG ERSLEGFTLT GTNGHDNEI GDEGPIDAST QNPKADVIED NVTLKPAPLQ THRDQKVPRS SRLASLSKDN ESRPSFKPSF LDSSSNSNGT A RRLSTISN KLPKKIRLGS ITENDMNLKT FKRHRVLGKP SSAKKPAGAH RISIVSKISP PTAMTDSLDR NEFSSETSTS RE ADENENY VISKVKDIPK KVRDGESAKY FIDEENFTMA ELCKPNFPIG QISENFEKSK MAKKAKLEKR RHLRELRMRA RQE FKPLHS LTKEEQEEEE EKRKEERDKL LNADIPESDR KAHTAIQLKL NPDGTMAIDE ETMVVDRHKN ASIENEYKEK VDEN PFANL YNYGSYGRGS YTDPWTVEEM IKFYKALSMW GTDFNLISQL YPYRSRKQVK AKFVNEEKKR PILIELALRS KLPPN FDEY CCEIKKNIGT VADFNEKLIE LQNEHKHHMK EIEEAKNTAK EEDQTAQRLN DANLNKKGSG GIMTNDLKVY RKTEVV LGT IDDLKRKKLK ERNNDDNEDN EGSEEEPEID Q

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分子 #7: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 27.042275 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF ...文字列:
MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF PIRLEGLAFS HGTFSSYEPE LFPGLIYRMV KPKIVLLIFV SGKIVLTGAK QREEIYQAFE AIYPVLSEFR KM

+
分子 #8: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

分子名称: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 67.011477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVCKNCHGT EFERDLSNAN NDLVCKACGV VSEDNPIVSE VTFGETSAGA AVVQGSFIGA GQSHAAFGGS SALESREATL NNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG RRSQNVIASC LYVACRKEKT HHMLIDFSSR LQVSVYSIGA T FLKMVKKL ...文字列:
MPVCKNCHGT EFERDLSNAN NDLVCKACGV VSEDNPIVSE VTFGETSAGA AVVQGSFIGA GQSHAAFGGS SALESREATL NNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG RRSQNVIASC LYVACRKEKT HHMLIDFSSR LQVSVYSIGA T FLKMVKKL HITELPLADP SLFIQHFAEK LDLADKKIKV VKDAVKLAQR MSKDWMFEGR RPAGIAGACI LLACRMNNLR RT HTEIVAV SHVAEETLQQ RLNEFKNTKA AKLSVQKFRE NDVEDGEARP PSFVKNRKKE RKIKDSLDKE EMFQTSEEAL NKN PILTQV LGEQELSSKE VLFYLKQFSE RRARVVERIK ATNGIDGENI YHEGSENETR KRKLSEVSIQ NEHVEGEDKE TEGT EEKVK KVKTKTSEEK KENESGHFQD AIDGYSLETD PYCPRNLHLL PTTDTYLSKV SDDPDNLEDV DDEELNAHLL NEEAS KLKE RIWIGLNADF LLEQESKRLK QEADIATGNT SVKKKRTRRR NNTRSDEPTK TVDAAAAIGL MSDLQDKSGL HAALKA AEE SGDFTTADSV KNMLQKASFS KKINYDAIDG LFR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
40.0 mMTris-HCl
80.0 mMNaCl
7.0 mMMgCl2
1.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharged at 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4974 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影Image recording ID: 2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2437 / 平均露光時間: 5.3 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID2
粒子像選択選択した数: 628998
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated using Phyre2 modelling webserver
最終 再構成使用したクラス数: 2 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 101469
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4) / 詳細: Hierarchical Classification Process
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-7q5b:
Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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