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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13771 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120, cell periphery | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | cryoET / cyanobacteria / contractile injection systems / CIS / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Weiss GL / Eisenstein F / Pilhofer M | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria. 著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13771.map.gz | 125.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13771-v30.xml emd-13771.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13771.png | 251.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13771.cif.gz | 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13771 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13771 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13771_validation.pdf.gz | 524.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13771_full_validation.pdf.gz | 523.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13771_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13771_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13771 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13771 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 151.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cell periphery of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament
全体 | 名称: Cell periphery of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Cell periphery of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament
超分子 | 名称: Cell periphery of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: A thylakoid membrane-anchored contractile injection system is visible |
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由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.024 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 128 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Helios NanoLab 600i. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 61 |
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