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- EMDB-13770: Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13770
タイトルCryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120
マップデータCryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC7120 revealed thylakoid-anchored contractile injection systems
試料
  • 細胞: Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament
キーワードcryoET / cyanobacteria / contractile injection systems / CIS / CONTRACTILE PROTEIN
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Weiss GL / Eisenstein F / Pilhofer M
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)679209 日本
Swiss National Science Foundation31003A_179255 日本
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) 日本
German Research Foundation (DFG)SFB766 日本
German Research Foundation (DFG)GRK1708 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria.
著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death.
履歴
登録2021年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_13770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 322.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC7120 revealed thylakoid-anchored contractile injection systems
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.51 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-3.4305289 (±24.041536000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-16-190
サイズ928960380
Spacing960928380
セルA: 12969.601 Å / B: 12537.28 Å / C: 5133.8003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z13.51000104166713.5113.51
M x/y/z960928380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12969.60112537.2805133.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1616-190
NC/NR/NS960928380
D min/max/mean-128.000127.000-3.431

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament

全体名称: Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament
要素
  • 細胞: Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament

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超分子 #1: Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament

超分子名称: Septal region of a cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 filament
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Several thylakoid membrane-anchored contractile injection systems are visible
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.024 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 128 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Helios NanoLab 600i. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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