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- EMDB-13389: human 20S proteasome (before post-processing) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13389
タイトルhuman 20S proteasome (before post-processing)
マップデータ
試料
  • 複合体: human 20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワード20S proteasome / human / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / : / Somitogenesis / myofibril / immune system process / NF-kappaB binding ...purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / : / Somitogenesis / myofibril / immune system process / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / sarcomere / proteasome complex / ciliary basal body / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Degradation of DVL / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / lipopolysaccharide binding / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / G2/M Checkpoints / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / Regulation of RUNX3 expression and activity / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / response to virus / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / secretory granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / postsynapse / response to oxidative stress / nuclear body / Ub-specific processing proteases / ribosome / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / synapse / mitochondrion / proteolysis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 ...Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xu C / Cong Y
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The 20S as a stand-alone proteasome in cells can degrade the ubiquitin tag.
著者: Indrajit Sahu / Sachitanand M Mali / Prasad Sulkshane / Cong Xu / Andrey Rozenberg / Roni Morag / Manisha Priyadarsini Sahoo / Sumeet K Singh / Zhanyu Ding / Yifan Wang / Sharleen Day / Yao ...著者: Indrajit Sahu / Sachitanand M Mali / Prasad Sulkshane / Cong Xu / Andrey Rozenberg / Roni Morag / Manisha Priyadarsini Sahoo / Sumeet K Singh / Zhanyu Ding / Yifan Wang / Sharleen Day / Yao Cong / Oded Kleifeld / Ashraf Brik / Michael H Glickman /
要旨: The proteasome, the primary protease for ubiquitin-dependent proteolysis in eukaryotes, is usually found as a mixture of 30S, 26S, and 20S complexes. These complexes have common catalytic sites, ...The proteasome, the primary protease for ubiquitin-dependent proteolysis in eukaryotes, is usually found as a mixture of 30S, 26S, and 20S complexes. These complexes have common catalytic sites, which makes it challenging to determine their distinctive roles in intracellular proteolysis. Here, we chemically synthesize a panel of homogenous ubiquitinated proteins, and use them to compare 20S and 26S proteasomes with respect to substrate selection and peptide-product generation. We show that 20S proteasomes can degrade the ubiquitin tag along with the conjugated substrate. Ubiquitin remnants on branched peptide products identified by LC-MS/MS, and flexibility in the 20S gate observed by cryo-EM, reflect the ability of the 20S proteasome to proteolyze an isopeptide-linked ubiquitin-conjugate. Peptidomics identifies proteasome-trapped ubiquitin-derived peptides and peptides of potential 20S substrates in Hi20S cells, hypoxic cells, and human failing-heart. Moreover, elevated levels of 20S proteasomes appear to contribute to cell survival under stress associated with damaged proteins.
履歴
登録2021年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pg9
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13389.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0153 / ムービー #1: 0.0153
最小 - 最大-0.022442596 - 0.057840735
平均 (標準偏差)-0.00008285331 (±0.0034388972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 289.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z289.960289.960289.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0220.058-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human 20S proteasome

全体名称: human 20S proteasome
要素
  • 複合体: human 20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4

+
超分子 #1: human 20S proteasome

超分子名称: human 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.432459 KDa
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
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MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.525842 KDa
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.929891 KDa
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.435977 KDa
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.595627 KDa
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MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPA QPADEPAEKA DEPMEH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.469252 KDa
配列文字列: MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #8: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.921836 KDa
配列文字列: TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QVYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.32198 KDa
配列文字列: TTIAGVVYKD GIVLGADTRA TEGMVVADKN CSKIHFISPN IYCCGAGTAA DTDMTTQLIS SNLELHSLST GRLPRVVTAN RMLKQMLFR YQGYIGAALV LGGVDVTGPH LYSIYPHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE DKFRPDMEEE EAKNLVSEAI A AGIFNDLG ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-7

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.972896 KDa
配列文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS ...文字列:
MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.864277 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.484369 KDa
配列文字列: TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

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分子 #13: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.578986 KDa
配列文字列: RFSPYVFNGG TILAIAGEDF AIVASDTRLS EGFSIHTRDS PKCYKLTDKT VIGCSGFHGD CLTLTKIIEA RLKMYKHSNN KAMTTGAIA AMLSTILYSR RFFPYYVYNI IGGLDEEGKG AVYSFDPVGS YQRDSFKAGG SASAMLQPLL DNQVGFKNMQ N VEHVPLSL ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

+
分子 #14: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.41474 KDa
配列文字列: TQNPMVTGTS VLGVKFEGGV VIAADMLGSY GSLARFRNIS RIMRVNNSTM LGASGDYADF QYLKQVLGQM VIDEELLGDG HSYSPRAIH SWLTRAMYSR RSKMNPLWNT MVIGGYADGE SFLGYVDMLG VAYEAPSLAT GYGAYLAQPL LREVLEKQPV L SQTEARDL ...文字列:
TQNPMVTGTS VLGVKFEGGV VIAADMLGSY GSLARFRNIS RIMRVNNSTM LGASGDYADF QYLKQVLGQM VIDEELLGDG HSYSPRAIH SWLTRAMYSR RSKMNPLWNT MVIGGYADGE SFLGYVDMLG VAYEAPSLAT GYGAYLAQPL LREVLEKQPV L SQTEARDL VERCMRVLYY RDARSYNRFQ IATVTEKGVE IEGPLSTETN WDIAHMISGF E

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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