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- EMDB-13375: Core human replisome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13375
タイトルCore human replisome
マップデータConsensus refinement core human replisome
試料
  • 複合体: Core human replisome
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードDNA replication / helicase / CMG / TIMELESS / TIPIN / CLASPIN / AND-1 / EPSILON / POLYMERASE / REPLISOME / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bleomycin / DNA secondary structure binding / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / DNA replication initiation ...cellular response to bleomycin / DNA secondary structure binding / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to hydroxyurea / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / anaphase-promoting complex binding / mitotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / DNA replication proofreading / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / regulation of phosphorylation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA strand elongation involved in DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / positive regulation of double-strand break repair / inner cell mass cell proliferation / activation of protein kinase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / DNA synthesis involved in DNA repair / cochlea development / leading strand elongation / DNA unwinding involved in DNA replication / G1/S-Specific Transcription / Apoptotic cleavage of cellular proteins / replication fork processing / nuclear replication fork / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication origin binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication initiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / error-prone translesion synthesis / embryonic organ development / cellular response to interleukin-4 / Activation of ATR in response to replication stress / response to UV / base-excision repair, gap-filling / DNA helicase activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / ciliary basal body / DNA damage checkpoint signaling / morphogenesis of an epithelium / Assembly of the pre-replicative complex / helicase activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / lung development / Termination of translesion DNA synthesis / regulation of circadian rhythm / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Orc1 removal from chromatin / circadian rhythm / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to xenobiotic stimulus / nucleosome assembly / site of double-strand break / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / DNA helicase / DNA replication / cell population proliferation / DNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon subunit B, N-terminal / DNA polymerases epsilon N terminal / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal ...DNA polymerase epsilon subunit B, N-terminal / DNA polymerases epsilon N terminal / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / DNA polymerase family B, thumb domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA polymerase epsilon subunit 2 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM6 ...Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA polymerase epsilon subunit 2 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / TIMELESS-interacting protein / Claspin / Protein timeless homolog / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jones MJ / Yeeles JTP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A conserved mechanism for regulating replisome disassembly in eukaryotes.
著者: Michael Jenkyn-Bedford / Morgan L Jones / Yasemin Baris / Karim P M Labib / Giuseppe Cannone / Joseph T P Yeeles / Tom D Deegan /
要旨: Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily ...Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily diverse E3 ubiquitin ligases in different eukaryotes (SCF in budding yeast, CUL2 in metazoa), replisome disassembly is governed by a common regulatory principle, in which ubiquitylation of CMG is suppressed before replication termination, to prevent replication fork collapse. Recent evidence suggests that this suppression is mediated by replication fork DNA. However, it is unknown how SCF and CUL2 discriminate terminated from elongating replisomes, to selectively ubiquitylate CMG only after termination. Here we used cryo-electron microscopy to solve high-resolution structures of budding yeast and human replisome-E3 ligase assemblies. Our structures show that the leucine-rich repeat domains of Dia2 and LRR1 are structurally distinct, but bind to a common site on CMG, including the MCM3 and MCM5 zinc-finger domains. The LRR-MCM interaction is essential for replisome disassembly and, crucially, is occluded by the excluded DNA strand at replication forks, establishing the structural basis for the suppression of CMG ubiquitylation before termination. Our results elucidate a conserved mechanism for the regulation of replisome disassembly in eukaryotes, and reveal a previously unanticipated role for DNA in preserving replisome integrity.
履歴
登録2021年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pfo
  • 表面レベル: 0.0113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13375.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus refinement core human replisome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 440 pix.
= 470.8 Å		1.07 Å/pix.
x 440 pix.
= 470.8 Å		1.07 Å/pix.
x 440 pix.
= 470.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0113 / ムービー #1: 0.0113
最小 - 最大-0.016569365 - 0.061714876
平均 (標準偏差)-0.00024775672 (±0.0022362303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 470.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z470.800470.800470.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7810892
NX/NY/NZ127111124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0170.062-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13375_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution filtered consensus refinement core human replisome

ファイルemd_13375_additional_1.map
注釈Local resolution filtered consensus refinement core human replisome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map generate using PHENIX combine focussed maps. Combining consensus...

ファイルemd_13375_additional_2.map
注釈Composite map generate using PHENIX combine_focussed_maps. Combining consensus refinement, AND1/CDC45/GINS and POLE/CDC45/GINS multibodies.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus refinement core human replisome half map 2

ファイルemd_13375_half_map_1.map
注釈Consensus refinement core human replisome half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Consensus refinement core human replisome half map 1

ファイルemd_13375_half_map_2.map
注釈Consensus refinement core human replisome half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

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全体 : Core human replisome

全体名称: Core human replisome
要素
  • 複合体: Core human replisome
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein timeless homolog
    • タンパク質・ペプチド: TIMELESS-interacting protein
    • DNA: Leading strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
    • DNA: Lagging Strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Claspin
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: SULFATE ION

+
超分子 #1: Core human replisome

超分子名称: Core human replisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #8, #7, #3, #5-#6, #2, #1, #4, #10-#13, #9, #15-#17, #14, #18-#19
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.034102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ...文字列:
MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ESIENLEDLK GHSVREWVSM AGPRLEIHHR FKNFLRTHVD SHGHNVFKER ISDMCKENRE SLVVNYEDLA AR EHVLAYF LPEAPAELLQ IFDEAALEVV LAMYPKYDRI TNHIHVRISH LPLVEELRSL RQLHLNQLIR TSGVVTSCTG VLP QLSMVK YNCNKCNFVL GPFCQSQNQE VKPGSCPECQ SAGPFEVNME ETIYQNYQRI RIQESPGKVA AGRLPRSKDA ILLA DLVDS CKPGDEIELT GIYHNNYDGS LNTANGFPVF ATVILANHVA KKDNKVAVGE LTDEDVKMIT SLSKDQQIGE KIFAS IAPS IYGHEDIKRG LALALFGGEP KNPGGKHKVR GDINVLLCGD PGTAKSQFLK YIEKVSSRAI FTTGQGASAV GLTAYV QRH PVSREWTLEA GALVLADRGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTSLQAR CTVIAAANPI GGRYDPS LT FSENVDLTEP IISRFDILCV VRDTVDPVQD EMLARFVVGS HVRHHPSNKE EEGLANGSAA EPAMPNTYGV EPLPQEVL K KYIIYAKERV HPKLNQMDQD KVAKMYSDLR KESMATGSIP ITVRHIESMI RMAEAHARIH LRDYVIEDDV NMAIRVMLE SFIDTQKFSV MRSMRKTFAR YLSFRRDNNE LLLFILKQLV AEQVTYQRNR FGAQQDTIEV PEKDLVDKAR QINIHNLSAF YDSELFRMN KFSHDLKRKM ILQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.110852 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAGTVVLDDV ELREAQRDYL DFLDDEEDQG IYQSKVRELI SDNQYRLIVN VNDLRRKNEK RANRLLNNAF EELVAFQRAL KDFVASIDA TYAKQYEEFY VGLEGSFGSK HVSPRTLTSC FLSCVVCVEG IVTKCSLVRP KVVRSVHYCP ATKKTIERRY S DLTTLVAF ...文字列:
MAGTVVLDDV ELREAQRDYL DFLDDEEDQG IYQSKVRELI SDNQYRLIVN VNDLRRKNEK RANRLLNNAF EELVAFQRAL KDFVASIDA TYAKQYEEFY VGLEGSFGSK HVSPRTLTSC FLSCVVCVEG IVTKCSLVRP KVVRSVHYCP ATKKTIERRY S DLTTLVAF PSSSVYPTKD EENNPLETEY GLSVYKDHQT ITIQEMPEKA PAGQLPRSVD VILDDDLVDK AKPGDRVQVV GT YRCLPGK KGGYTSGTFR TVLIACNVKQ MSKDAQPSFS AEDIAKIKKF SKTRSKDIFD QLAKSLAPSI HGHDYVKKAI LCL LLGGVE RDLENGSHIR GDINILLIGD PSVAKSQLLR YVLCTAPRAI PTTGRGSSGV GLTAAVTTDQ ETGERRLEAG AMVL ADRGV VCIDEFDKMS DMDRTAIHEV MEQGRVTIAK AGIHARLNAR CSVLAAANPV YGRYDQYKTP MENIGLQDSL LSRFD LLFI MLDQMDPEQD REISDHVLRM HRYRAPGEQD GDAMPLGSAV DILATDDPNF SQEDQQDTQI YEKHDNLLHG TKKKKE KMV SAAFMKKYIH VAKIIKPVLT QESATYIAEE YSRLRSQDSM SSDTARTSPV TARTLETLIR LATAHAKARM SKTVDLQ DA EEAVELVQYA YFKKVLEKEK KRKKRSEDES ETEDEEEKSQ EDQEQKRKRR KTRQPDAKDG DSYDPYDFSD TEEEMPQV H TPKTADSQET KESQKVELSE SRLKAFKVAL LDVFREAHAQ SIGMNRLTES INRDSEEPFS SVEIQAALSK MQDDNQVMV SEGIIFLI

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.684852 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR ...文字列:
MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR FLQRFIDPLA KEEENVGIDI TEPLYMQRLG EINVIGEPFL NVNCEHIKSF DKNLYRQLIS YPQEVIPTFD MA VNEIFFD RYPDSILEHQ IQVRPFNALK TKNMRNLNPE DIDQLITISG MVIRTSQLIP EMQEAFFQCQ VCAHTTRVEM DRG RIAEPS VCGRCHTTHS MALIHNRSLF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTVILFAHN DLVDKVQPGD RVNVTGIYRA VPIR VNPRV SNVKSVYKTH IDVIHYRKTD AKRLHGLDEE AEQKLFSEKR VELLKELSRK PDIYERLASA LAPSIYEHED IKKGI LLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEI NILLCGDPGT SKSQLLQYVY NLVPRGQYTS GKGSSAVGLT AYVMKDPETR QLVLQT GAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPIESQ WNPKKTTIEN IQLPHTL LS RFDLIFLLLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQAEEELL DMAVLKDYIA YAHSTIMPRL SEEASQALIE AYVDMRKI G SSRGMVSAYP RQLESLIRLA EAHAKVRLSN KVEAIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGIV DISILTTGMS ATSRKRKEE LAEALKKLIL SKGKTPALKY QQLFEDIRGQ SDIAITKDMF EEALRALADD DFLTVTGKTV RLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: DNA replication licensing factor MCM5

分子名称: DNA replication licensing factor MCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.406633 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI ...文字列:
MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI SIQCRSCRNT LTNIAMRPGL EGYALPRKCN TDQAGRPKCP LDPYFIMPDK CKCVDFQTLK LQELPDAVPH GE MPRHMQL YCDRYLCDKV VPGNRVTIMG IYSIKKFGLT TSRGRDRVGV GIRSSYIRVL GIQVDTDGSG RSFAGAVSPQ EEE EFRRLA ALPNVYEVIS KSIAPSIFGG TDMKKAIACL LFGGSRKRLP DGLTRRGDIN LLMLGDPGTA KSQLLKFVEK CSPI GVYTS GKGSSAAGLT ASVMRDPSSR NFIMEGGAMV LADGGVVCID EFDKMREDDR VAIHEAMEQQ TISIAKAGIT TTLNS RCSV LAAANSVFGR WDETKGEDNI DFMPTILSRF DMIFIVKDEH NEERDVMLAK HVITLHVSAL TQTQAVEGEI DLAKLK KFI AYCRVKCGPR LSAEAAEKLK NRYIIMRSGA RQHERDSDRR SSIPITVRQL EAIVRIAEAL SKMKLQPFAT EADVEEA LR LFQVSTLDAA LSGTLSGVEG FTSQEDQEML SRIEKQLKRR FAIGSQVSEH SIIKDFTKQK YPEHAIHKVL QLMLRRGE I QHRMQRKVLY RLK

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.010273 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV ...文字列:
MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV EQQFKYTQPN ICRNPVCANR RRFLLDTNKS RFVDFQKVRI QETQAELPRG SIPRSLEVIL RAEAVESAQA GD KCDFTGT LIVVPDVSKL STPGARAETN SRVSGVDGYE TEGIRGLRAL GVRDLSYRLV FLACCVAPTN PRFGGKELRD EEQ TAESIK NQMTVKEWEK VFEMSQDKNL YHNLCTSLFP TIHGNDEVKR GVLLMLFGGV PKTTGEGTSL RGDINVCIVG DPST AKSQF LKHVEEFSPR AVYTSGKASS AAGLTAAVVR DEESHEFVIE AGALMLADNG VCCIDEFDKM DVRDQVAIHE AMEQQ TISI TKAGVKATLN ARTSILAAAN PISGHYDRSK SLKQNINLSA PIMSRFDLFF ILVDECNEVT DYAIARRIVD LHSRIE ESI DRVYSLDDIR RYLLFARQFK PKISKESEDF IVEQYKHLRQ RDGSGVTKSS WRITVRQLES MIRLSEAMAR MHCCDEV QP KHVKEAFRLL NKSIIRVETP DVNLDQEEEI QMEVDEGAGG INGHADSPAP VNGINGYNED INQESAPKAS LRLGFSEY C RISNLIVLHL RKVEEEEDES ALKRSELVNW YLKEIESEID SEEELINKKR IIEKVIHRLT HYDHVLIELT QAGLKGSTE GSESYEEDPY LVVNPNYLLE D

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.411875 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT ...文字列:
MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT RVSEVKPKMV VATYTCDQCG AETYQPIQSP TFMPLIMCPS QECQTNRSGG RLYLQTRGSR FIKFQEMKMQ EH SDQVPVG NIPRSITVLV EGENTRIAQP GDHVSVTGIF LPILRTGFRQ VVQGLLSETY LEAHRIVKMN KSEDDESGAG ELT REELRQ IAEEDFYEKL AASIAPEIYG HEDVKKALLL LLVGGVDQSP RGMKIRGNIN ICLMGDPGVA KSQLLSYIDR LAPR SQYTT GRGSSGVGLT AAVLRDSVSG ELTLEGGALV LADQGVCCID EFDKMAEADR TAIHEVMEQQ TISIAKAGIL TTLNA RCSI LAAANPAYGR YNPRRSLEQN IQLPAALLSR FDLLWLIQDR PDRDNDLRLA QHITYVHQHS RQPPSQFEPL DMKLMR RYI AMCREKQPMV PESLADYITA AYVEMRREAW ASKDATYTSA RTLLAILRLS TALARLRMVD VVEKEDVNEA IRLMEMS KD SLLGDKGQTA RTQRPADVIF ATVRELVSGG RSVRFSEAEQ RCVSRGFTPA QFQAALDEYE ELNVWQVNAS RTRITFV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: DNA polymerase epsilon subunit 2

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.600887 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPERLRSRA LSAFKLRGLL LRGEAIKYLT EALQSISELE LEDKLEKIIN AVEKQPLSSN MIERSVVEAA VQECSQSVDE TIEHVFNII GAFDIPRFVY NSERKKFLPL LMTNHPAPNL FGTPRDKAEM FRERYTILHQ RTHRHELFTP PVIGSHPDES G SKFQLKTI ...文字列:
MAPERLRSRA LSAFKLRGLL LRGEAIKYLT EALQSISELE LEDKLEKIIN AVEKQPLSSN MIERSVVEAA VQECSQSVDE TIEHVFNII GAFDIPRFVY NSERKKFLPL LMTNHPAPNL FGTPRDKAEM FRERYTILHQ RTHRHELFTP PVIGSHPDES G SKFQLKTI ETLLGSTTKI GDAIVLGMIT QLKEGKFFLE DPTGTVQLDL SKAQFHSGLY TEACFVLAEG WFEDQVFHVN AF GFPPTEP SSTTRAYYGN INFFGGPSNT SVKTSAKLKQ LEEENKDAMF VFLSDVWLDQ VEVLEKLRIM FAGYSPAPPT CFI LCGNFS SAPYGKNQVQ ALKDSLKTLA DIICEYPDIH QSSRFVFVPG PEDPGFGSIL PRPPLAESIT NEFRQRVPFS VFTT NPCRI QYCTQEITVF REDLVNKMCR NCVRFPSSNL AIPNHFVKTI LSQGHLTPLP LYVCPVYWAY DYALRVYPVP DLLVI ADKY DPFTTTNTEC LCINPGSFPR SGFSFKVFYP SNKTVEDSKL QGF

UniProtKB: DNA polymerase epsilon subunit 2

+
分子 #8: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 261.855266 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSLRSGGRRR ADPGADGEAS RDDGATSSVS ALKRLERSQW TDKMDLRFGF ERLKEPGEKT GWLINMHPTE ILDEDKRLGS AVDYYFIQD DGSRFKVALP YKPYFYIATR KGCEREVSSF LSKKFQGKIA KVETVPKEDL DLPNHLVGLK RNYIRLSFHT V EDLVKVRK ...文字列:
MSLRSGGRRR ADPGADGEAS RDDGATSSVS ALKRLERSQW TDKMDLRFGF ERLKEPGEKT GWLINMHPTE ILDEDKRLGS AVDYYFIQD DGSRFKVALP YKPYFYIATR KGCEREVSSF LSKKFQGKIA KVETVPKEDL DLPNHLVGLK RNYIRLSFHT V EDLVKVRK EISPAVKKNR EQDHASDAYT ALLSSVLQRG GVITDEEETS KKIADQLDNI VDMREYDVPY HIRLSIDLKI HV AHWYNVR YRGNAFPVEI TRRDDLVERP DPVVLAFDIE TTKLPLKFPD AETDQIMMIS YMIDGQGYLI TNREIVSEDI EDF EFTPKP EYEGPFCVFN EPDEAHLIQR WFEHVQETKP TIMVTYNGDF FDWPFVEARA AVHGLSMQQE IGFQKDSQGE YKAP QCIHM DCLRWVKRDS YLPVGSHNLK AAAKAKLGYD PVELDPEDMC RMATEQPQTL ATYSVSDAVA TYYLYMKYVH PFIFA LCTI IPMEPDEVLR KGSGTLCEAL LMVQAFHANI IFPNKQEQEF NKLTDDGHVL DSETYVGGHV EALESGVFRS DIPCRF RMN PAAFDFLLQR VEKTLRHALE EEEKVPVEQV TNFEEVCDEI KSKLASLKDV PSRIECPLIY HLDVGAMYPN IILTNRL QP SAMVDEATCA ACDFNKPGAN CQRKMAWQWR GEFMPASRSE YHRIQHQLES EKFPPLFPEG PARAFHELSR EEQAKYEK R RLADYCRKAY KKIHITKVEE RLTTICQREN SFYVDTVRAF RDRRYEFKGL HKVWKKKLSA AVEVGDAAEV KRCKNMEVL YDSLQLAHKC ILNSFYGYVM RKGARWYSME MAGIVCFTGA NIITQARELI EQIGRPLELD TDGIWCVLPN SFPENFVFKT TNVKKPKVT ISYPGAMLNI MVKEGFTNDQ YQELAEPSSL TYVTRSENSI FFEVDGPYLA MILPASKEEG KKLKKRYAVF N EDGSLAEL KGFEVKRRGE LQLIKIFQSS VFEAFLKGST LEEVYGSVAK VADYWLDVLY SKAANMPDSE LFELISENRS MS RKLEDYG EQKSTSISTA KRLAEFLGDQ MVKDAGLSCR YIISRKPEGS PVTERAIPLA IFQAEPTVRK HFLRKWLKSS SLQ DFDIRA ILDWDYYIER LGSAIQKIIT IPAALQQVKN PVPRVKHPDW LHKKLLEKND VYKQKKISEL FTLEGRRQVT MAEA SEDSP RPSAPDMEDF GLVKLPHPAA PVTVKRKRVL WESQEESQDL TPTVPWQEIL GQPPALGTSQ EEWLVWLRFH KKKWQ LQAR QRLARRKRQR LESAEGVLRP GAIRDGPATG LGSFLRRTAR SILDLPWQIV QISETSQAGL FRLWALVGSD LHCIRL SIP RVFYVNQRVA KAEEGASYRK VNRVLPRSNM VYNLYEYSVP EDMYQEHINE INAELSAPDI EGVYETQVPL LFRALVH LG CVCVVNKQLV RHLSGWEAET FALEHLEMRS LAQFSYLEPG SIRHIYLYHH AQAHKALFGI FIPSQRRASV FVLDTVRS N QMPSLGALYS AEHGLLLEKV GPELLPPPKH TFEVRAETDL KTICRAIQRF LLAYKEERRG PTLIAVQSSW ELKRLASEI PVLEEFPLVP ICVADKINYG VLDWQRHGAR RMIRHYLNLD TCLSQAFEMS RYFHIPIGNL PEDISTFGSD LFFARHLQRH NHLLWLSPT ARPDLGGKEA DDNCLVMEFD DQATVEINSS GCYSTVCVEL DLQNLAVNTI LQSHHVNDME GADSMGISFD V IQQASLED MITGGQAASA PASYDETALC SNTFRILKSM VVGWVKEITQ YHNIYADNQV MHFYRWLRSP SSLLHDPALH RT LHNMMKK LFLQLIAEFK RLGSSVIYAN FNRIILCTKK RRVEDAIAYV EYITSSIHSK ETFHSLTISF SRCWEFLLWM DPS NYGGIK GKVSSRIHCG LQDSQKAGGA EDEQENEDDE EERDGEEEEE AEESNVEDLL ENNWNILQFL PQAASCQNYF LMIV SAYIV AVYHCMKDGL RRSAPGSTPV RRRGASQLSQ EAEGAVGALP GMITFSQDYV ANELTQSFFT ITQKIQKKVT GSRNS TELS EMFPVLPGSH LLLNNPALEF IKYVCKVLSL DTNITNQVNK LNRDLLRLVD VGEFSEEAQF RDPCRSYVLP EVICRS CNF CRDLDLCKDS SFSEDGAVLP QWLCSNCQAP YDSSAIEMTL VEVLQKKLMA FTLQDLVCLK CRGVKETSMP VYCSCAG DF ALTIHTQVFM EQIGIFRNIA QHYGMSYLLE TLEWLLQKNP QLGH

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

+
分子 #9: Cell division control protein 45 homolog

分子名称: Cell division control protein 45 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.016891 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFVSDFRKEF YEVVQSQRVL LFVASDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET AFLEHKEQFH YFILINCGAN VDLLDILQP DEDTIFFVCD THRPVNVVNV YNDTQIKLLI KQDDDLEVPA YEDIFRDEEE DEEHSGNDSD GSEPSEKRTR L DYKDDDIV ...文字列:
MFVSDFRKEF YEVVQSQRVL LFVASDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET AFLEHKEQFH YFILINCGAN VDLLDILQP DEDTIFFVCD THRPVNVVNV YNDTQIKLLI KQDDDLEVPA YEDIFRDEEE DEEHSGNDSD GSEPSEKRTR L DYKDDDIV EQTMRRRQRR EWEARRRDIL FDYEQYEYHG TSSAMVMFEL AWMLSKDLND MLWWAIVGLT DQWVQDKITQ MK YVTDVGV LQRHVSRHNH RNEDEENTLS VDCTRISFEY DLRLVLYQHW SLHDSLCNTS YTAARFKLWS VHGQKRLQEF LAD MGLPLK QVKQKFQAMD ISLKENLREM IEESANKFGM KDMRVQTFSI HFGFKHKFLA SDVVFATMSL MESPEKDGSG TDHF IQALD SLSRSNLDKL YHGLELAKKQ LRATQQTIAS CLCTNLVISQ GPFLYCSLME GTPDVMLFSR PASLSLLSKH LLKSF VCST KNRRCKLLPL VMAAPLSMEH GTVTVVGIPP ETDSSDRKNF FGRAFEKAAE STSSRMLHNH FDLSVIELKA EDRSKF LDA LISLLS

UniProtKB: Cell division control protein 45 homolog, Cell division control protein 45 homolog

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLKDYGEF E VDDGTSVL ...文字列:
MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLKDYGEF E VDDGTSVL LKKNSQHFLP RWKCEQLIRQ GVLEHILS

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #11: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.453713 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDAAEVEFLA EKELVTIIPN FSLDKIYLIG GDLGPFNPGL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRL LPPEWMDVEK LEKMRDHERK EETFTPMPS PYYMELTKLL LNHASDNIPK ADEIRTLVKD MWDTRIAKLR VSADSFVRQQ EAHAKLDNLT LMEINTSGTF L TQALNHMY KLRTNLQPLE STQSQDF

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #12: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.562611 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL ...文字列:
MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL DEMERGLFQT GQKGLNDFQC WEKGQASQIT ASNLVQNYKK RKFTDMED

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #13: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.114236 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKS GLEVLFQGPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKS GLEVLFQGPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF AREFMANTES YLKNVALKHM PPNLQKVDLF RAVPKPDLDS YVFLRVRERQ ENILVEPDTD EQRDYVIDLE KG SQHLIRY KTIAPLVASG AVQLI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #14: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

分子名称: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130.098148 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKENLYF QGMPATRKPM RYGHTEGHTE VCFDDSGSFI VTCGSDGDVR IWEDLDDDDP KFINVGEKA YSCALKSGKL VTAVSNNTIQ VHTFPEGVPD GILTRFTTNA NHVVFNGDGT KIAAGSSDFL VKIVDVMDSS Q QKTFRGHD ...文字列:
MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKENLYF QGMPATRKPM RYGHTEGHTE VCFDDSGSFI VTCGSDGDVR IWEDLDDDDP KFINVGEKA YSCALKSGKL VTAVSNNTIQ VHTFPEGVPD GILTRFTTNA NHVVFNGDGT KIAAGSSDFL VKIVDVMDSS Q QKTFRGHD APVLSLSFDP KDIFLASASC DGSVRVWQIS DQTCAISWPL LQKCNDVINA KSICRLAWQP KSGKLLAIPV EK SVKLYRR ESWSHQFDLS DNFISQTLNI VTWSPCGQYL AAGSINGLII VWNVETKDCM ERVKHEKGYA ICGLAWHPTC GRI SYTDAE GNLGLLENVC DPSGKTSSSK VSSRVEKDYN DLFDGDDMSN AGDFLNDNAV EIPSFSKGII NDDEDDEDLM MASG RPRQR SHILEDDENS VDISMLKTGS SLLKEEEEDG QEGSIHNLPL VTSQRPFYDG PMPTPRQKPF QSGSTPLHLT HRFMV WNSI GIIRCYNDEQ DNAIDVEFHD TSIHHATHLS NTLNYTIADL SHEAILLACE STDELASKLH CLHFSSWDSS KEWIID LPQ NEDIEAICLG QGWAAAATSA LLLRLFTIGG VQKEVFSLAG PVVSMAGHGE QLFIVYHRGT GFDGDQCLGV QLLELGK KK KQILHGDPLP LTRKSYLAWI GFSAEGTPCY VDSEGIVRML NRGLGNTWTP ICNTREHCKG KSDHYWVVGI HENPQQLR C IPCKGSRFPP TLPRPAVAIL SFKLPYCQIA TEKGQMEEQF WRSVIFHNHL DYLAKNGYEY EESTKNQATK EQQELLMKM LALSCKLERE FRCVELADLM TQNAVNLAIK YASRSRKLIL AQKLSELAVE KAAELTATQV EEEEEEEDFR KKLNAGYSNT ATEWSQPRF RNQVEEDAED SGEADDEEKP EIHKPGQNSF SKSTNSSDVS AKSGAVTFSS QGRVNPFKVS ASSKEPAMSM N SARSTNIL DNMGKSSKKS TALSRTTNNE KSPIIKPLIP KPKPKQASAA SYFQKRNSQT NKTEEVKEEN LKNVLSETPA IC PPQNTEN QRPKTGFQMW LEENRSNILS DNPDFSDEAD IIKEGMIRFR VLSTEERKVW ANKAKGETAS EGTEAKKRKR VVD ESDETE NQEEKAKENL NLSKKQKPLD FSTNQKLSAF AFKQE

UniProtKB: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

+
分子 #15: Protein timeless homolog

分子名称: Protein timeless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 138.903031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GMDLHMMNCE LLATCSALGY LEGDTYHKEP DCLESVKDLI RYLRHEDETR DVRQQLGAAQ ILQSDLLPIL TQHHQDKPLF DAVIRLMVN LTQPALLCFG NLPKEPSFRH HFLQVLTYLQ AYKEAFASEK AFGVLSETLY ELLQLGWEER QEEDNLLIER I LLLVRNIL ...文字列:
GMDLHMMNCE LLATCSALGY LEGDTYHKEP DCLESVKDLI RYLRHEDETR DVRQQLGAAQ ILQSDLLPIL TQHHQDKPLF DAVIRLMVN LTQPALLCFG NLPKEPSFRH HFLQVLTYLQ AYKEAFASEK AFGVLSETLY ELLQLGWEER QEEDNLLIER I LLLVRNIL HVPADLDQEK KIDDDASAHD QLLWAIHLSG LDDLLLFLAS SSAEEQWSLH VLEIVSLMFR DQNPEQLAGV GQ GRLAQER SADFAELEVL RQREMAEKKT RALQRGNRHS RFGGSYIVQG LKSIGERDLI FHKGLHNLRN YSSDLGKQPK KVP KRRQAA RELSIQRRSA LNVRLFLRDF CSEFLENCYN RLMGSVKDHL LREKAQQHDE TYYMWALAFF MAFNRAASFR PGLV SETLS VRTFHFIEQN LTNYYEMMLT DRKEAASWAR RMHLALKAYQ ELLATVNEMD ISPDEAVRES SRIIKNNIFY VMEYR ELFL ALFRKFDERC QPRSFLRDLV ETTHLFLKML ERFCRSRGNL VVQNKQKKRR KKKKKVLDQA IVSGNVPSSP EEVEAV WPA LAEQLQCCAQ NSELSMDSVV PFDAASEVPV EEQRAEAMVR IQDCLLAGQA PQALTLLRSA REVWPEGDVF GSQDISP EE EIQLLKQILS APLPRQQGPE ERGAEEEEEE EEEEEEELQV VQVSEKEFNF LDYLKRFACS TVVRAYVLLL RSYQQNSA H TNHCIVKMLH RLAHDLKMEA LLFQLSVFCL FNRLLSDPAA GAYKELVTFA KYILGKFFAL AAVNQKAFVE LLFWKNTAV VREMTEGYGS LDDRSSSRRA PTWSPEEEAH LRELYLANKD VEGQDVVEAI LAHLNTVPRT RKQIIHHLVQ MGLADSVKDF QRKGTHIVL WTGDQELELQ RLFEEFRDSD DVLGHIMKNI TAKRSRARIV DKLLALGLVA ERRELYKKRQ KKLASSILPN G AESLKDFC QEDLEEEENL PEEDSEEEEE GGSEAEQVQG SLVLSNENLG QSLHQEGFSI PLLWLQNCLI RAADDREEDG CS QAVPLVP LTEENEEAME NEQFQQLLRK LGVRPPASGQ ETFWRIPAKL SPTQLRRAAA SLSQPEEEQK LQPELQPKVP GEQ GSDEEH CKEHRAQALR ALLLAHKKKA GLASPEEEDA VGKEPLKAAP KKRQLLDSDE EQEEDEGRNR APELGAPGIQ KKKR YQIED DEDD

UniProtKB: Protein timeless homolog

+
分子 #16: TIMELESS-interacting protein

分子名称: TIMELESS-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.600223 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLEPQENGVI DLPDYEHVED ETFPPFPPPA SPERQDGEGT EPDEESGNGA PVRVPPKRTV KRNIPKLDAQ RLISERGLPA LRHVFDKAK FKGKGHEAED LKMLIRHMEH WAHRLFPKLQ FEDFIDRVEY LGSKKEVQTC LKRIRLDLPI LHEDFVSNND E VAENNEHD ...文字列:
MLEPQENGVI DLPDYEHVED ETFPPFPPPA SPERQDGEGT EPDEESGNGA PVRVPPKRTV KRNIPKLDAQ RLISERGLPA LRHVFDKAK FKGKGHEAED LKMLIRHMEH WAHRLFPKLQ FEDFIDRVEY LGSKKEVQTC LKRIRLDLPI LHEDFVSNND E VAENNEHD VTSTELDPFL TNLSESEMFA SELSRSLTEE QQQRIERNKQ LALERRQAKL LSNSQTLGND MLMNTPRAHT VE EVNTDED QKEESNGLNE DILDNPCNDA IANTLNEEET LLDQSFKNVQ QQLDATSRNI TEAR

UniProtKB: TIMELESS-interacting protein

+
分子 #19: Claspin

分子名称: Claspin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.184703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTGEVGSEVH LEINDPNVIS QEEADSPSDS GQGSYETIGP LSEGDSDEEI FVSKKLKNRK VLQDSDSETE DTNASPEKTT YDSAEEENK ENLYAGKNTK IKRIYKTVAD SDESYMEKSL YQENLEAQVK PCLELSLQSG NSTDFTTDRK SSKKHIHDKE G TAGKAKVK ...文字列:
MTGEVGSEVH LEINDPNVIS QEEADSPSDS GQGSYETIGP LSEGDSDEEI FVSKKLKNRK VLQDSDSETE DTNASPEKTT YDSAEEENK ENLYAGKNTK IKRIYKTVAD SDESYMEKSL YQENLEAQVK PCLELSLQSG NSTDFTTDRK SSKKHIHDKE G TAGKAKVK SKRRLEKEER KMEKIRQLKK KETKNQEDDV EQPFNDSGCL LVDKDLFETG LEDENNSPLE DEESLESIRA AV KNKVKKH KKKEPSLESG VHSFEEGSEL SKGTTRKERK AARLSKEALK QLHSETQRLI RESALNLPYH MPENKTIHDF FKR KPRPTC HGNAMALLKS SKYQSSHHKE IIDTANTTEM NSDHHSKGSE QTTGAENEVE TNALPVVSKE TQIITGSDES CRKD LVKNE ELEIQEKQKQ SDIRPSPGDS SVLQQESNFL GNNHSEECQV GGLVAFEPHA LEGEGPQNPE ETDEKVEEPE QQNKS SAVG PPEKVRRFTL DRLKQLGVDV SIKPRLGADE DSFVILEPET NRELEALKQR FWKHANPAAK PRAGQTVNVN VIVKDM GTD GKEELKADVV PVTLAPKKLD GASHTKPGEK LQVLKAKLQE AMKLRRFEER QKRQALFKLD NEDGFEEEEE EEEEMTD ES EEDGEEKVEK EEKEEELEEE EEKEEEEEEE GNQETAEFLL SSEEIETKDE KEMDKENNDG SSEIGKAVGF LSVPKSLS S DSTLLLFKDS SSKMGYFPTE EKSETDENSG KQPSKLDEDD SCSLLTKESS HNSSFELIGS TIPSYQPCNR QTGRGTSFF PTAGGFRSPS PGLFRASLVS SASKSSGKLS EPSLPIEDSQ DLYNASPEPK TLFLGAGDFQ FCLEDDTQSQ LLDADGFLNV RNHRNQYQA LKPRLPLASM DENAMDANMD ELLDLCTGKF TSQAEKHLPR KSDKKENMEE LLNLCSGKFT SQDASTPASS E LNKQEKES SMGDPMEEAL ALCSGSFPTD KEEEDEEEEF GDFRLVSNDN EFDSDEDEHS DSGNDLALED HEDDDEEELL KR SEKLKRQ MRLRKYLEDE AEVSGSDVGS EDEYDGEEID EYEEDVIDEV LPSDEELQSQ IKKIHMKTML DDDKRQLRLY QER YLADGD LHSDGPGRMR KFRWKNIDDA SQMDLFHRDS DDDQTEEQLD ESEARWRKER IEREQWLRDM AQQGKITAEE EEEI GEDSQ FMILAKKVTA KALQKNASRP MVIQESKSLL RNPFEAIRPG SAQQVKTGSL LNQPKAVLQK LAALSDHNPS APRNS RNFV FHTLSPVKAE AAKESSKSQV KKRGPSFMTS PSPKHLKTDD STSGLTRSIF KYLESLEVLF QGPDYKDDDD KDYKDD DDK DYKDDDDK

UniProtKB: Claspin

+
分子 #17: Leading strand DNA

分子名称: Leading strand DNA / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.396836 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #18: Lagging Strand DNA

分子名称: Lagging Strand DNA / タイプ: dna / ID: 18 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.407533 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #22: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #23: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 490000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 110000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7pfo:
Core human replisome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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