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万見
- EMDB-13328: Time-resolved cryo-EM structures of ATP-induced actomyosin dissoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13328
タイトルTime-resolved cryo-EM structures of ATP-induced actomyosin dissociation
マップデータsharpened map of actomyosin from all timepoints combined
試料
  • 複合体: Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in complex with filamentous actin from rabbit
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Klebl DP / White HD / Sobott F / Muench SP
資金援助3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P0263971/1
American Heart AssociationAMR21-236078
Wellcome Trust08466/Z/15/Z
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: On-grid and in-flow mixing for time-resolved cryo-EM.
著者: David P Klebl / Howard D White / Frank Sobott / Stephen P Muench /
要旨: Time-resolved cryo-electron microscopy (TrEM) allows the study of proteins under non-equilibrium conditions on the millisecond timescale, permitting the analysis of large-scale conformational changes ...Time-resolved cryo-electron microscopy (TrEM) allows the study of proteins under non-equilibrium conditions on the millisecond timescale, permitting the analysis of large-scale conformational changes or assembly and disassembly processes. However, the technique is developing and there have been few comparisons with other biochemical kinetic studies. Using current methods, the shortest time delay is on the millisecond timescale (∼5-10 ms), given by the delay between sample application and vitrification, and generating longer time points requires additional approaches such as using a longer delay line between the mixing element and nozzle, or an incubation step on the grid. To compare approaches, the reaction of ATP with the skeletal actomyosin S1 complex was followed on grids prepared with a 7-700 ms delay between mixing and vitrification. Classification of the cryo-EM data allows kinetic information to be derived which agrees with previous biochemical measurements, showing fast dissociation, low occupancy during steady-state hydrolysis and rebinding once ATP has been hydrolysed. However, this rebinding effect is much less pronounced when on-grid mixing is used and may be influenced by interactions with the air-water interface. Moreover, in-flow mixing results in a broader distribution of reaction times due to the range of velocities in a laminar flow profile (temporal spread), especially for longer time delays. This work shows the potential of TrEM, but also highlights challenges and opportunities for further development.
履歴
登録2021年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13328.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of actomyosin from all timepoints combined
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.043096405 - 0.14011763
平均 (標準偏差)0.00021942142 (±0.0042872727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 426.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.000426.000426.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0430.1400.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13328_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 13 ms particles

ファイルemd_13328_additional_1.map
注釈unsharpened reconstruction from all 13 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 340 ms particles

ファイルemd_13328_additional_10.map
注釈unsharpened reconstruction from all 340 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 400 ms particles

ファイルemd_13328_additional_11.map
注釈unsharpened reconstruction from all 400 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 640 ms particles

ファイルemd_13328_additional_2.map
注釈unsharpened reconstruction from all 640 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: halfmap 2 of actin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_additional_3.map
注釈halfmap 2 of actin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened map of actomyosin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_additional_4.map
注釈unsharpened map of actomyosin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: sharpened map of actin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_additional_5.map
注釈sharpened map of actin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened map of actin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_additional_6.map
注釈unsharpened map of actin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: halfmap 1 of actin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_additional_7.map
注釈halfmap 1 of actin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 700 ms particles

ファイルemd_13328_additional_8.map
注釈unsharpened reconstruction from all 700 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: unsharpened reconstruction from all 7 ms particles

ファイルemd_13328_additional_9.map
注釈unsharpened reconstruction from all 7 ms particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: halfmap 1 of actomyosin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_half_map_1.map
注釈halfmap 1 of actomyosin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: halfmap 2 of actomyosin from all timepoints combined

ファイルemd_13328_half_map_2.map
注釈halfmap 2 of actomyosin from all timepoints combined
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in comple...

全体名称: Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in complex with filamentous actin from rabbit
要素
  • 複合体: Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in complex with filamentous actin from rabbit

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超分子 #1: Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in comple...

超分子名称: Skeletal myosin subfragment 1 (A1 fraction) from rabbit in complex with filamentous actin from rabbit
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 6 / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.56 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.25 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74556
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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