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- EMDB-13327: T. maritima CorA in DDM micelles with Mg2+ bound in D2O -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13327
タイトルT. maritima CorA in DDM micelles with Mg2+ bound in D2O
マップデータT. maritima CorA in DDM micelles with Mg2 bound in D2O
試料
  • 複合体: CorA pentamer with Mg2+ bound
    • タンパク質・ペプチド: Thermotoga maritima CorA
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Larsen AH / Johansen NT / Arleth L
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Mg-dependent conformational equilibria in CorA and an integrated view on transport regulation.
著者: Nicolai Tidemand Johansen / Marta Bonaccorsi / Tone Bengtsen / Andreas Haahr Larsen / Frederik Grønbæk Tidemand / Martin Cramer Pedersen / Pie Huda / Jens Berndtsson / Tamim Darwish / ...著者: Nicolai Tidemand Johansen / Marta Bonaccorsi / Tone Bengtsen / Andreas Haahr Larsen / Frederik Grønbæk Tidemand / Martin Cramer Pedersen / Pie Huda / Jens Berndtsson / Tamim Darwish / Nageshewar Rao Yepuri / Anne Martel / Thomas Günther Pomorski / Andrea Bertarello / Mark Sansom / Mikaela Rapp / Ramon Crehuet / Tobias Schubeis / Kresten Lindorff-Larsen / Guido Pintacuda / Lise Arleth /
要旨: The CorA family of proteins regulates the homeostasis of divalent metal ions in many bacteria, archaea, and eukaryotic mitochondria, making it an important target in the investigation of the ...The CorA family of proteins regulates the homeostasis of divalent metal ions in many bacteria, archaea, and eukaryotic mitochondria, making it an important target in the investigation of the mechanisms of transport and its functional regulation. Although numerous structures of open and closed channels are now available for the CorA family, the mechanism of the transport regulation remains elusive. Here, we investigated the conformational distribution and associated dynamic behaviour of the pentameric Mg channel CorA at room temperature using small-angle neutron scattering (SANS) in combination with molecular dynamics (MD) simulations and solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR). We find that neither the Mg-bound closed structure nor the Mg-free open forms are sufficient to explain the average conformation of CorA. Our data support the presence of conformational equilibria between multiple states, and we further find a variation in the behaviour of the backbone dynamics with and without Mg. We propose that CorA must be in a dynamic equilibrium between different non-conducting states, both symmetric and asymmetric, regardless of bound Mg but that conducting states become more populated in Mg-free conditions. These properties are regulated by backbone dynamics and are key to understanding the functional regulation of CorA.
履歴
登録2021年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2022年2月23日-
現状2022年2月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13327.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T. maritima CorA in DDM micelles with Mg2 bound in D2O
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.14 Å/pix.
x 70 pix.
= 219.8 Å		3.14 Å/pix.
x 70 pix.
= 219.8 Å		3.14 Å/pix.
x 70 pix.
= 219.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0284 / ムービー #1: 0.0284
最小 - 最大-0.07770372 - 0.16286501
平均 (標準偏差)0.0018939998 (±0.015444568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 219.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.143.143.14
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z219.800219.800219.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-0.0780.1630.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CorA pentamer with Mg2+ bound

全体名称: CorA pentamer with Mg2+ bound
要素
  • 複合体: CorA pentamer with Mg2+ bound
    • タンパク質・ペプチド: Thermotoga maritima CorA

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超分子 #1: CorA pentamer with Mg2+ bound

超分子名称: CorA pentamer with Mg2+ bound / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) STAR / 組換プラスミド: pET
分子量理論値: 207.5 kDa/nm

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分子 #1: Thermotoga maritima CorA

分子名称: Thermotoga maritima CorA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GMEEKRLSAK KGLPPGTLVY TGKYREDFEI EVMNYSIEEF REFKTTDVES VLPFRDSSTP TWINITGIH RTDVVQRVGE FFGIHPLVLE DILNVHQRPK VEFFENYVFI VLKMFTYDKN L HELESEQV SLILTKNCVL MFQEKIGDVF DPVRERIRYN RGIIRKKRAD ...文字列:
GMEEKRLSAK KGLPPGTLVY TGKYREDFEI EVMNYSIEEF REFKTTDVES VLPFRDSSTP TWINITGIH RTDVVQRVGE FFGIHPLVLE DILNVHQRPK VEFFENYVFI VLKMFTYDKN L HELESEQV SLILTKNCVL MFQEKIGDVF DPVRERIRYN RGIIRKKRAD YLLYSLIDAL VD DYFVLLE KIDDEIDVLE EEVLERPEKE TVQRTHQLKR NLVELRKTIW PLREVLSSLY RDV PPLIEK ETVPYFRDVY DHTIQIADTV ETFRDIVSGL LDVYLSSVSN KTNEVMKVLT IIAT IFMPL TFIAGIYGMN FEYMPELRWK WGYPVVLAVM GVIAVIMVVY FKKKKWL

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
40.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.5 mMC24H46O11DDM

詳細: Buffer was made with 100% D2O and titrated with DCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: Sample stained with 2% uranyl acetate for 15 sec
詳細SEC-purified prior to fixation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 185577
CTF補正ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 46544
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: See: J. Struct Biol., 2012, 180, 519-530; doi: 10.1016/j.sjb.2012.09.006; RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination; Sjors H.W.Scheres
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: See: J. Struct Biol., 2012, 180, 519-530; doi: 10.1016/j.sjb.2012.09.006; RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination; Sjors H.W.Scheres
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 4654 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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