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万見
- PDB-4l5j: Crystal structures of the LsrR proteins complexed with phospho-AI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l5j
タイトルCrystal structures of the LsrR proteins complexed with phospho-AI-2 and its two different analogs reveal distinct mechanisms for ligand recognition
要素Transcriptional regulator LsrR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / DNA transcriptional regulator / Phospho-AI-2 binding / DNA binding / SorC/DeoR family / Helix-Turn-Helix domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to heat / carbohydrate binding / DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / Transcriptional regulator LsrR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ryu, K.S. / Ha, J.H. / Eo, Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the LsrR Proteins Complexed with Phospho-AI-2 and Two Signal-Interrupting Analogues Reveal Distinct Mechanisms for Ligand Recognition.
著者: Ha, J.H. / Eo, Y. / Grishaev, A. / Guo, M. / Smith, J.A. / Sintim, H.O. / Kim, E.H. / Cheong, H.K. / Bentley, W.E. / Ryu, K.S.
履歴
登録2013年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator LsrR
B: Transcriptional regulator LsrR
C: Transcriptional regulator LsrR
D: Transcriptional regulator LsrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,5888
ポリマ－135,6674
非ポリマー9204
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area49010 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional regulator LsrR
B: Transcriptional regulator LsrR
C: Transcriptional regulator LsrR
D: Transcriptional regulator LsrR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator LsrR
B: Transcriptional regulator LsrR
C: Transcriptional regulator LsrR
D: Transcriptional regulator LsrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,17616
ポリマ－271,3358
非ポリマー1,8418
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area22610 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area94660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.330, 80.611, 118.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator LsrR


分子量: 33916.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: lsrR, ydeW, b1512, JW1505 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76141
#2: 糖
ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 2% isopropanol, 8% gamma-butyrolactone, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.32 Å / Num. all: 45073 / Num. obs: 45072 / % possible obs: 78.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→47.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 206683.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 4553 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 45072 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1477 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-17.79 Å2
2---4.96 Å20 Å2
3---5.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.94 Å0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9216 0 56 236 9508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 640 10.1 %
Rwork0.419 5673 -
obs--78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6r5p_all_cns.paramr5p_all_cns.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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