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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13316 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 Env (BG505 SOSIP.664) in complex with the IgA bNAb 7-269 and the antibody 3BNC117. | |||||||||
マップデータ | Map corresponding to the Env 7269 3BNC117 complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Fernandez I / Bontems F / Pehau-Arnaudet G / Rey F | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Exp Med / 年: 2022 タイトル: Epitope convergence of broadly HIV-1 neutralizing IgA and IgG antibody lineages in a viremic controller. 著者: Valérie Lorin / Ignacio Fernández / Guillemette Masse-Ranson / Mélanie Bouvin-Pley / Luis M Molinos-Albert / Cyril Planchais / Thierry Hieu / Gérard Péhau-Arnaudet / Dominik Hrebík / ...著者: Valérie Lorin / Ignacio Fernández / Guillemette Masse-Ranson / Mélanie Bouvin-Pley / Luis M Molinos-Albert / Cyril Planchais / Thierry Hieu / Gérard Péhau-Arnaudet / Dominik Hrebík / Giulia Girelli-Zubani / Oriane Fiquet / Florence Guivel-Benhassine / Rogier W Sanders / Bruce D Walker / Olivier Schwartz / Johannes F Scheid / Jordan D Dimitrov / Pavel Plevka / Martine Braibant / Michael S Seaman / François Bontems / James P Di Santo / Félix A Rey / Hugo Mouquet / 要旨: Decrypting the B cell ontogeny of HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is paramount for vaccine design. Here, we characterized IgA and IgG bNAbs of three distinct B cell lineages in a ...Decrypting the B cell ontogeny of HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is paramount for vaccine design. Here, we characterized IgA and IgG bNAbs of three distinct B cell lineages in a viremic controller, two of which comprised only IgG+ or IgA+ blood memory B cells; the third combined both IgG and IgA clonal variants. 7-269 bNAb in the IgA-only lineage displayed the highest neutralizing capacity despite limited somatic mutation, and delayed viral rebound in humanized mice. bNAbs in all three lineages targeted the N332 glycan supersite. The 2.8-Å resolution cryo-EM structure of 7-269-BG505 SOSIP.664 complex showed a similar pose as 2G12, on an epitope mainly composed of sugar residues comprising the N332 and N295 glycans. Binding and cryo-EM structural analyses showed that antibodies from the two other lineages interact mostly with glycans N332 and N386. Hence, multiple B cell lineages of IgG and IgA bNAbs focused on a unique HIV-1 site of vulnerability can codevelop in HIV-1 viremic controllers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13316.map.gz | 145 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13316-v30.xml emd-13316.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13316.png | 16 KB | ||
マスクデータ | emd_13316_msk_1.map | 282.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13316_additional_1.map.gz | 264.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13316 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13316_validation.pdf.gz | 363.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13316_full_validation.pdf.gz | 363.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13316_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13316_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map corresponding to the Env 7269 3BNC117 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13316_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map obtained by local refinement applying a mask on one protomer
ファイル | emd_13316_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map obtained by local refinement applying a mask on one protomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of HIV Env (BG505 SOSIP.664) with bNAbs 3BNC117 (...
全体 | 名称: Ternary complex of HIV Env (BG505 SOSIP.664) with bNAbs 3BNC117 (IgG Fab) and 7269 (IgA Fab) |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of HIV Env (BG505 SOSIP.664) with bNAbs 3BNC117 (...
超分子 | 名称: Ternary complex of HIV Env (BG505 SOSIP.664) with bNAbs 3BNC117 (IgG Fab) and 7269 (IgA Fab) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Env protomer with one 3BNC117 Fab and one 7-269 Fab
超分子 | 名称: Env protomer with one 3BNC117 Fab and one 7-269 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 7-269 IgA Fab heavy chain
分子 | 名称: 7-269 IgA Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.425404 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASRFDFN RFGMHWVRQA PGKGLEWVAY MSYDGGDRYY ADSVKGRFTI SRDNSKSTLH LQMDSLRPE DTAVYYCAKD DILGDCSTSH CYWGYYYQGM DVWGHGTTVT VSSASTTSPK VFPLSLCSTQ PDGNVVIACL V QGFFPQEP ...文字列: QMQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASRFDFN RFGMHWVRQA PGKGLEWVAY MSYDGGDRYY ADSVKGRFTI SRDNSKSTLH LQMDSLRPE DTAVYYCAKD DILGDCSTSH CYWGYYYQGM DVWGHGTTVT VSSASTTSPK VFPLSLCSTQ PDGNVVIACL V QGFFPQEP LSVTWSESGQ GVTARNFPPS QDASGDLYTT SSQLTLPATQ CLAGKSVTCH VKHYTNPSQD VTVPCPHHHH HH |
-分子 #2: 7-269 IgA Fab light chain
分子 | 名称: 7-269 IgA Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.520053 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPDT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SNLVWYQQKP GQSTRVLIYG ASTRAATVPA RFSGGGSGTE FTLTISSVQS EDFAVYYCY HYNNWPRGSF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVMTQSPDT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SNLVWYQQKP GQSTRVLIYG ASTRAATVPA RFSGGGSGTE FTLTISSVQS EDFAVYYCY HYNNWPRGSF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: gp120, BG505 SOSIP.664 T332N
分子 | 名称: gp120, BG505 SOSIP.664 T332N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 |
分子量 | 理論値: 54.064277 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R |
-分子 #4: gp41 BG505 T332N SOSIP.664
分子 | 名称: gp41 BG505 T332N SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #5: 3BNC IgG Fab heavy chain
分子 | 名称: 3BNC IgG Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.656484 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC |
-分子 #6: 3BNC117 IgG Fab light chain
分子 | 名称: 3BNC117 IgG Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.022658 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 20 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |