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万見
- EMDB-13269: The pore conformation of lymphocyte perforin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13269
タイトルThe pore conformation of lymphocyte perforin
マップデータ
試料
  • 複合体: Oligomerised mouse Perforin in its inserted state
    • タンパク質・ペプチド: Perforin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPore forming protein perforin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell ...positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell / protein secretion / immunological synapse / endosome lumen / T cell mediated cytotoxicity / protein homooligomerization / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism / defense response to virus / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Ivanova ME / Lukoyanova N
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust106249/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust209250/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust208398/Z/17/Z 英国
European Research Council (ERC)294408 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The pore conformation of lymphocyte perforin.
著者: Marina E Ivanova / Natalya Lukoyanova / Sony Malhotra / Maya Topf / Joseph A Trapani / Ilia Voskoboinik / Helen R Saibil /
要旨: Perforin is a pore-forming protein that facilitates rapid killing of pathogen-infected or cancerous cells by the immune system. Perforin is released from cytotoxic lymphocytes, together with ...Perforin is a pore-forming protein that facilitates rapid killing of pathogen-infected or cancerous cells by the immune system. Perforin is released from cytotoxic lymphocytes, together with proapoptotic granzymes, to bind to a target cell membrane where it oligomerizes and forms pores. The pores allow granzyme entry, which rapidly triggers the apoptotic death of the target cell. Here, we present a 4-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the perforin pore, revealing previously unidentified inter- and intramolecular interactions stabilizing the assembly. During pore formation, the helix-turn-helix motif moves away from the bend in the central β sheet to form an intermolecular contact. Cryo-electron tomography shows that prepores form on the membrane surface with minimal conformational changes. Our findings suggest the sequence of conformational changes underlying oligomerization and membrane insertion, and explain how several pathogenic mutations affect function.
履歴
登録2021年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pag
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7pag
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 240 pix.
= 321.6 Å		1.34 Å/pix.
x 240 pix.
= 321.6 Å		1.34 Å/pix.
x 240 pix.
= 321.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.079215944 - 0.1557281
平均 (標準偏差)0.00030226613 (±0.0036413132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 321.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.600321.600321.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0790.1560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Oligomerised mouse Perforin in its inserted state

全体名称: Oligomerised mouse Perforin in its inserted state
要素
  • 複合体: Oligomerised mouse Perforin in its inserted state
    • タンパク質・ペプチド: Perforin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Oligomerised mouse Perforin in its inserted state

超分子名称: Oligomerised mouse Perforin in its inserted state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Perforin-1

分子名称: Perforin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 60.827051 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PCYTATRSEC KQKHKFVPGV WMAGEGMDVT TLRRSGSFPV NTQRFLRPDR TCTLCKNSLM RDATQRLPVA ITHWRPHSSH CQRNVAAAK VHSTEGVARE AAANINNDWR VGLDVNPRPE ANMRASVAGS HSKVANFAAE KTYQDQYNFN SDTVECRMYS F RLVQKPPL ...文字列:
PCYTATRSEC KQKHKFVPGV WMAGEGMDVT TLRRSGSFPV NTQRFLRPDR TCTLCKNSLM RDATQRLPVA ITHWRPHSSH CQRNVAAAK VHSTEGVARE AAANINNDWR VGLDVNPRPE ANMRASVAGS HSKVANFAAE KTYQDQYNFN SDTVECRMYS F RLVQKPPL HLDFKKALRA LPRNFNSSTE HAYHRLISSY GTHFITAVDL GGRISVLTAL RTCQLTLNGL TADEVGDCLN VE AQVSIGA QASVSSEYKA CEEKKKQHKM ATSFHQTYRE RHVEVLGGPL DSTHDLLFGN QATPEQFSTW TASLPSNPGL VDY SLEPLH TLLEEQNPKR EALRQAISHY IMSRARWQNC SRPCRSGQHK SSHDSCQCEC QDSKVTNQDC CPRQRGLAHL VVSN FRAEH LWGDYTTATD AYLKVFFGGQ EFRTGVVWNN NNPRWTDKMD FENVLLSTGG PLRVQVWDAD YGWDDDLLGS CDRSP HSGF HEVTCELNHG RVKFSYHAKC LPHLTGGTCL EYAPQGLLGD PPGNRSGAVW HHHHHH

UniProtKB: Perforin-1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: 229,789 particles were symmetry expanded with C22 symmetry giving the final number of particles 5,055,358
使用した粒子像数: 229789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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