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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13266 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of System XC- in complex with glutamate | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | postprocessed | |||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport ...cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport / negative regulation of ferroptosis / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / dipeptide import across plasma membrane / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / proline transport / amino acid transmembrane transport / regulation of protein transport / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / glutathione transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / regulation of cellular response to oxidative stress / lens fiber cell differentiation / ventricular system development / intracellular glutamate homeostasis / L-glutamate import across plasma membrane / Tryptophan catabolism / astrocyte projection / striatum development / exogenous protein binding / amino acid transport / anchoring junction / Basigin interactions / limb development / response to redox state / microvillus membrane / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / adult behavior / lung alveolus development / regulation of synapse organization / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / glutathione metabolic process / basal plasma membrane / response to nicotine / brush border membrane / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / 血小板 / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / メラノソーム / virus receptor activity / apical part of cell / cellular response to oxidative stress / regulation of cell population proliferation / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / シナプス / 細胞膜 / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Parker JL / Deme JC / Lea SM / Newstead S | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 10件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Molecular basis for redox control by the human cystine/glutamate antiporter system xc. 著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Dimitrios Kolokouris / Gabriel Kuteyi / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead / 要旨: Cysteine plays an essential role in cellular redox homoeostasis as a key constituent of the tripeptide glutathione (GSH). A rate limiting step in cellular GSH synthesis is the availability of ...Cysteine plays an essential role in cellular redox homoeostasis as a key constituent of the tripeptide glutathione (GSH). A rate limiting step in cellular GSH synthesis is the availability of cysteine. However, circulating cysteine exists in the blood as the oxidised di-peptide cystine, requiring specialised transport systems for its import into the cell. System xc is a dedicated cystine transporter, importing cystine in exchange for intracellular glutamate. To counteract elevated levels of reactive oxygen species in cancerous cells system xc is frequently upregulated, making it an attractive target for anticancer therapies. However, the molecular basis for ligand recognition remains elusive, hampering efforts to specifically target this transport system. Here we present the cryo-EM structure of system xc in both the apo and glutamate bound states. Structural comparisons reveal an allosteric mechanism for ligand discrimination, supported by molecular dynamics and cell-based assays, establishing a mechanism for cystine transport in human cells. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13266.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13266-v30.xml emd-13266.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13266_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13266.png | 82.8 KB | ||
マスクデータ | emd_13266_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13266_additional_1.map.gz emd_13266_half_map_1.map.gz emd_13266_half_map_2.map.gz | 62.2 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13266_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_13266_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13266_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13266_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : System XC-
全体 | 名称: System XC- |
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要素 |
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-超分子 #1: System XC-
超分子 | 名称: System XC- / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子 | 名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 69.161867 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHE LQPPEASIAV VSIPRQLPGS HSEAGVQGLS AGDDSELGSH CVAQTGLELL ASGDPLPSAS QNAEMIETGS DCVTQAGLQ LLASSDPPAL ASKNAEVTGT MSQDTEVDMK EVELNELEPE KQPMNAASGA AMSLAGAEKN GLVKIKVAED E AEAAAAAK ...文字列: MHHHHHHHHE LQPPEASIAV VSIPRQLPGS HSEAGVQGLS AGDDSELGSH CVAQTGLELL ASGDPLPSAS QNAEMIETGS DCVTQAGLQ LLASSDPPAL ASKNAEVTGT MSQDTEVDMK EVELNELEPE KQPMNAASGA AMSLAGAEKN GLVKIKVAED E AEAAAAAK FTGLSKEELL KVAGSPGWVR TRWALLLLFW LGWLGMLAGA VVIIVRAPRC RELPAQKWWH TGALYRIGDL QA FQGHGAG NLAGLKGRLD YLSSLKVKGL VLGPIHKNQK DDVAQTDLLQ IDPNFGSKED FDSLLQSAKK KSIRVILDLT PNY RGENSW FSTQVDTVAT KVKDALEFWL QAGVDGFQVR DIENLKDASS FLAEWQNITK GFSEDRLLIA GTNSSDLQQI LSLL ESNKD LLLTSSYLSD SGSTGEHTKS LVTQYLNATG NRWCSWSLSQ ARLLTSFLPA QLLRLYQLML FTLPGTPVFS YGDEI GLDA AALPGQPMEA PVMLWDESSF PDIPGAVSAN MTVKGQSEDP GSLLSLFRRL SDQRSKERSL LHGDFHAFSA GPGLFS YIR HWDQNERFLV VLNFGDVGLS AGLQASDLPA SASLPAKADL LLSTQPGREE GSPLELERLK LEPHEGLLLR FPYAA |
-分子 #2: Cystine/glutamate transporter
分子 | 名称: Cystine/glutamate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.466605 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKV RKPVVSTISK GGYLQGNVNG RLPSLGNKEP PGQEKVQLKR KVTLLRGVSI IIGTIIGAGI FISPKGVLQN TGSVGMSLT IWTVCGVLSL FGALSYAELG TTIKKSGGHY TYILEVFGPL PAFVRVWVEL LIIRPAATAV ISLAFGRYIL E PFFIQCEI ...文字列: MDYKDDDDKV RKPVVSTISK GGYLQGNVNG RLPSLGNKEP PGQEKVQLKR KVTLLRGVSI IIGTIIGAGI FISPKGVLQN TGSVGMSLT IWTVCGVLSL FGALSYAELG TTIKKSGGHY TYILEVFGPL PAFVRVWVEL LIIRPAATAV ISLAFGRYIL E PFFIQCEI PELAIKLITA VGITVVMVLN SMSVSWSARI QIFLTFCKLT AILIIIVPGV MQLIKGQTQN FKDAFSGRDS SI TRLPLAF YYGMYAYAGW FYLNFVTEEV ENPEKTIPLA ICISMAIVTI GYVLTNVAYF TTINAEELLL SNAVAVTFSE RLL GNFSLA VPIFVALSCF GSMNGGVFAV SRLFYVASRE GHLPEILSMI HVRKHTPLPA VIVLHPLTMI MLFSGDLDSL LNFL SFARW LFIGLAVAGL IYLRYKCPDM HRPFKVPLFI PALFSFTCLF MVALSLYSDP FSTGIGFVIT LTGVPAYYLF IIWDK KPRW FRIMSEKITR TLQIILEVVP EEDKL |
-分子 #3: GLUTAMIC ACID
分子 | 名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GLU |
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分子量 | 理論値: 147.129 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.1 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |