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万見
- EMDB-1322: Insights into transcription initiation and termination from the e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1322
タイトルInsights into transcription initiation and termination from the electron microscopy structure of yeast RNA polymerase III.
マップデータThree volume calculated by back projection
試料
  • 試料: yeast RNA polymerase III
  • タンパク質・ペプチド: x 17種
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Fernandez-Tornero C / Bottcher B / Riva M / Carles C / Steuerwald U / Ruigrok RW / Sentenac A / Muller CW / Schoehn G
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2007
タイトル: Insights into transcription initiation and termination from the electron microscopy structure of yeast RNA polymerase III.
著者: Carlos Fernández-Tornero / Bettina Böttcher / Michel Riva / Christophe Carles / Ulrich Steuerwald / Rob W H Ruigrok / André Sentenac / Christoph W Müller / Guy Schoehn /
要旨: RNA polymerase III (RNAPIII) synthesizes tRNA, 5S RNA, U6 snRNA, and other small RNAs. The structure of yeast RNAPIII, determined at 17 A resolution by cryo-electron microscopy and single-particle ...RNA polymerase III (RNAPIII) synthesizes tRNA, 5S RNA, U6 snRNA, and other small RNAs. The structure of yeast RNAPIII, determined at 17 A resolution by cryo-electron microscopy and single-particle analysis, reveals a hand-like shape typical of RNA polymerases. Compared to RNAPII, RNAPIII is characterized by a bulkier stalk and by prominent features extending from the DNA binding cleft. We attribute the latter primarily to five RNAPIII-specific subunits, present as two distinct subcomplexes (C82/C34/C31 and C53/C37). Antibody labeling experiments localize the C82/C34/C31 subcomplex to the clamp side of the DNA binding cleft, consistent with its known role in transcription initiation. The C53/C37 subcomplex appears to be situated across the cleft, near the presumed location of downstream DNA, accounting for its role in transcription termination. Our structure rationalizes available mutagenesis and biochemical data and provides insights into RNAPIII-mediated transcription.
履歴
登録2007年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月7日-
マップ公開2007年4月20日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1322.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1322.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three volume calculated by back projection
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.75 Å/pix.
x 144 pix.
= 252. Å		1.75 Å/pix.
x 144 pix.
= 252. Å		1.75 Å/pix.
x 144 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0239 / ムービー #1: 0.02113
最小 - 最大-0.0608731 - 0.146325
平均 (標準偏差)0.0020486 (±0.012737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 252 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ144144144
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0610.1460.002

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : yeast RNA polymerase III

全体名称: yeast RNA polymerase III
要素
  • 試料: yeast RNA polymerase III
  • タンパク質・ペプチド: C160
  • タンパク質・ペプチド: C128
  • タンパク質・ペプチド: AC40
  • タンパク質・ペプチド: AC19
  • タンパク質・ペプチド: ABC27
  • タンパク質・ペプチド: ABC23
  • タンパク質・ペプチド: ABC14.5
  • タンパク質・ペプチド: ABC10alpha
  • タンパク質・ペプチド: ABC10beta
  • タンパク質・ペプチド: C25
  • タンパク質・ペプチド: C17
  • タンパク質・ペプチド: C53
  • タンパク質・ペプチド: C37
  • タンパク質・ペプチド: C11
  • タンパク質・ペプチド: C82
  • タンパク質・ペプチド: C34
  • タンパク質・ペプチド: C31

+
超分子 #1000: yeast RNA polymerase III

超分子名称: yeast RNA polymerase III / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Yeast strain YOR207C containing a C-terminal tandem affinity purification tag on subunit C128 was grown on YPD medium to late log phase
集合状態: The yeast enzyme is composed of seventeen components
Number unique components: 17
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa

+
分子 #1: C160

分子名称: C160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YOR207C / 別称: Baker's yeast / 組織: yeast / 細胞: yeast
分子量実験値: 160 KDa / 理論値: 160 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #2: C128

分子名称: C128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 128 KDa / 理論値: 128 KDa

+
分子 #3: AC40

分子名称: AC40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa

+
分子 #4: AC19

分子名称: AC19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 19 KDa / 理論値: 19 KDa

+
分子 #5: ABC27

分子名称: ABC27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 27 KDa / 理論値: 27 KDa

+
分子 #6: ABC23

分子名称: ABC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 23 KDa / 理論値: 23 KDa

+
分子 #7: ABC14.5

分子名称: ABC14.5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 14.5 KDa / 理論値: 14.5 KDa

+
分子 #8: ABC10alpha

分子名称: ABC10alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 10 KDa / 理論値: 10 KDa

+
分子 #9: ABC10beta

分子名称: ABC10beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 10 KDa / 理論値: 10 KDa

+
分子 #10: C25

分子名称: C25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa

+
分子 #11: C17

分子名称: C17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 17 KDa / 理論値: 17 KDa

+
分子 #12: C53

分子名称: C53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 53 KDa / 理論値: 53 KDa

+
分子 #13: C37

分子名称: C37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 37 KDa / 理論値: 37 KDa

+
分子 #14: C11

分子名称: C11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 11 KDa / 理論値: 11 KDa

+
分子 #15: C82

分子名称: C82 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 82 KDa / 理論値: 82 KDa

+
分子 #16: C34

分子名称: C34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 34 KDa / 理論値: 34 KDa

+
分子 #17: C31

分子名称: C31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 31 KDa / 理論値: 31 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 200 mM Ammonium Sulfate, 10 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: coventional Cryo EM
グリッド詳細: home made holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: modified controlled environment vitrification
手法: Manual blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000
日付2005年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 12 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider imagic
詳細: Projection matching started with a random conical tilt model
使用した粒子像数: 10000
最終 角度割当詳細: 386 reprojections
最終 2次元分類クラス数: 386

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid Body
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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