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万見
- EMDB-13140: Human Neurokinin 1 receptor (NK1R) substance P Gq chimera (mGsqi)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13140
タイトルHuman Neurokinin 1 receptor (NK1R) substance P Gq chimera (mGsqi) complex
マップデータprocessed map
試料
  • 複合体: NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera (Gsqi) and scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Substance-P receptor
    • タンパク質・ペプチド: Substance P
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードReceptor / Complex / Eukaryotic protein / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning ...substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning / positive regulation of lymphocyte proliferation / tachykinin receptor signaling pathway / response to ozone / sperm head / response to auditory stimulus / positive regulation of action potential / positive regulation of hormone secretion / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of blood pressure / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of ossification / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of leukocyte migration / eating behavior / associative learning / behavioral response to pain / angiotensin-mediated drinking behavior / sperm flagellum / positive regulation of epithelial cell migration / long-term memory / response to electrical stimulus / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / positive regulation of stress fiber assembly / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / Regulation of insulin secretion / response to nicotine / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / response to peptide hormone / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / sensory perception of taste / response to estradiol / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Clathrin-mediated endocytosis / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / G-protein alpha subunit, group S / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / G-protein alpha subunit, group S / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha / Substance-P receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Thom C / Ehrenmann J
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_182334 スイス
European Research Council (ERC)810057-HighResCells スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structures of neurokinin 1 receptor in complex with G and G proteins reveal substance P binding mode and unique activation features.
著者: Cristian Thom / Janosch Ehrenmann / Santiago Vacca / Yann Waltenspühl / Jendrik Schöppe / Ohad Medalia / Andreas Plückthun /
要旨: The neurokinin 1 receptor (NKR) is involved in inflammation and pain transmission. This pathophysiologically important G protein–coupled receptor is predominantly activated by its cognate agonist ...The neurokinin 1 receptor (NKR) is involved in inflammation and pain transmission. This pathophysiologically important G protein–coupled receptor is predominantly activated by its cognate agonist substance P (SP) but also by the closely related neurokinins A and B. Here, we report cryo–electron microscopy structures of SP-bound NKR in complex with its primary downstream signal mediators, G and G. Our structures reveal how a polar network at the extracellular, solvent-exposed receptor surface shapes the orthosteric pocket and that NKR adopts a noncanonical active-state conformation with an interface for G protein binding, which is distinct from previously reported structures. Detailed comparisons with antagonist-bound NKR crystal structures reveal that insurmountable antagonists induce a distinct and long-lasting receptor conformation that sterically blocks SP binding. Together, our structures provide important structural insights into ligand and G protein promiscuity, the lack of basal signaling, and agonist- and antagonist-induced conformations in the neurokinin receptor family.
履歴
登録2021年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.277
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p00
  • 表面レベル: 0.277
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13140.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 416 pix.
= 270.816 Å		0.65 Å/pix.
x 416 pix.
= 270.816 Å		0.65 Å/pix.
x 416 pix.
= 270.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.651 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.277 / ムービー #1: 0.277
最小 - 最大-2.1817667 - 3.3307266
平均 (標準偏差)-0.000850051 (±0.05369625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 270.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6510.6510.651
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.816270.816270.816
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-2.1823.331-0.001

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添付データ

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追加マップ: raw map

ファイルemd_13140_additional_1.map
注釈raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera ...

全体名称: NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera (Gsqi) and scFv16
要素
  • 複合体: NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera (Gsqi) and scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Substance-P receptor
    • タンパク質・ペプチド: Substance P
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera ...

超分子名称: NK1R in complex with Substance P, heterotrimeric mini-Gq chimera (Gsqi) and scFv16
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Antibody fragment scFv16

分子名称: Antibody fragment scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.409229 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPE KGLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG Q GTTLTVSS ...文字列:
MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPE KGLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG Q GTTLTVSS GGGGSGGGGS GGGGSDIVMT QATSSVPVTP GESVSISCRS SKSLLHSNGN TYLYWFLQRP GQSPQLLIYR MS NLASGVP DRFSGSGSGT AFTLTISRLE AEDVGVYYCM QHLEYPLTFG AGTKLELKAA A

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.086641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY L SCCRFLDD ...文字列:
MHHHHHHHHH HGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY L SCCRFLDD NQIVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HE SDINAIC FFPNGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAG VLAGHD NRVSCLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine n...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.304219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNLFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNLFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha

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分子 #5: Substance-P receptor

分子名称: Substance-P receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.218668 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPMDN VLPVDSDLSP NISTNTSEPN QFVQPAWQIV LWAAAYTVI VVTSVVGNVV VMWIILAHKR MRTVTNYFLV NLAFAEASMA AFNTVVNFTY AVHNEWYYGL FYCKFHNFFP I AAVFASIY ...文字列:
MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPMDN VLPVDSDLSP NISTNTSEPN QFVQPAWQIV LWAAAYTVI VVTSVVGNVV VMWIILAHKR MRTVTNYFLV NLAFAEASMA AFNTVVNFTY AVHNEWYYGL FYCKFHNFFP I AAVFASIY SMTAVAFDRY MAIIHPLQPR LSATATKVVI CVIWVLALLL AFPQGYYSTT ETMPSRVVCM IEWPEHPNKI YE KVYHICV TVLIYFLPLL VIGYAYTVVG ITLWASEIPG DSSDRYHEQV SAKRKVVKMM IVVVCTFAIC WLPFHIFFLL PYI NPDLYL KKFIQQVYLA IMWLAMSSTM YNPIIYCCLN DRFRLGFKHA FRCCPFISAG DYEGLE

UniProtKB: Substance-P receptor

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分子 #6: Substance P

分子名称: Substance P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.348637 KDa
配列文字列:
RPKPQQFFGL M(NH2)

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 62.51 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3511990
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1) / 使用した粒子像数: 558058
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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