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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1308 | |||||||||
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タイトル | Electron cryotomography reveals the portal in the herpesvirus capsid. | |||||||||
マップデータ | This is the map of the portal. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Chang JT / Schmid MF / Rixon FJ / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2007 タイトル: Electron cryotomography reveals the portal in the herpesvirus capsid. 著者: Juan T Chang / Michael F Schmid / Frazer J Rixon / Wah Chiu / 要旨: Herpes simplex virus type 1 is a human pathogen responsible for a range of illnesses from cold sores to encephalitis. The icosahedral capsid has a portal at one fivefold vertex which, by analogy to ...Herpes simplex virus type 1 is a human pathogen responsible for a range of illnesses from cold sores to encephalitis. The icosahedral capsid has a portal at one fivefold vertex which, by analogy to portal-containing phages, is believed to mediate genome entry and exit. We used electron cryotomography to determine the structure of capsids lacking pentons. The portal vertex appears different from pentons, being located partially inside the capsid shell, a position equivalent to that of bacteriophage portals. Such similarity in portal organization supports the idea of the evolutionary relatedness of these viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1308.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1308-v30.xml emd-1308.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1308.gif | 38.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1308 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1308 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1308_validation.pdf.gz | 182.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1308_full_validation.pdf.gz | 181.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1308_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1308 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1308 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of the portal. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Herpes Simplex Virus 1
全体 | 名称: Herpes Simplex Virus 1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Herpes Simplex Virus 1
超分子 | 名称: Herpes Simplex Virus 1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Human herpesvirus 1
超分子 | 名称: Human herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Herpes Simplex / NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human herpesvirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Herpes Simplex |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: INVERTEBRATES |
分子量 | 実験値: 888 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 170mM NaCl, 3.4mM KCl, 10mM Na2HPO4, 1.8mM KH2PO4, 6.8mM CaCl2, 4.9mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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温度 | 最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K |
詳細 | Tilted from -70 to +70 in 2 degree increments using Mr T software (unpublished). |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 50 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 27680 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 ° |
-画像解析
詳細 | Difference map from an average of 13 particles. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 71. Average tomographic tilt angle increment: 2. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD 詳細: Computed the difference map (submission 5138) to visualize the portal. |