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万見
- EMDB-13077: Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13077
タイトルStructure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir
マップデータDeepEMenhancer highest target map
試料
  • 複合体: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the drug inhibitor bictegravir
    • 複合体: Integrase
      • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • 複合体: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
      • タンパク質・ペプチド: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Bictegravir
  • リガンド: water
キーワードintegrase / intasome / HTLV / STLV / integration / strand-transfer inhibitors / INSTI / bictegravir / BIC / drug / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. ...Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Barski MS / Ballandras-Colas A
資金援助 英国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust107005/Z/15Z 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM082251 米国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures.
著者: Michal S Barski / Teresa Vanzo / Xue Zhi Zhao / Steven J Smith / Allison Ballandras-Colas / Nora B Cronin / Valerie E Pye / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
要旨: Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this ...Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this deltaretrovirus. Here, we screened a library of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) candidates built around several chemical scaffolds to determine their effectiveness in limiting HTLV-1 infection. Naphthyridines with substituents in position 6 emerged as the most potent compounds against HTLV-1, with XZ450 having highest efficacy in vitro. Using single-particle cryo-electron microscopy we visualised XZ450 as well as the clinical HIV-1 INSTIs raltegravir and bictegravir bound to the active site of the deltaretroviral intasome. The structures reveal subtle differences in the coordination environment of the Mg ion pair involved in the interaction with the INSTIs. Our results elucidate the binding of INSTIs to the HTLV-1 intasome and support their use for pre-exposure prophylaxis and possibly future treatment of HTLV-1 infection.
履歴
登録2021年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ouh
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13077.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMenhancer highest target map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 304 pix.
= 334.4 Å		1.1 Å/pix.
x 304 pix.
= 334.4 Å		1.1 Å/pix.
x 304 pix.
= 334.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0656 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.026005248 - 1.9995933
平均 (標準偏差)0.0010947615 (±0.023843197)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 334.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.400334.400334.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ540540540
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0262.0000.001

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添付データ

-
追加マップ: denmod map - model was refined against this map

ファイルemd_13077_additional_1.map
注釈denmod map - model was refined against this map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_13077_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_13077_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...

全体名称: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the drug inhibitor bictegravir
要素
  • 複合体: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the drug inhibitor bictegravir
    • 複合体: Integrase
      • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • 複合体: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
      • タンパク質・ペプチド: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Bictegravir
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...

超分子名称: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the drug inhibitor bictegravir
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Sample composition and source have been described in "macromolecules"
分子量理論値: 331.1 KDa

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超分子 #2: Integrase

超分子名称: Integrase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)

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超分子 #3: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosph...

超分子名称: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)

+
分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 33.943539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPEFQLSPAK LHSFTHCGQA ALTLHGATTT EALNILHSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI THFKYKNTLY RLHVWVDTF SGSVSATHKK RETSSEAISS LLHAIAHLGR PSHINTDNGP AYASQEFQHA CTSLAIRHTT HIPYNPTSSG L VERTNGIL ...文字列:
GPEFQLSPAK LHSFTHCGQA ALTLHGATTT EALNILHSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI THFKYKNTLY RLHVWVDTF SGSVSATHKK RETSSEAISS LLHAIAHLGR PSHINTDNGP AYASQEFQHA CTSLAIRHTT HIPYNPTSSG L VERTNGIL KTLLYKYFSD NPNLPMDNAL SVALWTINHL NVLTHCQKTR WQLHHSPRLP PIPEEKPVTT SKTHWYYFKI PG LNSRQWK GPQRALQEAA GAALIPVSDT AAQWIPWKLL KRAVCPRLAG DTADPKERDH QHHG

UniProtKB: Pol protein

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分子 #2: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosph...

分子名称: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no ...詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below)
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.39468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMTRDFKPGD LIFAKMKGYP HWPARVDEVP DGAVKPPTNK LPIFFFGTHE TAFLGPKDIF PYSENKEKYG KPNKRKGFNE GLWEIDNNP KVKFSSQQAA TKQSNASSDV EVEEKETSVS KEDTDHEEKA SNEDVTKAVD ITTPKAARRG RKRKAEKQVE T EEAGVVTT ...文字列:
SMTRDFKPGD LIFAKMKGYP HWPARVDEVP DGAVKPPTNK LPIFFFGTHE TAFLGPKDIF PYSENKEKYG KPNKRKGFNE GLWEIDNNP KVKFSSQQAA TKQSNASSDV EVEEKETSVS KEDTDHEEKA SNEDVTKAVD ITTPKAARRG RKRKAEKQVE T EEAGVVTT ATASVNLKVS PKRGRPAATE VKIPKPRGRP KMVKQPCPSE SDIITEEDKS KKKGQEEKQP KKQPKKDEEG QK EEDKPRK EPDKKEGKKE VESKRKNLAK TGVTSTSDSE EEGDDQEGEK KRKGGRNFQT AHRRNMLKGQ HEKEAADRKR KQE EQMETE FMVVDAANSN GPFQPVVLLH IRDVPPADQE KLFIQKLRQC CVLFDFVSDP LSDLKWKEVK RAALSEMVEY ITHN RNVIT EPIYPEVVHM FAVNMFRTLP PSSNPTGAEF DPEEDEPTLE AAWPHLQLVY EFFLRFLESP DFQPNIAKKY IDQKF VLQL LELFDSEDPR ERDFLKTTLH RIYGKFLGLR AYIRKQINNI FYRFIYETEH HNGIAELLEI LGSIINGFAL PLKEEH KIF LLKVLLPLHK VKSLSVYHPQ LAYCVVQFLE KDSTLTEPVV MALLKYWPKT HSPKEVMFLN ELEEILDVIE PSEFVKI ME PLFRQLAKCV SSPHFQVAER ALYYWNNEYI MSLISDNAAK ILPIMFPSLY RNSKT

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分子 #3: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 9.221909 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 8.59356 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)

+
分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: Bictegravir

分子名称: Bictegravir / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: KLQ
分子量理論値: 449.38 Da
Chemical component information

ChemComp-KLQ:
Bictegravir / 阻害剤*YM

+
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMBis tris propane
0.3 MSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec.
詳細: Glow-discharged for 4 min at 45 mA on an Emitech K100X instrument (Electron Microscopy Sciences) and covered with a layer of graphene oxide (Sigma-Aldrich, catalogue #763705) immediately before being used.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Complex was isolated by size exclusion chromatography

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1714199
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio mask made in cryosparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 39731
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z2y
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix. ...詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix.real_space_refine using C2 NCS and secondary structure and metal ion coordination restraints.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ouh:
Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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