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- EMDB-13029: The U1 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13029
タイトルThe U1 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
マップデータU1 part of the pre-A complex
試料
  • 複合体: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
    • RNA: x 2種
キーワードS. cerevisiae / pre-A complex / Prp5 / U1 snRNP / U2 snRNP / prespliceosome / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex ...mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Prp19 complex / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / PRP39 C-terminal HAT repeat / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal ...Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / PRP39 C-terminal HAT repeat / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / PRP39 N-terminal HAT repeat / : / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Protein LUC7 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zhang Z / Rigo N
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into how Prp5 proofreads the pre-mRNA branch site.
著者: Zhenwei Zhang / Norbert Rigo / Olexandr Dybkov / Jean-Baptiste Fourmann / Cindy L Will / Vinay Kumar / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly ...During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly understood, multistep process that is facilitated by the DEAD-box helicase Prp5 (refs. ). During this process, the U2 small nuclear RNA (snRNA) forms an RNA duplex with the pre-mRNA branch site (the U2-BS helix), which is proofread by Prp5 at this stage through an unclear mechanism. Here, by deleting the branch-site adenosine (BS-A) or mutating the branch-site sequence of an actin pre-mRNA, we stall the assembly of spliceosomes in extracts from the yeast Saccharomyces cerevisiae directly before the A complex is formed. We then determine the three-dimensional structure of this newly identified assembly intermediate by cryo-electron microscopy. Our structure indicates that the U2-BS helix has formed in this pre-A complex, but is not yet clamped by the HEAT domain of the Hsh155 protein (Hsh155), which exhibits an open conformation. The structure further reveals a large-scale remodelling/repositioning of the U1 and U2 snRNPs during the formation of the A complex that is required to allow subsequent binding of the U4/U6.U5 tri-snRNP, but that this repositioning is blocked in the pre-A complex by the presence of Prp5. Our data suggest that binding of Hsh155 to the bulged BS-A of the U2-BS helix triggers closure of Hsh155, which in turn destabilizes Prp5 binding. Thus, Prp5 proofreads the branch site indirectly, hindering spliceosome assembly if branch-site mutations prevent the remodelling of Hsh155. Our data provide structural insights into how a spliceosomal helicase enhances the fidelity of pre-mRNA splicing.
履歴
登録2021年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.042
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.042
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oqc
  • 表面レベル: 0.042
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13029.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈U1 part of the pre-A complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.042 / ムービー #1: 0.042
最小 - 最大-0.11696728 - 0.18834156
平均 (標準偏差)0.0007718664 (±0.0057305587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 464.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.000464.000464.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1170.1880.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_13029_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_13029_half_map_2.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex

全体名称: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
要素
  • 複合体: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein NAM8
    • RNA: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A)
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
    • RNA: U1 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Protein LUC7
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 39
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

+
超分子 #1: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex

超分子名称: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Protein NAM8

分子名称: Protein NAM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.01084 KDa
配列文字列: MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG ...文字列:
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UniProtKB: Protein NAM8

+
分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 65.22202 KDa
配列文字列: MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL ...文字列:
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UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

+
分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.484555 KDa
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UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

+
分子 #6: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 56.575277 KDa
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UniProtKB: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

+
分子 #7: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.438105 KDa
配列文字列: MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR ...文字列:
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UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

+
分子 #8: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.106016 KDa
配列文字列: MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL ...文字列:
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UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

+
分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

+
分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #16: Protein LUC7

分子名称: Protein LUC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.245885 KDa
配列文字列: MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK ...文字列:
MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK LQELISKRKE VAKRVRNITE NVGQSAQQKL QVCEVCGAYL SRLDTDRRLA DHFLGKIHLG YVKMREDYDR LM KNNRTTN ASKTATTLPG RRFV

UniProtKB: Protein LUC7

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分子 #17: Pre-mRNA-processing factor 39

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.834742 KDa
配列文字列: MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI ...文字列:
MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI EFEVGQKNWH NVQRIYEYII EVPLHQYARF FTSYKKFLNE KNLKTTRNID IVLRKTQTTV NEIWQFESKI KQ PFFNLGQ VLNDDLENWS RYLKFVTDPS KSLDKEFVMS VFDRCLIPCL YHENTWMMYI KWLTKKNISD EVVVDIYQKA NTF LPLDFK TLRYDFLRFL KRKYRSNNTL FNNIFNETVS RYLKIWPNDI LLMTEYLCML KRHSFKNSLD QSPKEILEKQ TSFT KILET SITNYINNQI DAKVHLQTLI NDKNLSIVVV ELIKTTWLVL KNNMQTRKYF NLYQKNILIK NSVPFWLTYY KFEKS NVNF TKLNKFIREL GVEIYLPTTV MNDILTDYKT FYLTHSNIVT YESSIIDSNT FDPILYPELK MSNPKYDPVL NTTANV DWH KKTEWKEAGH IGITTERPQI SNSIIECNSG TLIQKPISLP NFRNLEKINQ VKINDLYTEE FLKEGK

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 39

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分子 #18: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.506148 KDa
配列文字列: MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI ...文字列:
MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI GVHRGIQIKD RICIVDIERG RTVKYFKPRR LGGGLGGRGY SNRDSRLPGR FASASTSNPA ERNYAPRLPR RE TSSSAYS ADRYGSSTLD ARYRGNRPLL SAATPTAAVT SVYKSRNSRT RESQPAPKEA PDY

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

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分子 #2: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mR...

分子名称: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A) ...名称: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A)
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 111.601883 KDa
配列文字列: AUGGAUUCUG GUAUGUUC(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N) (N)(N)(N) ...文字列:
AUGGAUUCUG GUAUGUUC(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)UAGCGCU UGCACCAUCC CAUUUAACUG UAAGAAGAAU UGCACGGUCC CAAUUGCUCG AG AGAUUUC UCUUUUACCU UUUUUUACUA UUUUUCACUC UCCCAUAACC UCCUAUAUUG ACUGAUCUGU AAUAACCACG AUA UUAUUG GAAUAAAUAG GGGCUUGAAA UUUGGAAAAA AAAAAAAAAC UGAAAUAUUU UCGUGAUAAG UGAUAGUGAU AUUC UUCUU UUAUUUGCUA CUGUUACUAA GUCUCAUGUA CUACAUCGAU UGCUUCAUUC UUUUUGUUGC UAUAUUAUAU GUUUA G

+
分子 #5: U1 snRNA

分子名称: U1 snRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 182.114516 KDa
配列文字列: AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC ...文字列:
AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC UGACGUUUCC AUUCCCUUGU UUCAAUCAUU GGUUAAUCCC UUGAUUCCUU UGGGGAUUUU UGGGUUAAAC UG AUUUUUG GGGCCCUUUG UUUCUUCUGC CUGGAGAAGU UUGACACCAA AUUCAAAUUG GUGUUAGGGG AGCUGGGGCC UUU CAAAAG AGAGCUUUGU AGAGGCAUUC UUUUUGACUA CUUUUCUCUA GCGUGCCAUU UUAGUUUUUG ACGGCAGAUU CGAA UGAAC UUAAGUUUAU GAUGAAGGUA UGGCUGUUGA GAUUAUUUGG UCGGGAUUGU AGUUUGAAGA UGUGCUCUUU UGAGC AGUC UCAACUUUGC UCGUUCCCGU UAUGGGAAAA AUUUUGGAAG GUCUUGGUAG GAACGGGUGG AUCUUAUAAU UUUUGA UUU AUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.02 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 217460
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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