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- EMDB-13022: CryoEM structure of human enterovirus 70 native virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13022
タイトルCryoEM structure of human enterovirus 70 native virion
マップデータNative EV70 virion
試料Enterovirus D70 != Human enterovirus 70 (strain J670/71)

Enterovirus D70

  • ウイルス: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: water
キーワードEV70 / enterovirus 70 / virion / native / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Structure of Human Enterovirus 70 and Its Inhibition by Capsid-Binding Compounds.
著者: Tibor Füzik / Jana Moravcová / Sergei Kalynych / Pavel Plevka /
要旨: Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of ...Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of the disease caused by EV70, its structure is unknown. Here, we present the structures of the EV70 virion, altered particle, and empty capsid determined by cryo-electron microscopy. The capsid of EV70 is composed of the subunits VP1, VP2, VP3, and VP4. The partially collapsed hydrophobic pocket located in VP1 of the EV70 virion is not occupied by a pocket factor, which is commonly present in other enteroviruses. Nevertheless, we show that the pocket can be targeted by the antiviral compounds WIN51711 and pleconaril, which block virus infection. The inhibitors prevent genome release by stabilizing EV70 particles. Knowledge of the structures of complexes of EV70 with inhibitors will enable the development of capsid-binding therapeutics against this virus. Globally distributed enterovirus 70 (EV70) causes local outbreaks of acute hemorrhagic conjunctivitis. The discharge from infected eyes enables the high-efficiency transmission of EV70 in overcrowded areas with low hygienic standards. Currently, only symptomatic treatments are available. We determined the structures of EV70 in its native form, the genome release intermediate, and the empty capsid resulting from genome release. Furthermore, we elucidated the structures of EV70 in complex with two inhibitors that block virus infection, and we describe the mechanism of their binding to the virus capsid. These results enable the development of therapeutics against EV70.
履歴
登録2021年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native EV70 virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.16 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.16 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.36
最小 - 最大-8.676125000000001 - 12.412011
平均 (標準偏差)-0.000000006499795 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 340.15997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13022_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13022_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus D70

全体名称: Enterovirus D70
要素
  • ウイルス: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human enterovirus 70 (strain J670/71)

超分子名称: Human enterovirus 70 (strain J670/71) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: isolated from infected hTERT RPE1 cells / NCBI-ID: 31915 / 生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 5.7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 330.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
株: J670/71
分子量理論値: 34.049793 KDa
配列文字列: AATTQIGEIV KTVANTVESE IKAELGVIPS LNAVETGATS NTEPEEAIQT RTVINMHGTA ECLVENFLGR SALVCMRSFE YKNHSTSTS SIQKNFFIWT LNTRELVQIR RKMELFTYLR FDTEITIVPT LRLFSSSNVS FSGLPNLTLQ AMYVPTGARK P SSQDSFEW ...文字列:
AATTQIGEIV KTVANTVESE IKAELGVIPS LNAVETGATS NTEPEEAIQT RTVINMHGTA ECLVENFLGR SALVCMRSFE YKNHSTSTS SIQKNFFIWT LNTRELVQIR RKMELFTYLR FDTEITIVPT LRLFSSSNVS FSGLPNLTLQ AMYVPTGARK P SSQDSFEW QSACNPSVFF KINDPPARLT IPFMSINSAY ANFYDGFAGF EKKATVLYGI NPANTMGNLC LRVVNSYQPV QY TLTVRVY MKPKHIKAWA PRAPRTMPYT NILNNNYAGR SAAPNAPTAI VSHRSTIKTM PNDINLTTA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
株: J670/71
分子量理論値: 27.536107 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SSIVTQEAAN ICCAYGEWPT YLPDNEAVAI DKPTQPETST DRFYTLKSKK WESNSTGWWW KLPDALNQI GMFGQNVQYH YLYRSGFLCH VQCNATKFHQ GTLLIVAIPE HQIGKKGTGT SASFAEVMKG AEGGVFEQPY L LDDGTSLA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SSIVTQEAAN ICCAYGEWPT YLPDNEAVAI DKPTQPETST DRFYTLKSKK WESNSTGWWW KLPDALNQI GMFGQNVQYH YLYRSGFLCH VQCNATKFHQ GTLLIVAIPE HQIGKKGTGT SASFAEVMKG AEGGVFEQPY L LDDGTSLA CALVYPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNSAPM DFALRHNNWT LAVIPVCPLA GGTGNTNTYV PITISIAPMC AE YNGLRNA ITQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
株: J670/71
分子量理論値: 26.717535 KDa
配列文字列: GVPTCLLPGS NQFLTTDDHS SAPAFPDFSP TPEMHIPGQV HSMLEIVQIE SMMEINNVND ASGVERLRVQ ISAQSDMDQL LFNIPLDIQ LEGPLRNTLL GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMTTGKL IICYTPPGGS SPTDRMQAML ATHVVWDFGL Q SSITIIIP ...文字列:
GVPTCLLPGS NQFLTTDDHS SAPAFPDFSP TPEMHIPGQV HSMLEIVQIE SMMEINNVND ASGVERLRVQ ISAQSDMDQL LFNIPLDIQ LEGPLRNTLL GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMTTGKL IICYTPPGGS SPTDRMQAML ATHVVWDFGL Q SSITIIIP WISGSHYRMF NTDAKAINAN VGYVTCFMQT NLVAPVGAAD QCYIVGMVAA KKDFNLRLMR DSPDIGQSAI LP EQA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
株: J670/71
分子量理論値: 7.18676 KDa
配列文字列:
GAQVSRQQTG THENANVATG GSSITYNQIN FYKDSYAASA SKQDFSQDPS KFTEPVAEAL KAGAPVLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 150 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-16 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6698 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frames motion correction (MotionCor2)
粒子像選択選択した数: 10524 / 詳細: autopicking using crYOLO
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: SGD based initial model generation in RELION 3.1.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 6390
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4mw8


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 43
得られたモデル

PDB-7opx:
CryoEM structure of human enterovirus 70 native virion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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