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タイトルStructure of Human Enterovirus 70 and Its Inhibition by Capsid-Binding Compounds.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 96, Issue 17, Page e0060422, Year 2022
掲載日2022年8月8日
著者Tibor Füzik / Jana Moravcová / Sergei Kalynych / Pavel Plevka /
PubMed 要旨Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of ...Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of the disease caused by EV70, its structure is unknown. Here, we present the structures of the EV70 virion, altered particle, and empty capsid determined by cryo-electron microscopy. The capsid of EV70 is composed of the subunits VP1, VP2, VP3, and VP4. The partially collapsed hydrophobic pocket located in VP1 of the EV70 virion is not occupied by a pocket factor, which is commonly present in other enteroviruses. Nevertheless, we show that the pocket can be targeted by the antiviral compounds WIN51711 and pleconaril, which block virus infection. The inhibitors prevent genome release by stabilizing EV70 particles. Knowledge of the structures of complexes of EV70 with inhibitors will enable the development of capsid-binding therapeutics against this virus. Globally distributed enterovirus 70 (EV70) causes local outbreaks of acute hemorrhagic conjunctivitis. The discharge from infected eyes enables the high-efficiency transmission of EV70 in overcrowded areas with low hygienic standards. Currently, only symptomatic treatments are available. We determined the structures of EV70 in its native form, the genome release intermediate, and the empty capsid resulting from genome release. Furthermore, we elucidated the structures of EV70 in complex with two inhibitors that block virus infection, and we describe the mechanism of their binding to the virus capsid. These results enable the development of therapeutics against EV70.
リンクJ Virol / PubMed:35939401 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.31 - 4.29 Å
構造データ

13022

7opx

EMDB-13022, PDB-7opx:
CryoEM structure of human enterovirus 70 native virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

13125

7ozi

EMDB-13125, PDB-7ozi:
CryoEM structure of human enterovirus 70 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

13126

7ozj

EMDB-13126, PDB-7ozj:
CryoEM structure of human enterovirus 70 empty particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.29 Å

13127

7ozk

EMDB-13127, PDB-7ozk:
CryoEM structure of human enterovirus 70 in complex with Pleconaril
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.31 Å

13128

7ozl

EMDB-13128, PDB-7ozl:
CryoEM structure of human enterovirus 70 in complex with WIN51711
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-W11:
3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE / プレコナリル / 抗ウイルス剤*YM / Pleconaril

ChemComp-W71:
5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE / ジソキサリル

由来
  • EV70, EV-70
  • human enterovirus 70 (strain j670/71) (エンテロウイルス)
  • human enterovirus 70 (エンテロウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / EV70 / enterovirus 70 (エンテロウイルス) / virion (ウイルス) / native / enterovirus (エンテロウイルス) / altered particle / human enterovirus (エンテロウイルス) / acute hemorrhagic conjunctivitis (急性出血性結膜炎) / empty particle / pleconaril / WIN51711 / accute hemorrhagic conjunctivitis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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