[日本語] English
万見
- EMDB-13016: Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13016
タイトルPol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5)
マップデータThe main map.
試料
  • 複合体: Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase with RNA_pol_L_2 and RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: Supplementary proteins
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: NTS, RNA, TS
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードtranscription / DNA repair / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


Prolactin receptor signaling / Regulation of BACH1 activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / RNA polymerase inhibitor activity / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER ...Prolactin receptor signaling / Regulation of BACH1 activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / RNA polymerase inhibitor activity / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of DVL / blastocyst growth / Orc1 removal from chromatin / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Hedgehog 'on' state / nucleotide-excision repair complex / Ski complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / negative regulation of granulocyte differentiation / Cdc73/Paf1 complex / inner cell mass cell differentiation / positive regulation of mRNA 3'-end processing / regulation of isotype switching / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of muscle cell differentiation / Interleukin-1 signaling / endodermal cell fate commitment / : / negative regulation of myeloid cell differentiation / anaphase-promoting complex / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / response to auditory stimulus / trophectodermal cell differentiation / Neddylation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / blastocyst hatching / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / B-WICH complex / DNA protection / cullin-RING ubiquitin ligase complex / single strand break repair / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage checkpoint / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / nucleosome organization / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / response to superoxide / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / photoreceptor cell maintenance / chromatin-protein adaptor activity / blastocyst formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of protein autoubiquitination / spindle assembly involved in female meiosis / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA 3'-end processing / regulation of nucleotide-excision repair / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / RNA polymerase binding / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Leo1-like protein / Leo1-like protein / HHH domain 9 / HHH domain / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / : / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / RNA-binding domain, S1 / ENTH/VHS / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / RuvA domain 2-like / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / Tetratricopeptide repeat / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / Cullin-4A / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / Transcription elongation factor SPT6 / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Kokic G / Cramer P
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994, SFB860, SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human transcription-DNA repair coupling.
著者: Goran Kokic / Felix R Wagner / Aleksandar Chernev / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Transcription-coupled DNA repair removes bulky DNA lesions from the genome and protects cells against ultraviolet (UV) irradiation. Transcription-coupled DNA repair begins when RNA polymerase II ...Transcription-coupled DNA repair removes bulky DNA lesions from the genome and protects cells against ultraviolet (UV) irradiation. Transcription-coupled DNA repair begins when RNA polymerase II (Pol II) stalls at a DNA lesion and recruits the Cockayne syndrome protein CSB, the E3 ubiquitin ligase, CRL4 and UV-stimulated scaffold protein A (UVSSA). Here we provide five high-resolution structures of Pol II transcription complexes containing human transcription-coupled DNA repair factors and the elongation factors PAF1 complex (PAF) and SPT6. Together with biochemical and published data, the structures provide a model for transcription-repair coupling. Stalling of Pol II at a DNA lesion triggers replacement of the elongation factor DSIF by CSB, which binds to PAF and moves upstream DNA to SPT6. The resulting elongation complex, EC, uses the CSA-stimulated translocase activity of CSB to pull on upstream DNA and push Pol II forward. If the lesion cannot be bypassed, CRL4 spans over the Pol II clamp and ubiquitylates the RPB1 residue K1268, enabling recruitment of TFIIH to UVSSA and DNA repair. Conformational changes in CRL4 lead to ubiquitylation of CSB and to release of transcription-coupled DNA repair factors before transcription may continue over repaired DNA.
履歴
登録2021年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7opd
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13016.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13016.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The main map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 441. Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 441. Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 441. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.116809994 - 0.16665676
平均 (標準偏差)0.00007193676 (±0.002828977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 440.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.000441.000441.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29290
NX/NY/NZ140137200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.1170.1670.000

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_13016_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_13016_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_13016_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #4

ファイルemd_13016_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #5

ファイルemd_13016_msk_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #6

ファイルemd_13016_msk_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined...

ファイルemd_13016_additional_1.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CRL4CSA-CSB. This map was resampled while making the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on PAF.

ファイルemd_13016_additional_10.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on PAF.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on SPT6.

ファイルemd_13016_additional_11.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on SPT6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on SPT6.

ファイルemd_13016_additional_12.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on SPT6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined...

ファイルemd_13016_additional_2.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CRL4CSA-CSB. This map was resampled while making the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined...

ファイルemd_13016_additional_3.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CRL4CSA-CSB. This map was not resampled.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined...

ファイルemd_13016_additional_4.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CRL4CSA-CSB. This map was not resampled.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on PAF.

ファイルemd_13016_additional_5.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on PAF.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on Pol II.

ファイルemd_13016_additional_6.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on Pol II.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on CSA-DDB1-CSB.

ファイルemd_13016_additional_7.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CSA-DDB1-CSB.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on Pol II.

ファイルemd_13016_additional_8.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on Pol II.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined on CSA-DDB1-CSB.

ファイルemd_13016_additional_9.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CSA-DDB1-CSB.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map corresponding to the main map.

ファイルemd_13016_half_map_1.map
注釈Half map corresponding to the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map corresponding to the main map.

ファイルemd_13016_half_map_2.map
注釈Half map corresponding to the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.

全体名称: Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.
要素
  • 複合体: Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase with RNA_pol_L_2 and RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: RPOL4c domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • 複合体: Supplementary proteins
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT6
      • タンパク質・ペプチド: LEO1 helix
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated protein LEO1
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 61
      • タンパク質・ペプチド: Parafibromin
      • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
      • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-6
      • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Cullin-4A
    • 複合体: NTS, RNA, TS
      • DNA: NTS
      • RNA: RNA
      • DNA: TS
    • 複合体: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.

超分子名称: Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28

+
超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase with RNA_pol_L_2 and RNA polymerase

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase with RNA_pol_L_2 and RNA polymerase
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: Supplementary proteins

超分子名称: Supplementary proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #16-#17, #19-#27
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: NTS, RNA, TS

超分子名称: NTS, RNA, TS / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#15, #18
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

超分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #28
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 217.450078 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 134.041422 KDa
配列文字列: MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD ...文字列:
MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD RDLCELNECP LDPGGYFIIN GSEKVLIAQE KMATNTVYVF AKKDSKYAYT GECRSCLENS SRPTSTIWVS ML ARGGQGA KKSAIGQRIV ATLPYIKQEV PIIIVFRALG FVSDRDILEH IIYDFEDPEM MEMVKPSLDE AFVIQEQNVA LNF IGSRGA KPGVTKEKRI KYAKEVLQKE MLPHVGVSDF CETKKAYFLG YMVHRLLLAA LGRRELDDRD HYGNKRLDLA GPLL AFLFR GMFKNLLKEV RIYAQKFIDR GKDFNLELAI KTRIISDGLK YSLATGNWGD QKKAHQARAG VSQVLNRLTF ASTLS HLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLVK NLALMAYISV GSQPSPILEF LEEWSMENLE EISPAA IAD ATKIFVNGCW VGIHKDPEQL MNTLRKLRRQ MDIIVSEVSM IRDIREREIR IYTDAGRICR PLLIVEKQKL LLKKRHI DQ LKEREYNNYS WQDLVASGVV EYIDTLEEET VMLAMTPDDL QEKEVAYCST YTHCEIHPSM ILGVCASIIP FPDHNQSP R NTYQSAMGKQ AMGVYITNFH VRMDTLAHVL YYPQKPLVTT RSMEYLRFRE LPAGINSIVA IASYTGYNQE DSVIMNRSA VDRGFFRSVF YRSYKEQESK KGFDQEEVFE KPTRETCQGM RHAIYDKLDD DGLIAPGVRV SGDDVIIGKT VTLPENEDEL EGTNRRYTK RDCSTFLRTS ETGIVDQVMV TLNQEGYKFC KIRVRSVRIP QIGDKFASRH GQKGTCGIQY RQEDMPFTCE G ITPDIIIN PHAIPSRMTI GHLIECLQGK VSANKGEIGD ATPFNDAVNV QKISNLLSDY GYHLRGNEVL YNGFTGRKIT SQ IFIGPTY YQRLKHMVDD KIHSRARGPI QILNRQPMEG RSRDGGLRFG EMERDCQIAH GAAQFLRERL FEASDPYQVH VCN LCGIMA IANTRTHTYE CRGCRNKTQI SLVRMPYACK LLFQELMSMS IAPRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RPOL4c domain-containing protein

分子名称: RPOL4c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: RNA_pol_L_2 domain-containing protein

分子名称: RNA_pol_L_2 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: Transcription elongation factor SPT6

分子名称: Transcription elongation factor SPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 199.602969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKK RKRTSFDDRL EDDDFDLIEE NLGVKVKRGQ KYRRVKKMSD DEDDDEEEYG KEEHEKEAIA EEIFQDGEGE E GQEAMEAP ...文字列:
SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKK RKRTSFDDRL EDDDFDLIEE NLGVKVKRGQ KYRRVKKMSD DEDDDEEEYG KEEHEKEAIA EEIFQDGEGE E GQEAMEAP MAPPEEEEED DEESDIDDFI VDDDGQPLKK PKWRKKLPGY TDAALQEAQE IFGVDFDYDE FEKYNEYDEE LE EEYEYED DEAEGEIRVR PKKTTKKRVS RRSIFEMYEP SELESSHLTD QDNEIRATDL PERFQLRSIP VKGAEDDELE EEA DWIYRN AFATPTISLQ ESCDYLDRGQ PASSFSRKGP STIQKIKEAL GFMRNQHFEV PFIAFYRKEY VEPELHINDL WRVW QWDEK WTQLRIRKEN LTRLFEKMQA YQYEQISADP DKPLADGIRA LDTTDMERLK DVQSMDELKD VYNHFLLYYG RDIPK MQNA AKASRKKLKR VREEGDEEGE GDEAEDEEQR GPELKQASRR DMYTICQSAG LDGLAKKFGL TPEQFGENLR DSYQRH ETE QFPAEPLELA KDYVCSQFPT PEAVLEGARY MVALQIAREP LVRQVLRQTF QERAKLNITP TKKGRKDVDE AHYAYSF KY LKNKPVKELR DDQFLKICLA EDEGLLTTDI SIDLKGVEGY GNDQTYFEEI KQFYYRDEFS HQVQEWNRQR TMAIERAL Q QFLYVQMAKE LKNKLLAEAK EYVIKACSRK LYNWLRVAPY RPDQQVEEDD DFMDENQGKG IRVLGIAFSS ARDHPVFCA LVNGEGEVTD FLRLPHFTKR RTAWREEERE KKAQDIETLK KFLLNKKPHV VTVAGENRDA QMLIEDVKRI VHELDQGQQL SSIGVELVD NELAILYMNS KKSEAEFRDY PPVLRQAVSL ARRIQDPLIE FAQVCSSDED ILCLKFHPLQ EHVVKEELLN A LYCEFINR VNEVGVDVNR AIAHPYSQAL IQYVCGLGPR KGTHLLKILK QNNTRLESRT QLVTMCHMGP KVFMNCAGFL KI DTASLGD STDSYIEVLD GSRVHPETYE WARKMAVDAL EYDESAEDAN PAGALEEILE NPERLKDLDL DAFAEELERQ GYG DKHITL YDIRAELSCR YKDLRTAYRS PNTEEIFNML TKETPETFYI GKLIICNVTG IAHRRPQGES YDQAIRNDET GLWQ CPFCQ QDNFPELSEV WNHFDSGSCP GQAIGVKTRL DNGVTGFIPT KFLSDKVVKR PEERVKVGMT VHCRIMKIDI EKFSA DLTC RTSDLMDRNN EWKLPKDTYY DFDAEAADHK QEEDMKRKQQ RTTYIKRVIA HPSFHNINFK QAEKMMETMD QGDVII RPS SKGENHLTVT WKVSDGIYQH VDVREEGKEN AFSLGATLWI NSEEFEDLDE IVARYVQPMA SFARDLLNHK YYQDCSG GD RKKLEELLIK TKKEKPTFIP YFICACKELP GKFLLGYQPR GKPRIEYVTV TPEGFRYRGQ IFPTVNGLFR WFKDHYQD P VPGITPSSSS RTRTPASINA TPANINLADL TRAVNALPQN MTSQMFSAIA AVTGQGQNPN ATPAQWASSQ YGYGGSGGG SSAYHVFPTP AQQPVATPLM TPSYSYTTPS QPITTPQYHQ LQASTTPQSA QAQPQPSSSS RQRQQQPKSN SHAAIDWGKM AEQWLQEKE AERRKQKQRL TPRPSPSPMI ESTPMSIAGD ATPLLDEMDR

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT6

+
分子 #16: LEO1 helix

分子名称: LEO1 helix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.422209 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #17: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog

分子名称: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.510203 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRGSIEIPL RDTDEVIELD FDQLPEGDEV ISILKQEHTQ LHIWIALALE YYKQGKTEEF VKLLEAARID GNLDYRDHEK DQMTCLDTL AAYYVQQARK EKNKDNKKDL ITQATLLYTM ADKIIMYDQN HLLGRACFCL LEGDKMDQAD AQFHFVLNQS P NNIPALLG ...文字列:
MSRGSIEIPL RDTDEVIELD FDQLPEGDEV ISILKQEHTQ LHIWIALALE YYKQGKTEEF VKLLEAARID GNLDYRDHEK DQMTCLDTL AAYYVQQARK EKNKDNKKDL ITQATLLYTM ADKIIMYDQN HLLGRACFCL LEGDKMDQAD AQFHFVLNQS P NNIPALLG KACISFNKKD YRGALAYYKK ALRTNPGCPA EVRLGMGHCF VKLNKLEKAR LAFSRALELN SKCVGALVGL AV LELNNKE ADSIKNGVQL LSRAYTIDPS NPMVLNHLAN HFFFKKDYSK VQHLALHAFH NTEVEAMQAE SCYQLARSFH VQE DYDQAF QYYYQATQFA SSSFVLPFFG LGQMYIYRGD KENASQCFEK VLKAYPNNYE TMKILGSLYA ASEDQEKRDI AKGH LKKVT EQYPDDVEAW IELAQILEQT DIQGALSAYG TATRILQEKV QADVPPEILN NVGALHFRLG NLGEAKKYFL ASLDR AKAE AEHDEHYYNA ISVTTSYNLA RLYEAMCEFH EAEKLYKNIL REHPNYVDCY LRLGAMARDK GNFYEASDWF KEALQI NQD HPDAWSLIGN LHLAKQEWGP GQKKFERILK QPSTQSDTYS MLALGNVWLQ TLHQPTRDRE KEKRHQDRAL AIYKQVL RN DAKNLYAANG IGAVLAHKGY FREARDVFAQ VREATADISD VWLNLAHIYV EQKQYISAVQ MYENCLRKFY KHQNTEVV L YLARALFKCG KLQECKQTLL KARHVAPSDT VLMFNVALVL QRLATSVLKD EKSNLKEVLN AVKELELAHR YFSYLSKVG DKMRFDLALA ATEARQCSDL LSQAQYHVAR ARKQDEEERE LRAKQEQEKE LLRQKLLKEQ EEKRLREKEE QKKLLEQRAQ YVEKTKNIL MFTGETEATK EKKRGGGGGR RSKKGGEFDE FVNDDTDDDL PISKKKKRRK GSGSEQEGED EEGGERKKKK R RRHPKGEE GSDDDETENG PKPKKRRPPK AEKKKAPKPE RLPPSMKGKI KSKAIISSSD DSSDEDKLKI ADEGHPRNSN SN SDSDEDE QRKKCASSES DSDENQNKSG SEAGSPRRPR RQRSDQDSDS DQPSRKRRPS GSEQSDNESV QSGRSHSGVS END SRPASP SAESDHESER GSDNEGSGQG SGNESEPEGS NNEASDRGSE HGSDDSDENL YFQ

UniProtKB: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog

+
分子 #19: RNA polymerase-associated protein LEO1

分子名称: RNA polymerase-associated protein LEO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.514172 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADMEDLFGS DADSEAERKD SDSGSDSDSD QENAASGSNA SGSESDQDER GDSGQPSNKE LFGDDSEDEG ASHHSGSDNH SERSDNRSE ASERSDHEDN DPSDVDQHSG SEAPNDDEDE GHRSDGGSHH SEAEGSEKAH SDDEKWGRED KSDQSDDEKI Q NSDDEERA ...文字列:
MADMEDLFGS DADSEAERKD SDSGSDSDSD QENAASGSNA SGSESDQDER GDSGQPSNKE LFGDDSEDEG ASHHSGSDNH SERSDNRSE ASERSDHEDN DPSDVDQHSG SEAPNDDEDE GHRSDGGSHH SEAEGSEKAH SDDEKWGRED KSDQSDDEKI Q NSDDEERA QGSDEDKLQN SDDDEKMQNT DDEERPQLSD DERQQLSEEE KANSDDERPV ASDNDDEKQN SDDEEQPQLS DE EKMQNSD DERPQASDEE HRHSDDEEEQ DHKSESARGS DSEDEVLRMK RKNAIASDSE ADSDTEVPKD NSGTMDLFGG ADD ISSGSD GEDKPPTPGQ PVDENGLPQD QQEEEPIPET RIEVEIPKVN TDLGNDLYFV KLPNFLSVEP RPFDPQYYED EFED EEMLD EEGRTRLKLK VENTIRWRIR RDEEGNEIKE SNARIVKWSD GSMSLHLGNE VFDVYKAPLQ GDHNHLFIRQ GTGLQ GQAV FKTKLTFRPH STDSATHRKM TLSLADRCSK TQKIRILPMA GRDPECQRTE MIKKEEERLR ASIRRESQQR RMREKQ HQR GLSASYLEPD RYDEEEEGEE SISLAAIKNR YKGGIREERA RIYSSDSDEG SEEDKAQRLL KAKKLTSDEE GEPSGKR KA EDDDKANKKH KKYVISDEEE EDDD

UniProtKB: RNA polymerase-associated protein LEO1

+
分子 #20: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog

分子名称: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.052672 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPTIQTQAQ REDGHRPNSH RTLPERSGVV CRVKYCNSLP DIPFDPKFIT YPFDQNRFVQ YKATSLEKQH KHDLLTEPDL GVTIDLINP DTYRIDPNVL LDPADEKLLE EEIQAPTSSK RSQQHAKVVP WMRKTEYIST EFNRYGISNE KPEVKIGVSV K QQFTEEEI ...文字列:
MAPTIQTQAQ REDGHRPNSH RTLPERSGVV CRVKYCNSLP DIPFDPKFIT YPFDQNRFVQ YKATSLEKQH KHDLLTEPDL GVTIDLINP DTYRIDPNVL LDPADEKLLE EEIQAPTSSK RSQQHAKVVP WMRKTEYIST EFNRYGISNE KPEVKIGVSV K QQFTEEEI YKDRDSQITA IEKTFEDAQK SISQHYSKPR VTPVEVMPVF PDFKMWINPC AQVIFDSDPA PKDTSGAAAL EM MSQAMIR GMMDEEGNQF VAYFLPVEET LKKRKRDQEE EMDYAPDDVY DYKIAREYNW NVKNKASKGY EENYFFIFRE GDG VYYNEL ETRVRLSKRR AKAGVQSGTN ALLVVKHRDM NEKELEAQEA RKAQLENHEP EEEEEEEMET EEKEAGGSDE EQEK GSSSE KEGSEDEHSG SESEREEGDR DEASDKSGSG EDESSEDEAR AARDKEEIFG SDADSEDDAD SDDEDRGQAQ GGSDN DSDS GSNGGGQRSR SHSRSASPFP SGSEHSAQED GSEAAASDSS EADSDSD

UniProtKB: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog

+
分子 #21: WD repeat-containing protein 61

分子名称: WD repeat-containing protein 61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.617465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTNQYGILFK QEQAHDDAIW SVAWGTNKKE NSETVVTGSL DDLVKVWKWR DERLDLQWSL EGHQLGVVSV DISHTLPIAA SSSLDAHIR LWDLENGKQI KSIDAGPVDA WTLAFSPDSQ YLATGTHVGK VNIFGVESGK KEYSLDTRGK FILSIAYSPD G KYLASGAI ...文字列:
MTNQYGILFK QEQAHDDAIW SVAWGTNKKE NSETVVTGSL DDLVKVWKWR DERLDLQWSL EGHQLGVVSV DISHTLPIAA SSSLDAHIR LWDLENGKQI KSIDAGPVDA WTLAFSPDSQ YLATGTHVGK VNIFGVESGK KEYSLDTRGK FILSIAYSPD G KYLASGAI DGIINIFDIA TGKLLHTLEG HAMPIRSLTF SPDSQLLVTA SDDGYIKIYD VQHANLAGTL SGHASWVLNV AF CPDDTHF VSSSSDKSVK VWDVGTRTCV HTFFDHQDQV WGVKYNGNGS KIVSVGDDQE IHIYDCPI

UniProtKB: Superkiller complex protein 8

+
分子 #22: Parafibromin

分子名称: Parafibromin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.673539 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADVLSVLRQ YNIQKKEIVV KGDEVIFGEF SWPKNVKTNY VVWGTGKEGQ PREYYTLDSI LFLLNNVHLS HPVYVRRAAT ENIPVVRRP DRKDLLGYLN GEASTSASID RSAPLEIGLQ RSTQVKRAAD EVLAEAKKPR IEDEECVRLD KERLAARLEG H KEGIVQTE ...文字列:
MADVLSVLRQ YNIQKKEIVV KGDEVIFGEF SWPKNVKTNY VVWGTGKEGQ PREYYTLDSI LFLLNNVHLS HPVYVRRAAT ENIPVVRRP DRKDLLGYLN GEASTSASID RSAPLEIGLQ RSTQVKRAAD EVLAEAKKPR IEDEECVRLD KERLAARLEG H KEGIVQTE QIRSLSEAMS VEKIAAIKAK IMAKKRSTIK TDLDDDITAL KQRSFVDAEV DVTRDIVSRE RVWRTRTTIL QS TGKNFSK NIFAILQSVK AREEGRAPEQ RPAPNAAPVD PTLRTKQPIP AAYNRYDQER FKGKEETEGF KIDTMGTYHG MTL KSVTEG ASARKTQTPA AQPVPRPVSQ ARPPPNQKKG SRTPIIIIPA ATTSLITMLN AKDLLQDLKF VPSDEKKKQG CQRE NETLI QRRKDQMQPG GTAISVTVPY RVVDQPLKLM PQDWDRVVAV FVQGPAWQFK GWPWLLPDGS PVDIFAKIKA FHLKY DEVR LDPNVQKWDV TVLELSYHKR HLDRPVFLRF WETLDRYMVK HKSHLRF

UniProtKB: Parafibromin

+
分子 #23: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.10716 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

+
分子 #24: DNA excision repair protein ERCC-6

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.973812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR ...文字列:
SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR DINRKLDSVK RQKYNKEQQL KKITAKQKHL QAILGGAEVK IELDHASLEE DAEPGPSSLG SMLMPVQETA WE ELIRTGQ MTPFGTQIPQ KQEKKPRKIM LNEASGFEKY LADQAKLSFE RKKQGCNKRA ARKAPAPVTP PAPVQNKNKP NKK ARVLSK KEERLKKHIK KLQKRALQFQ GKVGLPKARR PWESDMRPEA EGDSEGEESE YFPTEEEEEE EDDEVEGAEA DLSG DGTDY ELKPLPKGGK RQKKVPVQEI DDDFFPSSGE EAEAASVGEG GGGGRKVGRY RDDGDEDYYK QRLRRWNKLR LQDKE KRLK LEDDSEESDA EFDEGFKVPG FLFKKLFKYQ QTGVRWLWEL HCQQAGGILG DEMGLGRTIQ IIAFLAGLSY SKIRTR GSN YRFEGLGPTV IVCPTTVMHQ WVKEFHTWWP PFRVAILHET GSYTHKKEKL IRDVAHCHGI LITSYSYIRL MQDDISR YD WHYVILDEGH KIRNPNAAVT LACKQFRTPH RIILSGSPMQ NNLRELWSLF DFIFPGKLGT LPVFMEQFSV PITMGGYS N ASPVQVKTAY KCACVLRDTI NPYLLRRMKS DVKMSLSLPD KNEQVLFCRL TDEQHKVYQN FVDSKEVYRI LNGEMQIFS GLIALRKICN HPDLFSGGPK NLKGLPDDEL EEDQFGYWKR SGKMIVVESL LKIWHKQGQR VLLFSQSRQM LDILEVFLRA QKYTYLKMD GTTTIASRQP LITRYNEDTS IFVFLLTTRV GGLGVNLTGA NRVVIYDPDW NPSTDTQARE RAWRIGQKKQ V TVYRLLTA GTIEEKIYHR QIFKQFLTNR VLKDPKQRRF FKSNDLYELF TLTSPDASQS TETSAIFAGT GSDVQTPKCH LK RRIQPAF GADHDVPKRK KFPASNISVN DATSSEEKSE AKGAEVNAVT SNRSDPLKDD PHMSSNVTSN DRLGEETNAV SGP EELSVI SGNGECSNSS GTGKTSMPSG DESIDEKLGL SYKRERPSQA QTEAFWENKQ MENNFYKHKS KTKHHSVAEE ETLE KHLRP KQKPKNSKHC RDAKFEGTRI PHLVKKRRYQ KQDSENKSEA KEQSNDDYVL EKLFKKSVGV HSVMKHDAIM DGASP DYVL VEAEANRVAQ DALKALRLSR QRCLGAVSGV PTWTGHRGIS GAPAGKKSRF GKKRNSNFSV QHPSSTSPTE KCQDGI MKK EGKDNVPEHF SGRAEDADSS SGPLASSSLL AKMRARNHLI LPERLESESG HLQEASALLP TTEHDDLLVE MRNFIAF QA HTDGQASTRE ILQEFESKLS ASQSCVFREL LRNLCTFHRT SGGEGIWKLK PEYC

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-6

+
分子 #25: UV-stimulated scaffold protein A

分子名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.993945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMDQKLSK LVEELTTSGE PRLNPEKMKE LKKICKSSEE QLSRAYRLLI AQLTQEHAEI RLSAFQIVEE LFVRSHQFRM LVVSNFQEF LELTLGTDPA QPLPPPREAA QRLRQATTRA VEGWNEKFGE AYKKLALGYH FLRHNKKVDF QDTNARSLAE R KREEEKQK ...文字列:
SNAMDQKLSK LVEELTTSGE PRLNPEKMKE LKKICKSSEE QLSRAYRLLI AQLTQEHAEI RLSAFQIVEE LFVRSHQFRM LVVSNFQEF LELTLGTDPA QPLPPPREAA QRLRQATTRA VEGWNEKFGE AYKKLALGYH FLRHNKKVDF QDTNARSLAE R KREEEKQK HLDKIYQERA SQAEREMQEM SGEIESCLTE VESCFRLLVP FDFDPNPETE SLGMASGMSD ALRSSCAGQV GP CRSGTPD PRDGEQPCCS RDLPASAGHP RAGGGAQPSQ TATGDPSDED EDSDLEEFVR SHGLGSHKYT LDVELCSEGL KVQ ENEDNL ALIHAARDTL KLIRNKFLPA VCSWIQRFTR VGTHGGCLKR AIDLKAELEL VLRKYKELDI EPEGGERRRT EALG DAEED EDDEDFVEVP EKEGYEPHIP DHLRPEYGLE AAPEKDTVVR CLRTRTRMDE EVSDPTSAAA QLRQLRDHLP PPSSA SPSR ALPEPQEAQK LAAERARAPV VPYGVDLHYW GQELPTAGKI VKSDSQHRFW KPSEVEEEVV NADISEMLRS RHITFA GKF EPVQHWCRAP RPDGRLCERQ DRLKCPFHGK IVPRDDEGRP LDPEDRAREQ RRQLQKQERP EWQDPELMRD VEAATGQ DL GSSRYSGKGR GKKRRYPSLT NLKAQADTAR ARIGRKVFAK AAVRRVVAAM NRMDQKKHEK FSNQFNYALN

UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A

+
分子 #26: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.369719 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI ...文字列:
SNAMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI DVKFLYGCQA PTICFVYQDP QGRHVKTYEV SLREKEFNKG PWKQENVEAE ASMVIAVPEP FGGAIIIGQE SI TYHNGDK YLAIAPPIIK QSTIVCHNRV DPNGSRYLLG DMEGRLFMLL LEKEEQMDGT VTLKDLRVEL LGETSIAECL TYL DNGVVF VGSRLGDSQL VKLNVDSNEQ GSYVVAMETF TNLGPIVDMC VVDLERQGQG QLVTCSGAFK EGSLRIIRNG IGIH EHASI DLPGIKGLWP LRSDPNRETD DTLVLSFVGQ TRVLMLNGEE VEETELMGFV DDQQTFFCGN VAHQQLIQIT SASVR LVSQ EPKALVSEWK EPQAKNISVA SCNSSQVVVA VGRALYYLQI HPQELRQISH TEMEHEVACL DITPLGDSNG LSPLCA IGL WTDISARILK LPSFELLHKE MLGGEIIPRS ILMTTFESSH YLLCALGDGA LFYFGLNIET GLLSDRKKVT LGTQPTV LR TFRSLSTTNV FACSDRPTVI YSSNHKLVFS NVNLKEVNYM CPLNSDGYPD SLALANNSTL TIGTIDEIQK LHIRTVPL Y ESPRKICYQE VSQCFGVLSS RIEVQDTSGG TTALRPSAST QALSSSVSSS KLFSSSTAPH ETSFGEEVEV HNLLIIDQH TFEVLHAHQF LQNEYALSLV SCKLGKDPNT YFIVGTAMVY PEEAEPKQGR IVVFQYSDGK LQTVAEKEVK GAVYSMVEFN GKLLASINS TVRLYEWTTE KELRTECNHY NNIMALYLKT KGDFILVGDL MRSVLLLAYK PMEGNFEEIA RDFNPNWMSA V EILDDDNF LGAENAFNLF VCQKDSAATT DEERQHLQEV GLFHLGEFVN VFCHGSLVMQ NLGETSTPTQ GSVLFGTVNG MI GLVTSLS ESWYNLLLDM QNRLNKVIKS VGKIEHSFWR SFHTERKTEP ATGFIDGDLI ESFLDISRPK MQEVVANLQY DDG SGMKRE ATADDLIKVV EELTRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

+
分子 #27: Cullin-4A

分子名称: Cullin-4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.086562 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMADEAPR KGSFSALVGR TNGLTKPAAL AAAPAKPGGA GGSKKLVIKN FRDRPRLPDN YTQDTWRKLH EAVRAVQSST SIRYNLEEL YQAVENLCSH KVSPMLYKQL RQACEDHVQA QILPFREDSL DSVLFLKKIN TCWQDHCRQM IMIRSIFLFL D RTYVLQNS ...文字列:
SNAMADEAPR KGSFSALVGR TNGLTKPAAL AAAPAKPGGA GGSKKLVIKN FRDRPRLPDN YTQDTWRKLH EAVRAVQSST SIRYNLEEL YQAVENLCSH KVSPMLYKQL RQACEDHVQA QILPFREDSL DSVLFLKKIN TCWQDHCRQM IMIRSIFLFL D RTYVLQNS TLPSIWDMGL ELFRTHIISD KMVQSKTIDG ILLLIERERS GEAVDRSLLR SLLGMLSDLQ VYKDSFELKF LE ETNCLYA AEGQRLMQER EVPEYLNHVS KRLEEEGDRV ITYLDHSTQK PLIACVEKQL LGEHLTAILQ KGLDHLLDEN RVP DLAQMY QLFSRVRGGQ QALLQHWSEY IKTFGTAIVI NPEKDKDMVQ DLLDFKDKVD HVIEVCFQKN ERFVNLMKES FETF INKRP NKPAELIAKH VDSKLRAGNK EATDEELERT LDKIMILFRF IHGKDVFEAF YKKDLAKRLL VGKSASVDAE KSMLS KLKH ECGAAFTSKL EGMFKDMELS KDIMVHFKQH MQNQSDSGPI DLTVNILTMG YWPTYTPMEV HLTPEMIKLQ EVFKAF YLG KHSGRKLQWQ TTLGHAVLKA EFKEGKKEFQ VSLFQTLVLL MFNEGDGFSF EEIKMATGIE DSELRRTLQS LACGKAR VL IKSPKGKEVE DGDKFIFNGE FKHKLFRIKI NQIQMKETVE EQVSTTERVF QDRQYQIDAA IVRIMKMRKT LGHNLLVS E LYNQLKFPVK PGDLKKRIES LIDRDYMERD KDNPNQYHYV A

UniProtKB: Cullin-4A

+
分子 #28: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.289977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

+
分子 #14: NTS

分子名称: NTS / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.494314 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)

+
分子 #18: TS

分子名称: TS / タイプ: dna / ID: 18 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.269129 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA) (DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #15: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.490756 KDa
配列文字列:
ACAUCAUAAC AUUUGAACAA GAAUAUAUAU ACAAAAUCGA GAGGA

+
分子 #29: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #30: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Different number of particles was used for different focused refined maps.
使用した粒子像数: 100000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る