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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12987 | |||||||||
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タイトル | Structure of Rep protein in SaPI1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiao CC / Mir-Sanchis I | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism with inter domain high flexibility. 著者: Cuncun Qiao / Gianluca Debiasi-Anders / Ignacio Mir-Sanchis / 要旨: Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain ...Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain proteins which use an ATPase domain to couple ATP hydrolysis with translocation, however the role that the other domains might have during translocation remains elusive. Here, we studied the unexplored self-loading helicases called Reps, present in Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs). Our cryoEM structures of the PriRep5 from SaPI5 (3.3 Å), the Rep1 from SaPI1 (3.9 Å) and Rep1-DNA complex (3.1Å) showed that in both Reps, the C-terminal domain (CTD) undergoes two distinct movements respect the ATPase domain. We experimentally demonstrate both in vitro and in vivo that SaPI-encoded Reps need key amino acids involved in the staircase mechanism of translocation. Additionally, we demonstrate that the CTD's presence is necessary for the maintenance of full ATPase and helicase activities. We speculate that this high interdomain flexibility couples Rep's activities as initiators and as helicases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12987.map.gz | 58.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12987-v30.xml emd-12987.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12987.png | 86 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12987 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12987_validation.pdf.gz | 493.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12987_full_validation.pdf.gz | 493.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12987_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12987_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12987 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7olaC 7om0C 7pdsC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10945 (タイトル: Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism 1 with inter domain high flexibility Data size: 1.6 TB / Data #1: Rep1apo [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12987.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rep1 in SaPI1
全体 | 名称: Rep1 in SaPI1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Rep1 in SaPI1
超分子 | 名称: Rep1 in SaPI1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: U93688 |
分子量 | 実験値: 330 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET28 |
-分子 #1: Rep1
分子 | 名称: Rep1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: U93688 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMFEMIDS RTGVLNANDW KSQLRRSATT QALKKTTTNA EIILCNDESL KGLVQYDAFE KVTKLKRLPY WRSKGDANYY WADIDTTHVI SHIDKLYNVQ FSRDLIDTVI EKEAYQNRFH PIKSMIESKS WDGIKRIETL FIDYLGAEDN HYNREVTKKW MMGAVARIYQ ...文字列: GSHMFEMIDS RTGVLNANDW KSQLRRSATT QALKKTTTNA EIILCNDESL KGLVQYDAFE KVTKLKRLPY WRSKGDANYY WADIDTTHVI SHIDKLYNVQ FSRDLIDTVI EKEAYQNRFH PIKSMIESKS WDGIKRIETL FIDYLGAEDN HYNREVTKKW MMGAVARIYQ PGIKYDSMII LYGGQGVGKS TAVSKLGGHW YNQSIKTFKG DEVYKKLQGS WICEIEELSA FQKSTIEDIK GFISAIVDIY RASYGKRTER HPRQCVFVGT TNNYEFLKDQ TGNRRFFPIT TDKNKATKSP FDDLTPVVVQ QMFAEARVYF DENPTDKALL LDKEASEMAL KVQEAHSEKD ALVGEIEEFL ERPIPSDYWY RTLEEKRVSA HDVIDQDYIK LYGDGKLIEL PNAKPGAYVW RDKVCSMEIW KVMMKRDDQP QQHHLRKIDK ALRNTNYCGT VKKQTRYGEG IGKQYGFSVD LASYYKNLKV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20mMTris pH 8, 200 mM NaCl, 0.5mM EDTA, 2mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 3345 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 1.08 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1158 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 1.08 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |