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- EMDB-12948: Cryo-EM reconstruction of SlyB14-BamA from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12948
タイトルCryo-EM reconstruction of SlyB14-BamA from Escherichia coli
マップデータSlyB14-BamA
試料
  • 複合体: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードOuter membrane chaperon / 2TM glycine zipper / outer membrane lipoprotein SlyB / LPS-LP binding protein / MEMBRANE PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Nguyen VS / Remaut H
資金援助 ベルギー, 4件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)FWOTM903 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12ZM421N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains
著者: Janssens A / Nguyen VS / Cecil AJ / Van der Verren SE / Timmerman E / Deghelt M / Pak AJ / Collet JF / Impens F / Remaut H
履歴
登録2021年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SlyB14-BamA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 360 pix.
= 282.24 Å		0.78 Å/pix.
x 360 pix.
= 282.24 Å		0.78 Å/pix.
x 360 pix.
= 282.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.784 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.012756235 - 0.026699824
平均 (標準偏差)0.00031114725 (±0.0017389361)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 282.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer membrane lipoprotein SlyB

全体名称: Outer membrane lipoprotein SlyB
要素
  • 複合体: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA

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超分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB

超分子名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: SlyB14-BamA was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS/BamA in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113 / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量理論値: 290 KDa

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分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB

分子名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(PLM)CVNNDTLSG DVYTASEAKQ VQNVSYGTIV NVRPVQIQGG DDSNVIGAIG GAVLGGFLGN TVGGGTGRSL ATAAGAVAGG VAGQGVQSAM NKTQGVELEI RKDDGNTIMV VQKQGNTRFS PGQRVVLASN GSQVTVSPRG GGENLYFQ

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITFS GNKSVKDDML KQNLEASGVR VGESLDRTTI ADIEKGLEDF YYSVGKYSAS VKAVVTPLPR NRVDLKLVFQ EGVSAEIQQI NIVGNHAFTT ...文字列:
AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITFS GNKSVKDDML KQNLEASGVR VGESLDRTTI ADIEKGLEDF YYSVGKYSAS VKAVVTPLPR NRVDLKLVFQ EGVSAEIQQI NIVGNHAFTT DELISHFQLR DEVPWWNVVG DRKYQKQKLA GDLETLRSYY LDRGYARFNI DSTQVSLTPD KKGIYVTVNI TEGDQYKLSG VEVSGNLAGH SAEIEQLTKI EPGELYNGTK VTKMEDDIKK LLGRYGYAYP RVQSMPEIND ADKTVKLRVN VDAGNRFYVR KIRFEGNDTS KDAVLRREMR QMEGAWLGSD LVDQGKERLN RLGFFETVDT DTQRVPGSPD QVDVVYKVKE RNTGSFNFGI GYGTESGVSF QAGVQQDNWL GTGYAVGING TKNDYQTYAE LSVTNPYFTV DGVSLGGRLF YNDFQADDAD LSDYTNKSYG TDVTLGFPIN EYNSLRAGLG YVHNSLSNMQ PQVAMWRYLY SMGEHPSTSD QDNSFKTDDF TFNYGWTYNK LDRGYFPTDG SRVNLTGKVT IPGSDNEYYK VTLDTATYVP IDDDHKWVVL GRTRWGYGDG LGGKEMPFYE NFYAGGSSTV RGFQSNTIGP KAVYFPHQAS NYDPDYDYEC ATQDGAKDLC KSDDAVGGNA MAVASLEFIT PTPFISDKYA NSVRTSFFWD MGTVWDTNWD SSQYSGYPDY SDPSNIRMSA GIALQWMSPL GPLVFSYAQP FKKYDGDKAE QFQFNIGKTW

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
0.03 %DDMN-Dodecyl-beta-Maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7352 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 56166
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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