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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12945 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of decameric SlyB from Escherichia coli K12 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Outer membrane chaperone / 2TM glycine zipper / Outer membrane lipoprotein SlyB / LPS-LP binding protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nguyen VS / Remaut H | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains 著者: Janssens A / Nguyen VS / Cecil AJ / Van der Verren SE / Timmerman E / Deghelt M / Pak AJ / Collet JF / Impens F / Remaut H | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12945.map.gz | 15.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12945-v30.xml emd-12945.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12945_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12945.png | 154.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12945.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12945 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12945_validation.pdf.gz | 414.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12945_full_validation.pdf.gz | 414.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12945_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12945_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.784 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Outer membrane lipoprotein SlyB
全体 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB
超分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Decameric SlyB was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113 / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 理論値: 190 KDa |
-分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB
分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (PLM)CVNNDTLSG DVYTASEAKQ VQNVSYGTIV NVRPVQIQGG DDSNVIGAIG GAVLGGFLGN TVGGGTGRSL ATAAGAVAGG VAGQGVQSAM NKTQGVELEI RKDDGNTIMV VQKQGNTRFS PGQRVVLASN GSQVTVSPRG GGENLYFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6352 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |