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- EMDB-1290: Lengsin is a survivor of an ancient family of class I glutamine s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1290
タイトルLengsin is a survivor of an ancient family of class I glutamine synthetases re-engineered by evolution for a role in the vertebrate lens.
マップデータLengsin
試料
  • 試料: Lengsin
  • タンパク質・ペプチド: Lengsin
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Wyatt K / White HE / Wang L / Bateman OA / Slingsby C / Orlova EV / Wistow G
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Lengsin is a survivor of an ancient family of class I glutamine synthetases re-engineered by evolution for a role in the vertebrate lens.
著者: Keith Wyatt / Helen E White / Luchun Wang / Orval A Bateman / Christine Slingsby / Elena V Orlova / Graeme Wistow /
要旨: Lengsin is a major protein of the vertebrate eye lens. It belongs to the hitherto purely prokaryotic GS I branch of the glutamine synthetase (GS) superfamily, but has no enzyme activity. Like the ...Lengsin is a major protein of the vertebrate eye lens. It belongs to the hitherto purely prokaryotic GS I branch of the glutamine synthetase (GS) superfamily, but has no enzyme activity. Like the taxon-specific crystallins, Lengsin is the result of the recruitment of an ancient enzyme to a noncatalytic role in the vertebrate lens. Cryo-EM and modeling studies of Lengsin show a dodecamer structure with important similarities and differences with prokaryotic GS I structures. GS homology regions of Lengsin are well conserved, but the N-terminal domain shows evidence of dynamic evolutionary changes. Compared with birds and fish, most mammals have an additional exon corresponding to part of the N-terminal domain; however, in human, this is a nonfunctional pseudoexon. Genes related to Lengsin are also present in the sea urchin, suggesting that this branch of the GS I family, supplanted by GS II enzymes in vertebrates, has an ancient role in metazoans.
履歴
登録2006年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年11月9日-
マップ公開2007年3月20日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2j9i
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1290.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lengsin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 120 pix.
= 174. Å		1.45 Å/pix.
x 120 pix.
= 174. Å		1.45 Å/pix.
x 120 pix.
= 174. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.299 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.608063 - 0.900813
平均 (標準偏差)0.0221071 (±0.125035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 174 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z174.000174.000174.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.6080.9010.022

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lengsin

全体名称: Lengsin
要素
  • 試料: Lengsin
  • タンパク質・ペプチド: Lengsin

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超分子 #1000: Lengsin

超分子名称: Lengsin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dodecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 510 KDa / 理論値: 620.32 KDa

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分子 #1: Lengsin

分子名称: Lengsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 25 mM malonic acid
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
詳細Low dose mode
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.32 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.17 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan single tilt negative stain holder / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 2次元分類クラス数: 150

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1f52

ソフトウェア名称: URO
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were docked manually using COOT
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2j9i:
Lengsin is a survivor of an ancient family of class I glutamine synthetases in eukaryotes that has undergone evolutionary re- engineering for a tissue-specific role in the vertebrate eye lens.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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