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- EMDB-12863: Lassa virus L protein bound to 3' promoter RNA (well-resolved end... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12863
タイトルLassa virus L protein bound to 3' promoter RNA (well-resolved endonuclease) [3END-ENDO]
マップデータLassa virus L protein bound to 3' promoter RNA (well-resolved endonuclease) [3END-ENDO]
試料
  • 複合体: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: 3' vRNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードLassa virus RNA-dependent RNA polymerase viral RNA / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa mammarenavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Kouba T / Vogel D
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Leibniz AssociationK27/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/777-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conformational changes in Lassa virus L protein associated with promoter binding and RNA synthesis activity.
著者: Tomas Kouba / Dominik Vogel / Sigurdur R Thorkelsson / Emmanuelle R J Quemin / Harry M Williams / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephan Günther / Kay Grünewald / Maria Rosenthal / Stephen Cusack /
要旨: Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we ...Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we present nine cryo-EM structures of the L protein in the apo-, promoter-bound pre-initiation and active RNA synthesis states. We characterize distinct binding pockets for the conserved 3' and 5' promoter RNAs and show how full-promoter binding induces a distinct pre-initiation conformation. In the apo- and early elongation states, the endonuclease is inhibited by two distinct L protein peptides, whereas in the pre-initiation state it is uninhibited. In the early elongation state, a template-product duplex is bound in the active site cavity together with an incoming non-hydrolysable nucleotide and the full C-terminal region of the L protein, including the putative cap-binding domain, is well-ordered. These data advance our mechanistic understanding of how this flexible and multifunctional molecular machine is activated.
履歴
登録2021年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oeb
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12863.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lassa virus L protein bound to 3' promoter RNA (well-resolved endonuclease) [3END-ENDO]
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.23611687 - 0.7431326
平均 (標準偏差)0.0018050448 (±0.020402089)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.640264.640264.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2360.7430.002

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_12863_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12863_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12863_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus

全体名称: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus
要素
  • 複合体: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: 3' vRNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus

超分子名称: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 253.346 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 253.656938 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEDDMACVKD LVSKYLADNE RLSRQKLAFL VQTEPRMLLM EGLKLLSLCI EIDSCNANGC EHNSEDKSVE RILHDHGILT PSLCFVVPD GYKLTGNVLI LLECFVRSSP ANFEQKYIED FKKLEQLKED LKSVDINLIP LIDGRTSFYN EQIPDWVNDK L RDTLFSLL ...文字列:
MEDDMACVKD LVSKYLADNE RLSRQKLAFL VQTEPRMLLM EGLKLLSLCI EIDSCNANGC EHNSEDKSVE RILHDHGILT PSLCFVVPD GYKLTGNVLI LLECFVRSSP ANFEQKYIED FKKLEQLKED LKSVDINLIP LIDGRTSFYN EQIPDWVNDK L RDTLFSLL RYAQESNSLF EESEYSRLCE SLSMTSGRLS GVESLNVLLD NRSSHYEEII ASCHQGINNK LTAHEVKLQI EE EYQVFRN RLRKGEITGQ FLKVDKSRLL NDFNNLYVDE VTATKDNIEH LIYQFKRASP ILRFLYANIG EGNGEERHHT IKE CQMQYW RSFLNKVKSL RILNTRRKLL LIFDALILLA SIHDQTRHKC SKGWLGSCFI SVNDRLVSLE STKRDLEKWV GRRQ QSERS NTIQPPDKNQ ILISMFQKTI LKATAALKDV GISVEHYKIN MEVICPDSYD LILNFDVSGV VPTISYQRTE DEKFP FIMG GVELLESTDL ERLSSLSLAL VNSMKTSSTV KLRQNEFGPA RYQVVRCKEA YCQEFLLSGA EFQLIYQKTG ECSKCY AIN DNRVGEICSF YADPKRYFPA IFSAEVLQTT VSTMISWVKD CSELEEQLCN INSLTKMILV LILAHPSKRS QKLLQNL RY FIMAYVSDYH HKDLIDKLRE ELITDVEFLL YRLVRALVNL ILSEDVKSMM TNRFKFILNI SYMCHFITKE TPDRLTDQ I KCFEKFLEPK LEFGHVSINP ADVATEEELD DMVYNAKKFL SKEGCTSIKG PDYKKPGVSK RFLSLLTSSF NNGSLFKES EVKREIKDPL VTSGCATALD LASNKSVVVN KYTDGSRVLN YDFNKLTALA VSQLTEVFSR KGKHLLNKQD YDYKVQQAMS NLVLGPRQN KVGADEADLD EILLDGGASV YFDQLKETVE RIIDQYREPV KPGSNPNGGD QPSVNDLDEV VPNKFYIRLI K GELSNHMV EDFDYDVLPG NFYEEFCDAV YKNNKLKERY FYCGQMSQCP IGELTKAVAT RTYFDQEYFQ CFKSILLIMN AN TLMGRYT HYKSRNLNFK FDMGRLSDDV RISERESNSE ALSKALSLTN CTTAMLKNLC FYSQESPQSY SSTGPDTGRL KFS LSYKEQ VGGNRELYIG DLRTKMFTRL IEDYFEALSL QLSGSCLNNE REFENAILSM KLNVSLAHVS YSMDHSKWGP MMCP FLFLA TLQNLIFLSK DLQADIKGRD YLSTLLTWHM HKMVEIPFNV VSAMMKSFIK AQLGLKKKTT QSITEDFFYS NFQIG VVPS HVSSILDMGQ GILHNTSDFY ALISERFINY AISCICGGTI DAYTSSDDQI SLFDQVLTEL MQRDPEEFKT LIEFHY YMS DQLNKFVSPK SVIGRFVAEF KSRFYVWGDE VPLLTKFVAA ALHNIKCKEP HQLAETIDTI IDQSVANGVP VHLCNLI QK RTLSLLQYAR YPIDPFLLNC ETDVRDWVDG NRSYRIMRQI ERLIPDACGR IRSMLRKLYN KLKTGQLHEE FTTNYLSS E HLSSLSNLCE LLGVEPPSES DLEFSWLNLA AHHPLRMVLR QKIIYSGAVN LDDEKVPTIV KTIQNKLSST FTRGAQKLL SEAINKSAFQ SSIASGFVGL CRTLGSKCVR GPNKESLYIK SIQSLISDIQ GIEPLIDSHG VQYWRVPLNI RDGNEGVISY FRPLLWDYM CISLSTAIEL GAWVLGEPKK VRVLEFFKHN PCDYFPLKPA ASKLLEDRVG LNHIIHSLRR LYPSVFEKHI L PFMSDLAS TKMKWSPRIK FLDLCVALDV NCEALSLVSH IVKWKREEHY IVLSSELRLS HTRTHEPMVE ERVVSTSDAV DN FMRQIYF ESYVRSFVAT TRTLGSFTWF PHKTSVPEGE GLQRLGPFSS FVEKAIHKGI ERPMFKHDLM MGYAWIDFDI EPA RFNHNQ LIASGLVGPR FDSLEDFFDA VESLPPGSAK LSQTVRFRIK SQDASFKESF AIHLDYTGSI NQQTKYLVHE VSAM YSGAV SPCVLSDCWR LVLSGPTFKG KSAWYVDTEI VNEFLTDTNQ LGHVTPVEIV VDMEKLQFTE YDFVLVGPCV EPVPL VVHR GGLWECDKKL ASFTPVVQDQ DLEMFVKEVG DSSLDLLIGA LSAMILDRLK LRMQWSEVDI VSMLKAAMPS NSVKVL NAV LEAVDDWVDF KGYALCYSKS RKKVMVHSSG GKLRLKGRTC EELVKEDEGI EDIE

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: 3' vRNA

分子名称: 3' vRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 5.114079 KDa
配列文字列:
UAGGAUCCAC UGUGCG

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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