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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1282 | |||||||||
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タイトル | Molecular architecture and conformational flexibility of human RNA polymerase II. | |||||||||
マップデータ | mixed population, before classification | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kostek SA / Grob P / De Carlo S / Lipscomb JS / Garczarek F / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Molecular architecture and conformational flexibility of human RNA polymerase II. 著者: Seth A Kostek / Patricia Grob / Sacha De Carlo / J Slaton Lipscomb / Florian Garczarek / Eva Nogales / 要旨: Transcription by RNA polymerase II (RNAPII) is a central process in eukaryotic gene regulation. While atomic details exist for the yeast RNAPII, characterization of the human complex lags behind, ...Transcription by RNA polymerase II (RNAPII) is a central process in eukaryotic gene regulation. While atomic details exist for the yeast RNAPII, characterization of the human complex lags behind, mostly due to the inability to obtain large quantities of purified material. Although the complexes have the same protein composition and high sequence similarity, understanding of transcription and of transcription-coupled DNA repair (TCR) in humans will require the use of human proteins in structural studies. We have used cryo-electron microscopy, image reconstruction, and variance analysis to characterize the structure and dynamics of human RNAPII (hRNAPII). Our studies show that hRNAPII in solution parallels the conformational flexibility of the yeast structures crystallized in different states but also illustrate a more extensive conformational range with potential biological significance. This hRNAPII study will serve as a structural platform to build up higher-order transcription and TCR complexes and to gain information that may be unique to the human RNAPII system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1282.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1282-v30.xml emd-1282.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1282.gif | 25.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1282 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1282_validation.pdf.gz | 212.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1282_full_validation.pdf.gz | 211.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1282_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1282 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | mixed population, before classification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : human RNA Polymerase II
+超分子 #1000: human RNA Polymerase II
+分子 #1: Rpb1
+分子 #2: Rpb2
+分子 #3: Rpb3
+分子 #4: Rpb4
+分子 #5: Rpb5
+分子 #6: Rpb6
+分子 #7: Rpb7
+分子 #8: Rpb8
+分子 #9: Rpb9
+分子 #10: Rpb10
+分子 #11: Rpb11
+分子 #12: Rpb12
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 200mM (NH4)2SO4, 25mM Hepes, 0.2mM EDTA, 0.05% NP-40 |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Cryo-negative staining in a saturated solution of ammonium molybdate neutralized to a pH of 7.2. with 10 N NaOH |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 90 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 14 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50280 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 6238 |