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万見
- EMDB-12767: Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12767
タイトルHuman mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-TU (MTG1-loaded subset)
マップデータMain map produced in CryoSPARC homogeneous refinement
試料
  • 複合体: 55S subunit assembly intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / mitochondrial RNA modification / mitochondrial RNA catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / regulation of mitochondrial translation / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity ...mRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / mitochondrial RNA modification / mitochondrial RNA catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / regulation of mitochondrial translation / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / SARS-CoV-2 modulates autophagy / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / positive regulation of mitochondrial translation / RNA methylation / Respiratory electron transport / rRNA methyltransferase activity / RNA methyltransferase activity / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity / camera-type eye development / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit binding / peptidyl-tRNA hydrolase / rRNA methylation / mitochondrial ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / protein-synthesizing GTPase / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial translation / protein targeting to mitochondrion / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / acyl carrier activity / ribosomal large subunit binding / mitochondrial nucleoid / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / translational elongation / respiratory chain complex I / anatomical structure morphogenesis / translation elongation factor activity / RNA processing / rescue of stalled ribosome / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / aerobic respiration / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosomal large subunit biogenesis / fatty acid binding / methyltransferase activity / mitochondrial membrane / fibrillar center / rRNA processing / fatty acid biosynthetic process / cell junction / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / heart development / double-stranded DNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / synapse / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein, ribosome biogenesis / GTPase, MTG1 / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic ...GTP-binding protein, ribosome biogenesis / GTPase, MTG1 / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF / MIEF1-MP, LYR domain / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / : / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Elongation factor Tu, domain 2 / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Mitoribosomal protein mL52 / : / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / : / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Elongation factor Tu C-terminal domain / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / PEBP-like superfamily / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Elongation factor Tu, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL12m / Large ribosomal subunit protein bL28m ...Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Elongation factor Tu, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL12m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Transcription termination factor 4, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / 5-cytosine rRNA methyltransferase NSUN4 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Mitochondrial ribosome-associated GTPase 1 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Mitochondrial ribosome-associated GTPase 2 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / rRNA methyltransferase 2, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Valentin Gese G / Hallberg BM
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for late maturation steps of the human mitoribosomal large subunit.
著者: Miriam Cipullo / Genís Valentín Gesé / Anas Khawaja / B Martin Hällberg / Joanna Rorbach /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize a critical set of proteins essential for oxidative phosphorylation. Therefore, mitoribosomal function is vital to the cellular energy supply. ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize a critical set of proteins essential for oxidative phosphorylation. Therefore, mitoribosomal function is vital to the cellular energy supply. Mitoribosome biogenesis follows distinct molecular pathways that remain poorly understood. Here, we determine the cryo-EM structures of mitoribosomes isolated from human cell lines with either depleted or overexpressed mitoribosome assembly factor GTPBP5, allowing us to capture consecutive steps during mitoribosomal large subunit (mt-LSU) biogenesis. Our structures provide essential insights into the last steps of 16S rRNA folding, methylation and peptidyl transferase centre (PTC) completion, which require the coordinated action of nine assembly factors. We show that mammalian-specific MTERF4 contributes to the folding of 16S rRNA, allowing 16 S rRNA methylation by MRM2, while GTPBP5 and NSUN4 promote fine-tuning rRNA rearrangements leading to PTC formation. Moreover, our data reveal an unexpected involvement of the elongation factor mtEF-Tu in mt-LSU assembly, where mtEF-Tu interacts with GTPBP5, similar to its interaction with tRNA during translational elongation.
履歴
登録2021年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 56.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map produced in CryoSPARC homogeneous refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.02 Å/pix.
x 217 pix.
= 221.34 Å		1.02 Å/pix.
x 276 pix.
= 281.52 Å		1.02 Å/pix.
x 246 pix.
= 250.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.42353716 - 1.3855659
平均 (標準偏差)0.043369707 (±0.14340578)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin138187187
サイズ276246217
Spacing217276246
セルA: 221.34 Å / B: 281.52 Å / C: 250.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z217276246
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z221.340281.520250.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ187138187
NX/NY/NZ217276246
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS187138187
NC/NR/NS246276217
D min/max/mean-0.4241.3860.043

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_12767_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_12767_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 55S subunit assembly intermediate

全体名称: 55S subunit assembly intermediate
要素
  • 複合体: 55S subunit assembly intermediate

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超分子 #1: 55S subunit assembly intermediate

超分子名称: 55S subunit assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#63
詳細: Assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome large subunit
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 21609
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ool

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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