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- EMDB-12741: Cryo-EM structure of respiratory complex I under turnover -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12741
タイトルCryo-EM structure of respiratory complex I under turnover
マップデータcomplex I under turnover, map postprocessed in region
試料
  • 複合体: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: x 42種
  • リガンド: x 14種
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / : / NADH dehydrogenase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity ...lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / : / NADH dehydrogenase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NuoE domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein ...Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Thioredoxin-like protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / ETC complex I subunit conserved region-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NUWM protein / NUVM protein / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母) / Candida lipolytica (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Parey K / Vonck J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure and dynamics of mitochondrial complex I-Insights into the proton pumping mechanism.
著者: Kristian Parey / Jonathan Lasham / Deryck J Mills / Amina Djurabekova / Outi Haapanen / Etienne Galemou Yoga / Hao Xie / Werner Kühlbrandt / Vivek Sharma / Janet Vonck / Volker Zickermann /
要旨: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) is a 1-MDa membrane protein complex with a central role in energy metabolism. Redox-driven proton translocation by complex I contributes ...Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) is a 1-MDa membrane protein complex with a central role in energy metabolism. Redox-driven proton translocation by complex I contributes substantially to the proton motive force that drives ATP synthase. Several structures of complex I from bacteria and mitochondria have been determined, but its catalytic mechanism has remained controversial. We here present the cryo-EM structure of complex I from at 2.1-Å resolution, which reveals the positions of more than 1600 protein-bound water molecules, of which ~100 are located in putative proton translocation pathways. Another structure of the same complex under steady-state activity conditions at 3.4-Å resolution indicates conformational transitions that we associate with proton injection into the central hydrophilic axis. By combining high-resolution structural data with site-directed mutagenesis and large-scale molecular dynamic simulations, we define details of the proton translocation pathways and offer insights into the redox-coupled proton pumping mechanism of complex I.
履歴
登録2021年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o6y
  • 表面レベル: 0.0115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈complex I under turnover, map postprocessed in region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0115 / ムービー #1: 0.0115
最小 - 最大-0.04593799 - 0.120615266
平均 (標準偏差)2.4302666e-05 (±0.0028173523)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8280.8280.828
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z331.200331.200331.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7810892
NX/NY/NZ127111124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0460.1210.000

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12741_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_12741_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_12741_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase

全体名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase
要素
  • 複合体: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NUCM protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUGM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NU4M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NU5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUNM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: Ubiquinone-9
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Phosphatidylinositol
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

+
超分子 #1: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase

超分子名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#42
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: GB30
分子量理論値: 1 MDa

+
分子 #1: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 79.088078 KDa
配列文字列: MLSRNLSKFA RAGLIRPATT STHTRLFSVS ARRLAEIELT IDGHKVSIEA GSALIQACEK AGVTVPRYCY HDKLAIAGNC RMCLVDVER APKPVASCAY PVAPGMVVRT DTERVKQARE NVMEMMLQNH PLDCPVCDQG GECDLQDQSM RYGRDRGRFT E ITGKRSTE ...文字列:
MLSRNLSKFA RAGLIRPATT STHTRLFSVS ARRLAEIELT IDGHKVSIEA GSALIQACEK AGVTVPRYCY HDKLAIAGNC RMCLVDVER APKPVASCAY PVAPGMVVRT DTERVKQARE NVMEMMLQNH PLDCPVCDQG GECDLQDQSM RYGRDRGRFT E ITGKRSTE DKNIGPLVKT SMNRCIHCTR CVRFANDIAG APELGSSGRG NDMQIGTYLE KNLNTELSGN VIDLCPVGAL TN KPYAFRA RPWELKKTES IDVMDAVGSN IRIDSKGVEV MRVIPRVHED VNEEWINDKS RFACDGLKTQ RLTTPLIRVG DKF VNATWD DALSTIAKAY QQKAPKGDEF KAVAGALVEV ESMVALKDMT NALGSENTTT DTPNGNSAPA HGITFRSNYL FNSS IAGIE DADAILLVGT NPRREAAVMN ARIRKAWLRQ ELEIASVGPT LDATFDVAEL GNTHADLEKA LSGEFGEVLK NAKNP LIIV GSGITDREDA GAFFNTIGKF VESTPSVLNE NWNGYNVLQR SASRAGAYDI GFTPSDEASK TTPKMVWLLG ADEVAA SDI PADAFVVYQG HNGDVGAQFA DVVLPGAAYT EKAGTYVNTE GRSQISRAAT GPPGGAREDW KILRAVSEYL GVALPYE DA YEVRDRLAEI SPSLVRYDLV EPTVFGDVAV QHSLVGPNGS VTPSSAPLTE TIENFYMTDS ISRSSPTMAK SSIAFNKD N KKNQAFA

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.829508 KDa
配列文字列: MLRTTLHKRG LARLSRGFAT TQDATPKARQ YGGLKDQDRI FQNLYDNYGW DLASARKQGD WYKTKELILK GDTWIIDEIK KSGLRGRGG AGFPSGLKWS FMNPPGWEKN EGPRYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRKDPHK LVEGCLLAGR AMNATAAYIY I RGEFYNEA ...文字列:
MLRTTLHKRG LARLSRGFAT TQDATPKARQ YGGLKDQDRI FQNLYDNYGW DLASARKQGD WYKTKELILK GDTWIIDEIK KSGLRGRGG AGFPSGLKWS FMNPPGWEKN EGPRYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRKDPHK LVEGCLLAGR AMNATAAYIY I RGEFYNEA AVLQTAINEA YAAGLIGKDA CGSGYDFDVY IHRGMGAYVC GEETSLIESL EGKAGKPRLK PPFPAGVGLF GR PSTVTNV ETVAVAPTIL RRGGDWFASF GRERNSGTKL FCISGNVNEP CTVEEEMSIP LRELLEKHCG GIKGGWDNLL GVI PGGCSV PILPKNICED VLMDFDALKD VQSGLGTAAV IVINKQQDVI RAIQRFAAFY KHESCGQCTP CREGTTWLLK AMDR FRTGQ AKEREIDMLY ELTKDIEGHT ICALGDAAAW PIQGLIRNFR PEMETRMKKF HDEVGAVSVG GWMKDARVEK GKVVG APLP GVHH

+
分子 #3: NUCM protein

分子名称: NUCM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 52.521949 KDa
配列文字列: MLRSAAARAV RAVRPRLSAR YMATTALPQD PIPSGALGQK VPHVDESHQD LLFRTSHMVE DLETYDEDSP INTSDANTRI RAFTINFGP QHPAAHGVLR LILELSGEEI IRSDPHVGLL H(2MR)GTEKLIEY KTYMQALPYF DRLDYVSMMT NEQVFSL AV ...文字列:
MLRSAAARAV RAVRPRLSAR YMATTALPQD PIPSGALGQK VPHVDESHQD LLFRTSHMVE DLETYDEDSP INTSDANTRI RAFTINFGP QHPAAHGVLR LILELSGEEI IRSDPHVGLL H(2MR)GTEKLIEY KTYMQALPYF DRLDYVSMMT NEQVFSL AV EKLLNVEVPL RGKYIRTMFG EITRVLNHLM SVCSHAMDVG ALTPFLWGFE EREKLMEFYE RVSGARLHAA YVRPGGVS Q DLPAGLLDDI YMWATQFGDR LDEIEELLTD NRIWKLRTVN IGTVTAQDAL NLGLSGPMLR GSGIPFDIRK NAPYDAYDK VDFDVPVGMN GDCYDRYLIR MAEFRQSLRI IEQCCNDMPA GAVKVEDFKI NSPPRNLMKE DMEALIHHFL LYTKGYSVPP GETYTAIEA PKGEMGVYVV SDGSERPYKC KIRAPGFAHL GAFDHIARGH FLPDAVAIIG TMDLVFGEVD R

+
分子 #4: Subunit NUGM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUGM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 32.389568 KDa
配列文字列: MLSRFARIGS MGIRPVAAAR ATFVTSARAA QAAPSWENIK DIRLDPKVHV DEVYEPIVNP ADRYLQHVSD LHQYAKYIMA ALPKYIQGF SVWKDELTLH VAPSAVIPVT TFLRDNTSTQ YKSIIDITAV DYPSRENRFE VVYNFLSVRH NSRIRLKTYA T EVTPVPSI ...文字列:
MLSRFARIGS MGIRPVAAAR ATFVTSARAA QAAPSWENIK DIRLDPKVHV DEVYEPIVNP ADRYLQHVSD LHQYAKYIMA ALPKYIQGF SVWKDELTLH VAPSAVIPVT TFLRDNTSTQ YKSIIDITAV DYPSRENRFE VVYNFLSVRH NSRIRLKTYA T EVTPVPSI TCLYEGANWF EREAYDMYGV FFEGHPDLRR IMTDYGFEGH PLRKDFPLTG YTEVRWDEEK RRVVYEPLEL TQ AFRNFSA GSTAWEPVGP GRDDRPDSFK LPTPKPEEKE GDKK

+
分子 #5: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 27.247402 KDa
配列文字列: MLRLIRPRLA ALARPTTRAP QALNARTHIV SVHRNTENNN PSIPFEFSPE NMKRAEEVIA KYPPQYKKAA VMPLLDIGQR QLGYTSISV MNYVAKLLEM PPMRVYEVAT FYTMYNRTPM GRYHLQICTT TPCQLCGSDG IMEAVQNTLN IKPGETTKDN L FTLSEVEC ...文字列:
MLRLIRPRLA ALARPTTRAP QALNARTHIV SVHRNTENNN PSIPFEFSPE NMKRAEEVIA KYPPQYKKAA VMPLLDIGQR QLGYTSISV MNYVAKLLEM PPMRVYEVAT FYTMYNRTPM GRYHLQICTT TPCQLCGSDG IMEAVQNTLN IKPGETTKDN L FTLSEVEC LGACVNAPMM AINDDYYEDL TPEGTVKLLE DCKAGKMPTP GPENHVRRDC EPASGQKVLL SKEPHNVADF LQ EGI

+
分子 #6: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 25.682305 KDa
配列文字列: MLSLVRPAVT RSILRGAPGS MRLLSSTARL HAPATDSAIN IYAGGSAAAA PPAGFRIHRP ATWEESEEGA LSKATKYFLL AEMFRGLYV VLEQFFRAPY TIYYPFEKGP VSPRFRGEHA LRRYPSGEER CIACKLCEAI CPALAITIDA EERIDGSRRT T KYDIDMTK ...文字列:
MLSLVRPAVT RSILRGAPGS MRLLSSTARL HAPATDSAIN IYAGGSAAAA PPAGFRIHRP ATWEESEEGA LSKATKYFLL AEMFRGLYV VLEQFFRAPY TIYYPFEKGP VSPRFRGEHA LRRYPSGEER CIACKLCEAI CPALAITIDA EERIDGSRRT T KYDIDMTK CIYCGYCQES CPVDAIVETP NVEYATETRE ELLYNKEKLL ANGDKWELEL QYALDADAPY R

+
分子 #7: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 23.455176 KDa
配列文字列: MLRSQIGRLA LRPTLVPATV IPQTRAYSAP AGTPRVSSSS MPTDFPLPSQ QKPNSAVDYT LTTLDAVANW ARQGSFWPVT FGLACCAVE MMHVSAPRYD QDRLGIIFRA SPRQSDIMIV AGTLTNKMAP VLRQVYDQMP EPRWVISMGS CANGGGYYHF S YSVVRGCD ...文字列:
MLRSQIGRLA LRPTLVPATV IPQTRAYSAP AGTPRVSSSS MPTDFPLPSQ QKPNSAVDYT LTTLDAVANW ARQGSFWPVT FGLACCAVE MMHVSAPRYD QDRLGIIFRA SPRQSDIMIV AGTLTNKMAP VLRQVYDQMP EPRWVISMGS CANGGGYYHF S YSVVRGCD RIVPVDVYVP GCPPTSEALM YGVFQLQRKM RNTKITRMWY RK

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.84386 KDa
配列文字列:
(FME)FIGTIILVL SFLGFVFNRR NIILAFICLE TMLLGINLIL LRNSVLFDDI SGSLFAIVII ILAGVESAIG LSLLVS YYR LRGVINSYGI

+
分子 #9: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 28.479941 KDa
配列文字列: MLKLHYRNFI TAQHSTTNTT PTMIASVCKR AGLRAGPRAY PGVRQFALRA YNEEKELALK QRLSQLPPPG KAFVTAEGEP RPAKEAELA ELAEIAALYK TDRVGILDIL LLGNKHARLY RDNTALLKDY YYNGRRILDK IPVKDKQTGK VTWEIKREGA E KEDWVNQM ...文字列:
MLKLHYRNFI TAQHSTTNTT PTMIASVCKR AGLRAGPRAY PGVRQFALRA YNEEKELALK QRLSQLPPPG KAFVTAEGEP RPAKEAELA ELAEIAALYK TDRVGILDIL LLGNKHARLY RDNTALLKDY YYNGRRILDK IPVKDKQTGK VTWEIKREGA E KEDWVNQM YFLYAPSLIL LLIVMVYKSR EDITFWAKKE LDQRVLDKHP EINDAPENER DALIVERIIA GDYDKLASLQ KK ATPTPAT LI

+
分子 #10: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 10.494885 KDa
配列文字列:
MVELKPSSAI QRGPLNKGGW DAPHALHNDG AIDRYAHWRT FYQERFKYTR ATGKSTLIFL VAFPALIGYV AYQSEGLFEF AGKRRGESV TTRG

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 38.389277 KDa
配列文字列: (FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II ...文字列:
(FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II MFVSSLNITT IIETQRVVWY CIPLLPLLLI FFIASVAETA RPPFDLTESE SELVAGYFTE YSGSPFVFFF LAEYSNII L ISAFNGYLLL GGYLSFNYSY LFNILFNDYS YVSFLFEGLI NSSAYAIKLV FLMFSFIWVR AAFPRFTYDN LINFCWIIL LPLLFGIFLI IPSTLYIFDS FPTLI

+
分子 #12: NADH dehydrogenase subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.381367 KDa
配列文字列: (FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF ...文字列:
(FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF FMGGILSILI AYSINTYYSV LNSYTLHSLD SLIINTLDLN LILIALSLGL LFKIGIAPLH KWLISIYENT PILITIYI S LIPKISILSY LVLSNISINS LVISILAILT LLVGSVGGLL QIKIKRLLAF SGLTNAGYMM LLLLLNNNEF SYLYYITQY SISHLAIFMI IIFSIYYINY INNQYNPIIY VNQLKGLIHD NAYLVLSMAI VVFSFIGIPP LLGFFGKLNI LMSILNNGYY FISIVLIVA SLISALYYLY LLNVSIQDKN NILINSNETV SSVLSYILSS LIILITFGFI YNSLIIDIFN VYFN

+
分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.506339 KDa
配列文字列:
(FME)NTFIIFIIL IPIVGFALLA VNILLAVYKP YNEKLGAFEC GLTSFNQTRL AFNAAFILVA ILFLPFDLEI STLLPY VMS IYLVSNYGFT IVLLFLLILI IGFVYEINTN ALKINKHNKP NTDSLIYKL

+
分子 #14: Subunit NU4M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NU4M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 54.506641 KDa
配列文字列: MFLTSILLSS LYLFNRILAW QGNVKHFYLF ASNLLLLFIV VLYINFNTFS NSFQFNFELF NSLNPFGLSN SDISNGLLFG IDGLSLTFI LLTVLLIPLT LLGNWYNINF NSNLYYTLVL AIGLVILLNF WALDYISFYI LFEATLPLLF ILIHIYGSSD S ERASFYVL ...文字列:
MFLTSILLSS LYLFNRILAW QGNVKHFYLF ASNLLLLFIV VLYINFNTFS NSFQFNFELF NSLNPFGLSN SDISNGLLFG IDGLSLTFI LLTVLLIPLT LLGNWYNINF NSNLYYTLVL AIGLVILLNF WALDYISFYI LFEATLPLLF ILIHIYGSSD S ERASFYVL MFTLSGSLFM LLSIVVISIV LNTTNFINHN LFVLSLDLQT IIWLGLFIAI MVKTPLFPIH VWLPVVHSES PL AGSMILA GLILKLALYA ILRLLLPLLC EAQILYTPMI YIISLLTIIL TSLATLRQID LKVIIAYSSI SHMGIAILGV CSN TSLGIY GSIVLGVAHG FVSPALFLIV GGILYDRYHI RIVNYYKGLT TYMPQLATYI IILSFANIGT PLTGNFTGEF LSLQ GGFIR NPIIGGISCI SVLLAAIYQL KLTNKLTGGI SSIYMHRTND VTIREKFIMN ILIISTLIIG ICPQIMYNLL YWTVN NYIY II

+
分子 #15: Subunit NU5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NU5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 73.740688 KDa
配列文字列: MYNAISLIII LPCISWLFPL FFGRQLGYVF VTRMTSTLII ITTLITYYYF YQLLGNNNPI NLELFNYLNI DYLDINYNFE IDALTITML LAITTISSMV HIYSIGYMET DPHQVRFFSL LSMFTFWMII LVTGSNYFVL FVGWEFIGVT SYLLISFWVT R LQAMKSAL ...文字列:
MYNAISLIII LPCISWLFPL FFGRQLGYVF VTRMTSTLII ITTLITYYYF YQLLGNNNPI NLELFNYLNI DYLDINYNFE IDALTITML LAITTISSMV HIYSIGYMET DPHQVRFFSL LSMFTFWMII LVTGSNYFVL FVGWEFIGVT SYLLISFWVT R LQAMKSAL SAVLMNRFGD AFFVLGLCVI AYVFGTLNYS TIFATAYLIN TDLLVLIMLA LFIAAMAKSA QFGLHNWLTL AM EGPTPVS SLLHAATLVT AGIYLLLRSA NILEYTPTVL FIILWIGALT TLSAGLIAIC SNDLKRIIAL STMSQLGMMT IAI GLSAYN LALFHLLGHA FFKALLFMSA GSIIHSILNE SQDIRTYGGL LSYLPYTYIC ITIASLSLMA MPGLTGYYTK DIII ESTYG SYSISNYVVY WIAYLSAVLT CVYSMKILYL TFYSNPNNNT ITYYNAHESN IYITLPMFIL AIFAMFAGWI LKDIY LGVG TDFVGTHILP NNFSYFDTEF SITQFYKLLP LISAILVSIL IVVLNEFFAI VFNLNNKYIN TVYSIFNQKL VSDQIL NHF IIFKGLVTSG NIAHHVDKGS LYRLGPVGIN RLLNKASYNV INLSSNTRSS LSMNSMLILI TIVSLLLLVL VMNVNFI IV IPVLISILYI LFS

+
分子 #16: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 20.793111 KDa
配列文字列:
(FME)MYLTYYFIE ITIFLAILCT IFIISAKNPM VSILYMIALF VIAAMYLYLI GLGIFSLLYI MIYIGAIAVL FLFIIT LLD INSTELSVKS NIRDLPLVLI SLIVLTISGL MIYSNDSILI NKLLEAFGND YNTIITQDWF NIENTTLLTT IGNVLLT NN AFILLVLAIV LLLGIIGPIS ITMKHKE

+
分子 #17: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.992229 KDa
配列文字列:
MINANPGFWN GPFRYLRWSA HNRPHLFFAF AIGIAGPVAA LTLTPLRRKY LYPDHSPLPQ SYPLPQRARE QLTGFDDE

+
分子 #18: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.806238 KDa
配列文字列:
MAIPFEALLP YGIIFGLLTA GGGAMQVLHV YRNGGVRDRF AIDQWDSQMM ERDLRLNGGQ GRKQVDQATA PEAFKHNHVW KSERPLI

+
分子 #19: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 42.765738 KDa
配列文字列: MLRTTRAVKP LKAITTSVRF MNSFENLAQD VNITRSGKTL IAKGTGGRSS RTGYTATVFG ANGFLGSYLT AKLAKHGTTV VVPYREEMA KRHLKVTGDL GVVNFLEMDL RNLESIDEAV RHSDIVVNLI GREYETKNFN YYDVHVEGAR RIAEAVKKHN I ARYIHVSA ...文字列:
MLRTTRAVKP LKAITTSVRF MNSFENLAQD VNITRSGKTL IAKGTGGRSS RTGYTATVFG ANGFLGSYLT AKLAKHGTTV VVPYREEMA KRHLKVTGDL GVVNFLEMDL RNLESIDEAV RHSDIVVNLI GREYETKNFN YYDVHVEGAR RIAEAVKKHN I ARYIHVSA FNAEIDSPSE FNHTKGLGEQ VTKDIVPWAT IVRPAPMFGR EDKWFLDRMA RSPCLVSANK FQETSNPVHV ID VAAALER ICFDDSTVAQ TFELYGPQKF TQKQIIDMVS ETLRKEVRHI ELPKALYQAY TKATQAIWWP TYSPDQVERQ FLS QKIDPS AKTFNDLDLT PMELPDLMFK LIRPYRVNTF QHDVSQLENK EKTFVHILD

+
分子 #20: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 16.65792 KDa
配列文字列:
MRYTQLLRNV SKGVQKSGQS VLVQMREGTP IGLTGIYQHP NPRPALIALY EATLKELQDK HPKDSVYRQS IENLTAHRKQ IVEDNEVSE VIENKIGAGL IEEVVIQAHE ELELAKKMSE WKPWEELEEK PLEDQWVYFN KKGVE

+
分子 #21: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 20.849551 KDa
配列文字列: MSEHVHLPSP TFNTSSAGHF HPYNTLGLAT QSAMVGLGAG VVAAAARNSL ATGPRNILTT FSKSGGVVTI FTGASIAYVF TYCSAANLR ERKDGWNHMW AGAATGAVLG ARTKLVPAFI GWTVLCGAAC GLFGWTGARF NADRKASLEQ SPKGFVQEDA H QTFWEVVH ...文字列:
MSEHVHLPSP TFNTSSAGHF HPYNTLGLAT QSAMVGLGAG VVAAAARNSL ATGPRNILTT FSKSGGVVTI FTGASIAYVF TYCSAANLR ERKDGWNHMW AGAATGAVLG ARTKLVPAFI GWTVLCGAAC GLFGWTGARF NADRKASLEQ SPKGFVQEDA H QTFWEVVH RRPLSLTVEQ LGEGRGINAV PIATATEAPN

+
分子 #22: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 15.14897 KDa
配列文字列:
MLSRFVSKRA FSVSTQVSKS IISYNGNTIE IPEEYTKQAP NRDSTWAPAQ ASKTEIYKNN MVRFEQKDLS KQPMPYAGIE LIAQQPVRF VHGNTAVCDG ANHNGPGAQG HPKIFINVDA PGSHACQYCG TRYEKEH

+
分子 #23: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Com...

分子名称: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 12.053585 KDa
配列文字列:
MLRNVSRLAL RSNFARQATM GQRFYSVARP DAEKRIAAVL ESFDKISNPA AITPTASFAK DLNLDSLDTV EVVVAIEEEF GIEIPDKEA DEIKSVNQAV EYILAQPDAK

+
分子 #24: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.778818 KDa
配列文字列:
MAIIATAFAE TVKFSGSKQE LQKRTLALYR QFLRGAPTFA DLYEVQFSIP TIRTKIRQEF ERHRFVDDLS IQNVLYAKGH MEYQECINF WKQQAQFLKY FPEEDDIQGR HQPSNFVDKF LKNRA

+
分子 #25: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Com...

分子名称: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.444458 KDa
配列文字列:
MLRQSVLRLS RAAVARPALS RSFVTAVARP QLVRAAPVSF IRHYSSAHVL TKDMIQERIV ALLESFDKVN DAKNITATAN LTSDLGLDS LDVVEVVMAI EEEFGLEIPD HDADEIKTVQ QAIDYVSAQP AAV

+
分子 #26: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 12.90287 KDa
配列文字列:
MSHPVPFSAA NKKLVTSMYR QSLKLARNWI SNRQLFRQKA VEIRHKFDQN AQISNPRLLA RTLDETRAHL YEFRHPDPIV PPSFPGGTK YERNVPPRME KIMQHNLYEP

+
分子 #27: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 19.355197 KDa
配列文字列:
MPREAAAHWV PFEDKANMPD NVPDVVEVGA TSAPLLSASY FIGAKCKPYN DDFMLCREES QGSGAIDCLK EGRRVTRCAV SVIEDINKS CLDEFRLHWQ CLEQNNHQLS GCRKAEALLN KCVFTKLNLE KKIPGLRPDE EPVFLKKDPW IKPAVDDFKS V RAYAEAKK NGTL

+
分子 #28: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.112429 KDa
配列文字列:
MPSVGQDLPP VGGYEPVQWR RNLPARGFRP LVYLAALCGI CGYGFYRALG GIQERRELKR EKLWARIYLM PLLQAEEDRQ TVRRSIAQL EREKEIMKGT GFDVDKSVYN DGKFHAPALM IPPK

+
分子 #29: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.588209 KDa
配列文字列:
MSSSTPLVKT SVNYSYGDYP LIDADPHFKR VVGYMRPSDY GVIGLATAAL PAGICFAEWL DPVKGKFARP SVKFLRVATM LGFAVGFGA AYARSSLRFF GVTENAREYK KDEAQMAARK AAGLEPYGTS SLTPELQEIA AKNSAHSIAG LFIFPWFNFV N HPYHGREQ K

+
分子 #30: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.65608 KDa
配列文字列:
MLSRSLRQLS QPSVRSFATS ARLLQKKDVP EVGVNLDNVP AHEIVSGAPA ELSRNRVVRI YQQAKPATQS GEYGTFAWRL DWDIVDVAN RWENDLIGWQ SSGDYMQATQ MKFTSKESAI KFANKQGWDF YIQEPHHRKF RVKQYANNFV HSYGKLKHIR T K

+
分子 #31: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 19.772525 KDa
配列文字列:
MLPGGPVPVF KKYTVGSKGI WEKLRVLLAI APNRSTGNPI VPLYRVPTPG SRPEANVYQD PSSYPTNDIA ENPYWKRDHR RAYPQTAFF DQKTVTGLLE LGSEATPRIA DGEAGTKALA NIANGGVSFT QALGKSSKDV IYGEVLTVNG LPPVAPTLAP K QWKIIEGE AAIYPKGYPC RTFH

+
分子 #32: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 17.328523 KDa
配列文字列:
MLSRRAVTML RSPVARVAQV QVRGIRASFD KAEEPMLGDY PDIDPFPAQL KNPYKKYDDQ QDRRNLEEPL SVNDDLYDMW SPDRFTHFK NQDALKYFIG FLTIFFGASY VATYFVPEKA AIPREFPYEG LWKESGGTEK SKAFFGQRSE

+
分子 #33: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.059366 KDa
配列文字列:
MALFTSLVGA SGLGFATKFL SNKIRLKPAG YYPLGYVFSG VAWAGLGLVL HNVHQHSLEV LEKKKTALSE QRTE

+
分子 #34: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 6.948902 KDa
配列文字列:
MAPQLKDPWA RREAWRYQTN FTRANRFKGA APGFGIAVVA FGAYLAAEKF LFEKKDDHHH

+
分子 #35: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 11.039276 KDa
配列文字列:
MSEHQRPELV SFDDINYNDH KKVREAQESY TREQFIRLEA LKTVRKALEK CYEESGPNHF EDCKNLAEQY LDMLPTHRLQ GYLGYQRND PSK

+
分子 #36: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 7.807067 KDa
配列文字列:
MAGHHTNYKW NGPLPRPHVS AGHRIATKFL GATMFFWMFL RIKEEYPAML GLHNFYPPKE GEKAVEH

+
分子 #37: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.621051 KDa
配列文字列:
MSAALREIRF HLCQNGSSSA PLRQFVKNQI GAFQKANPST KVLVREANGV KPIVFARFDH GHESKIGLDV SSEKEVAERV KSLIEAK

+
分子 #38: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 16.175141 KDa
配列文字列:
MSSSLYRVLR NAWEVGPRSY WKQLNSIGDT KSGRLVGTDI YGNKFYETDH QDEIHLRTRY VEYKEKDYDM SQVEPGWHFW LGYGVDTAP CNTPKEKLPI RAYPYKFQPN YTGTPGAFVT YNTLKPKISA WEPVTKQRS

+
分子 #39: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.793966 KDa
配列文字列:
MGGGRYPFPK DVISMTGGWW ANPSNWKLNG LFATGIAVGL ALWVSTATLP YTRRREGITS ESDISKWNAA AGVWRERHGK ISTGEAAES E

+
分子 #40: Subunit NUNM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUNM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 15.818789 KDa
配列文字列:
MLRHTVRATQ TLRQARNVRF GSHGHGPELT PAVPFFQPYV LKWAGVSLGL VAFYQFNSSY EAKNGHTWVE TFFHPKSRED ILNEEAKIV QALNNQRELT IKMHELKREE KDYAHSYSPL FSDPVPQGGS IGKAPGSSRE

+
分子 #41: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 11.219027 KDa
配列文字列:
MAEFPPLLSQ EDMKKHKILL AYRDRCAALL VPLNECRKKN YYMPWACGHE RHEYEMCEVA DFQRRVKAMD KLKAEKIEQA KAAAAAAAA AAAADAEESK

+
分子 #42: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida lipolytica (酵母)
分子量理論値: 10.035651 KDa
配列文字列:
MTAAGISLTG GRNRCFSEWQ SFMHCTAKTD AKSRAQCLPN FEDYMECLHH TKEKARLREI ESVLKQKKEG LEAPPVKVIP VKAIGLVEE

+
分子 #43: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #44: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #45: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #46: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: NAI
分子量理論値: 665.441 Da
Chemical component information

ChemComp-NAI:
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH

+
分子 #47: Ubiquinone-9

分子名称: Ubiquinone-9 / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 1 / 式: UQ9
分子量理論値: 795.226 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

+
分子 #48: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 16 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #49: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 6 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

+
分子 #50: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #51: Phosphatidylinositol

分子名称: Phosphatidylinositol / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 3 / 式: T7X
分子量理論値: 887.128 Da
Chemical component information

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol

+
分子 #52: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #53: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #54: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 2 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

+
分子 #55: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #56: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 2 / 式: ZMP
分子量理論値: 568.704 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris
100.0 mMNaClsodium cloride
1.0 mMEDTA
0.025 %LMNG
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4776 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 124092
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4873

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 54863
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rfr

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 30
得られたモデル

PDB-7o6y:
Cryo-EM structure of respiratory complex I under turnover

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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