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- EMDB-12722: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12722
タイトルYeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードPre-initiation complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / transcription factor TFIIK complex ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / transcription factor TFIIK complex / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / DNA 5'-3' helicase / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / DNA 3'-5' helicase / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ATPase activator activity / Estrogen-dependent gene expression / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / DNA helicase activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / isomerase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / single-stranded RNA binding / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Tfa2 E-tether / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain ...: / Tfa2 E-tether / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFB5-like superfamily / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / C1-like domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / von Willebrand factor (vWF) type A domain / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / VWFA domain profile. / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / von Willebrand factor, type A / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Zinc finger, RING-type, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD/RAD3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD/RAD3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schilbach S / Aibara S
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission894862 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of RNA polymerase II pre-initiation complex at 2.9 Å defines initial DNA opening.
著者: Sandra Schilbach / Shintaro Aibara / Christian Dienemann / Frauke Grabbe / Patrick Cramer /
要旨: Transcription initiation requires assembly of the RNA polymerase II (Pol II) pre-initiation complex (PIC) and opening of promoter DNA. Here, we present the long-sought high-resolution structure of ...Transcription initiation requires assembly of the RNA polymerase II (Pol II) pre-initiation complex (PIC) and opening of promoter DNA. Here, we present the long-sought high-resolution structure of the yeast PIC and define the mechanism of initial DNA opening. We trap the PIC in an intermediate state that contains half a turn of open DNA located 30-35 base pairs downstream of the TATA box. The initially opened DNA region is flanked and stabilized by the polymerase "clamp head loop" and the TFIIF "charged region" that both contribute to promoter-initiated transcription. TFIIE facilitates initiation by buttressing the clamp head loop and by regulating the TFIIH translocase. The initial DNA bubble is then extended in the upstream direction, leading to the open promoter complex and enabling start-site scanning and RNA synthesis. This unique mechanism of DNA opening may permit more intricate regulation than in the Pol I and Pol III systems.
履歴
登録2021年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o4l
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12722.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å		1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å		1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

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表面レベル登録者による: 3.7 / ムービー #1: 3.7
最小 - 最大-66.865160000000003 - 93.915580000000006
平均 (標準偏差)0.051579367 (±1.0102191)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 398.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-66.86593.9160.052

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12722_msk_1.map
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追加マップ: Locally filtered map (non-composite) of a refinement of...

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注釈Locally filtered map (non-composite) of a refinement of PIC-bound TFIIH in the expanded state
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Ssl1/Tfb4-eZnF/Tfb1-3-helix-bundle region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Tfb2 region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Ssl2/Tfb2/Tfb5 region of the pre-initiation complex
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追加マップ: Half-map 1 of focused refinement encompassing the Tfb2...

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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Tfb2 region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Tfb3-RING-finger/TFIIE/Pol II-stalk region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Tfb3-RING-finger/TFIIE/Pol II-stalk region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Pol II-clamp/TFIIE/Tfb1-PHD region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Pol II-clamp/TFIIE/Tfb1-PHD region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Pol II stalk region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Rad3/Ssl1 region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 2 of focused refinement encompassing the Pol II stalk region of the pre-initiation complex
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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Rad3/Ssl1 region of the pre-initiation complex
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追加マップ: Half-map 1 of focused refinement encompassing the Ssl1/Tfb4-eZnF/Tfb1-3-helix-bundle...

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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Ssl1/Tfb4-eZnF/Tfb1-3-helix-bundle region of the pre-initiation complex
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追加マップ: Half-map 1 of focused refinement encompassing the Ssl2/Tfb2/Tfb5...

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注釈Half-map 1 of focused refinement encompassing the Ssl2/Tfb2/Tfb5 region of the pre-initiation complex
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ハーフマップ: #2

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ハーフマップ: #1

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試料の構成要素

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全体 : Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex

全体名称: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex
要素
  • 複合体: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • DNA: Nontemplate DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit beta
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex

超分子名称: Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 1.37 MDa

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分子 #1: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 89.899047 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE ...文字列:
MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE DYLPKGVFSF EKLLKYCEEK TLCPYFIVRR MISLCNIIIY SYHYLLDPKI AERVSNEVSK DSIVIFDEAH NI DNVCIES LSLDLTTDAL RRATRGANAL DERISEVRKV DSQKLQDEYE KLVQGLHSAD ILTDQEEPFV ETPVLPQDLL TEA IPGNIR RAEHFVSFLK RLIEYLKTRM KVLHVISETP KSFLQHLKQL TFIERKPLRF CSERLSLLVR TLEVTEVEDF TALK DIATF ATLISTYEEG FLLIIEPYEI ENAAVPNPIM RFTCLDASIA IKPVFERFSS VIITSGTISP LDMYPRMLNF KTVLQ KSYA MTLAKKSFLP MIITKGSDQV AISSRFEIRN DPSIVRNYGS MLVEFAKITP DGMVVFFPSY LYMESIVSMW QTMGIL DEV WKHKLILVET PDAQETSLAL ETYRKACSNG RGAILLSVAR GKVSEGIDFD HQYGRTVLMI GIPFQYTESR ILKARLE FM RENYRIREND FLSFDAMRHA AQCLGRVLRG KDDYGVMVLA DRRFSRKRSQ LPKWIAQGLS DADLNLSTDM AISNTKQF L RTMAQPTDPK DQEGVSVWSY EDLIKHQNSR KDQGGFIENE NKEGEQDEDE DEDIEMQ

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD/RAD3

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分子 #2: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 73.194516 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSMSHSGAA IFEKVSGIIA INEDVSPAEL TWRSTDGDKV HTVVLSTIDK LQATPASSEK MMLRLIGKVD ESKKRKDNEG NEVVPKPQR HMFSFNNRTV MDNIKMTLQQ IISRYKDADI YEEKRRREES AQHTETPMSS SSVTAGTPTP HLDTPQLNNG A PLINTAKL ...文字列:
GGSMSHSGAA IFEKVSGIIA INEDVSPAEL TWRSTDGDKV HTVVLSTIDK LQATPASSEK MMLRLIGKVD ESKKRKDNEG NEVVPKPQR HMFSFNNRTV MDNIKMTLQQ IISRYKDADI YEEKRRREES AQHTETPMSS SSVTAGTPTP HLDTPQLNNG A PLINTAKL DDSLSKEKLL TNLKLQQSLL KGNKVLMKVF QETVINAGLP PSEFWSTRIP LLRAFALSTS QKVGPYNVLS TI KPVASSE NKVNVNLSRE KILNIFENYP IVKKAYTDNV PKNFKEPEFW ARFFSSKLFR KLRGEKIMQN DRGDVIIDRY LTL DQEFDR KDDDMLLHPV KKIIDLDGNI QDDPVVRGNR PDFTMQPGVD INGNSDGTVD ILKGMNRLSE KMIMALKNEY SRTN LQNKS NITNDEEDED NDERNELKID DLNESYKTNY AIIHLKRNAH EKTTDNDAKS SADSIKNADL KVSNQQMLQQ LSLVM DNLI NKLDLNQVVP NNEVSNKINK RVITAIKINA KQAKHNNVNS ALGSFVDNTS QANELEVKST LPIDLLESCR MLHTTC CEF LKHFYIHFQS GEQKQASTVK KLYNHLKDCI EKLNELFQDV LNGDGESMSN TCTAYLKPVL NSITLATHKY DEYFNEY NN NSN

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

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分子 #3: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.900602 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSMSDYSL KHSVTQYLEE IPQQVQNRLY TSPATCLAIY RILPPLAKFF IMAMVFNENE VPLLDLDKWV NSNGKLQFQN AIKSMKSLH LLIPNKSSGT LMINLNPTFK ISLRNALTGG EVQNSFGVVV EENVVSLDLL DEYSANKWET ILHFMVGTPL A KIPSEKVL ...文字列:
GPGSMSDYSL KHSVTQYLEE IPQQVQNRLY TSPATCLAIY RILPPLAKFF IMAMVFNENE VPLLDLDKWV NSNGKLQFQN AIKSMKSLH LLIPNKSSGT LMINLNPTFK ISLRNALTGG EVQNSFGVVV EENVVSLDLL DEYSANKWET ILHFMVGTPL A KIPSEKVL NLLKHSKLME EVNSTGEFKI TNEGFQFLLQ EINSQLWTLL LQYLKMIETS KMDLVDVLHF IFMLGALEVG KA YKIDALS ETQRIMLQDM RDYGLVFQKH SNDSIFYPTK LALMLTSDTK TIRSASNAMD SVLRQNREEP SVNEDGANGK STT DITTSD DLNKAGLKNQ DIPDGSLIVE TNFKIYSYSN SPLQIAVLSL FVHLKARFVN MVLGQITRES IRRALTNGIT ADQI IAYLE THAHPQMRRL AEEKLEKKLE LDPNCKEPLQ VLPPTVVDQI RLWQLELDRV ITYEGSLYSD FETSQEYNLL SKYAQ DIGV LLWKDDKKKK FFISKEGNSQ VLDFAKRKLK KKQ

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

+
分子 #4: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

分子名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.480746 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPHMLMDEYE ENKDMCPICK TDRYLSPDVK FLVNPECYHR ICESCVDRIF SLGPAQCPYK GCDKILRKNK FKTQIFDDVE VEKEVDIRK RVFNVFNKTI DDFNGDLVEY NKYLEEVEDI IYKLDHGIDV AKTEEKLRTY EELNKQLIMN NLERSRTEIE S FEQRQKFE ...文字列:
GPHMLMDEYE ENKDMCPICK TDRYLSPDVK FLVNPECYHR ICESCVDRIF SLGPAQCPYK GCDKILRKNK FKTQIFDDVE VEKEVDIRK RVFNVFNKTI DDFNGDLVEY NKYLEEVEDI IYKLDHGIDV AKTEEKLRTY EELNKQLIMN NLERSRTEIE S FEQRQKFE KEMKLKKRLL ERQIEEEERM NKEWTKKEIV NRLSTTTQDI NETIEGVKNT VKLKKSSARR KLEELNRVLK NN PYFNSNV NVQNSRLKDA VPFTPFNGDR EAHPRFTLKG SVYNDPFIKD LEHRKEFIAS GFNTNYAYER VLTEAFMGLG CVI SEEL

UniProtKB: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

+
分子 #5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.778676 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMDAISDP TFKHARSRKQ VTEESPSLLT VIIEIAPKLW TTFDEEGNEK GSIIKVLEAL IVFLNAHLAF NSANKVAVIA AYSQGIKYL YPESTSALKA SESENKTRSD LKIINSDMYR RFRNVDETLV EEIYKLFELE KKQIEQNSQR STLAGAMSAG L TYVNRISK ...文字列:
SNAMDAISDP TFKHARSRKQ VTEESPSLLT VIIEIAPKLW TTFDEEGNEK GSIIKVLEAL IVFLNAHLAF NSANKVAVIA AYSQGIKYL YPESTSALKA SESENKTRSD LKIINSDMYR RFRNVDETLV EEIYKLFELE KKQIEQNSQR STLAGAMSAG L TYVNRISK ESVTTSLKSR LLVLTCGSGS SKDEIFQYIP IMNCIFSATK MKCPIDVVKI GGSKESTFLQ QTTDATNGVY LH VESTEGL IQYLATAMFI DPSLRPIIVK PNHGSVDFRT SCYLTGRVVA VGFICSVCLC VLSIIPPGNK CPACDSQFDE HVI AKLKRK PVVPRLKAKK KVTKP

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

+
分子 #6: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.541787 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPGSMARARK GALVQCDPSI KALILQIDAK MSDIVLEELD DTHLLVNPSK VEFVKHELNR LLSKNIYNPM DEEENQ

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5

+
分子 #7: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.571215 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSMAPVVIS ESEEDEDRVA ITRRTKRQVH FDGEGDDRVD QQQQQHSSSH RDRDKHVQRK KKKRLSNRNL QGSNGGYAWE DEIKRSWDL VKVDDEGDMA SLVASIVEAR KKRTAKKNIT PYQRGIIRSL ILTLDCSEAM LEKDLRPNRH AMIIQYAIDF V HEFFDQNP ...文字列:
GGSMAPVVIS ESEEDEDRVA ITRRTKRQVH FDGEGDDRVD QQQQQHSSSH RDRDKHVQRK KKKRLSNRNL QGSNGGYAWE DEIKRSWDL VKVDDEGDMA SLVASIVEAR KKRTAKKNIT PYQRGIIRSL ILTLDCSEAM LEKDLRPNRH AMIIQYAIDF V HEFFDQNP ISQMGIIIMR NGLAQLVSQV SGNPQDHIDA LKSIRKQEPK GNPSLQNALE MARGLLLPVP AHCTREVLIV FG SLSTTDP GDIHQTIDSL VSEKIRVKVL GLSAQVAICK ELCKATNYGD ESFYKILLDE THLKELFNEA VTPLPVNKIN KGF TLVKMG FPTRIFEDTP TFCSCHSKLV YGGYFCPNCH SKVCSLPTVC PCCDLMLILS THLARSYHHL MPLKTFAEVP TTEK FRSED CFSCQSRFPI LKNHKNGKLL TSSRYRCEDC KQEFCVDCDV FIHEILHNCP GCESKPVIT

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

+
分子 #8: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 95.461664 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS ...文字列:
MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS HIHEYKITAY SLYAAVSVGL ETDDIISVLD RLSKVPVAES IINFIKGATI SYGKVKLVIK HNRYFVETTQ AD ILQMLLN DSVIGPLRID SDHQVQPPED VLQQQLQQTA GKPATNVNPN DVEAVFSAVI GGDNEREEED DDIDAVHSFE IAN ESVEVV KKRCQEIDYP VLEEYDFRND HRNPDLDIDL KPSTQIRPYQ EKSLSKMFGN GRARSGIIVL PCGAGKTLVG ITAA CTIKK SVIVLCTSSV SVMQWRQQFL QWCTLQPENC AVFTSDNKEM FQTESGLVVS TYSMVANTRN RSHDSQKVMD FLTGR EWGF IILDEVHVVP AAMFRRVVST IAAHAKLGLT ATLVREDDKI GDLNFLIGPK LYEANWMELS QKGHIANVQC AEVWCP MTA EFYQEYLRET ARKRMLLYIM NPTKFQACQF LIQYHERRGD KIIVFSDNVY ALQEYALKMG KPFIYGSTPQ QERMNIL QN FQYNDQINTI FLSKVGDTSI DLPEATCLIQ ISSHYGSRRQ EAQRLGRILR AKRRNDEGFN AFFYSLVSKD TQEMYYST K RQAFLVDQGY AFKVITHLHG MENIPNLAYA SPRERRELLQ EVLLKNEEAA GIEVGDDADN SVGRGSNGHK RFKSKAVRG EGSLSGLAGG EDMAYMEYST NKNKELKEHH PLIRKMYYKN LKK

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 191.821578 KDa
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 138.937297 KDa
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.451191 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.909934 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAIHHHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #16: Transcription initiation factor IIE subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.951039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK ...文字列:
MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK QDKLNRLMDQ IQPIIDSLKK IDDSRIEENT FEIALARLIP PQNQSHAAYT YNPKKGSTMF RPGDSAPLPN LM GTALGND SSRRAGANSQ ATLHINITTA SDEVAQRELQ ERQAEEKRKQ NAVPEWHKQS TIGKTALGRL DNEEEFDPVV TAS AMDSIN PDNEPAQETS YQNNRTLTEQ EMEERENEKT LNDYYAALAK KQAKLNKEEE EEEEEEEDEE EEEEEEMEDV MDDN DETAR ENALEDEFED VTDTAGTAKT ESNTSNDVKQ ESINDKTEDA VNATATASGP SANAKPNDGD DDDDDDDDEM DIEFE DVAA ALEHHHHH

UniProtKB: Transcription initiation factor IIE subunit alpha

+
分子 #17: Transcription initiation factor IIE subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.050434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR ...文字列:
MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR IEFDPKKGTF KYLSTYDVHS PSELLKLLRS QVTFKGISCK DLKDGWPQCD ETINQLEEDS KILVLRTKKD KT PRYVWYN SGGNLKCIDE EFVKMWENVQ LPQFAELPRK LQDLGLKPAS VDPATIKRQT KRVEVKKKRQ RKGKITNTHM TGI LKDYSH RV

UniProtKB: Transcription initiation factor IIE subunit beta

+
分子 #14: Nontemplate DNA

分子名称: Nontemplate DNA / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 32.716977 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)

+
分子 #15: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 32.68092 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)

+
分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 11 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #20: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #22: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 29670 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 43.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4300000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3846

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34198
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5oqj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7o4l:
Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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