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万見
- EMDB-12526: An artificial protein cage with unusual geometry scaffolds a regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12526
タイトルAn artificial protein cage with unusual geometry scaffolds a regular 3D lattice of gold nanoparticles.
マップデータhalf map A
試料
  • 複合体: Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice
    • タンパク質・ペプチド: Transcription attenuation protein MtrB
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.77 Å
データ登録者Biela AP
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2016/20/W/NZ1/00095 ポーランド
Polish National Science Centre2019/34/A/NZ1/00196 ポーランド
引用ジャーナル: Nano Lett / 年: 2022
タイトル: Artificial Protein Cage with Unusual Geometry and Regularly Embedded Gold Nanoparticles.
著者: Karolina Majsterkiewicz / Artur P Biela / Sourav Maity / Mohit Sharma / Bernard M A G Piette / Agnieszka Kowalczyk / Szymon Gaweł / Soumyananda Chakraborti / Wouter H Roos / Jonathan G Heddle /
要旨: Artificial protein cages have great potential in a number of areas including cargo capture and delivery and as artificial vaccines. Here, we investigate an artificial protein cage whose assembly is ...Artificial protein cages have great potential in a number of areas including cargo capture and delivery and as artificial vaccines. Here, we investigate an artificial protein cage whose assembly is triggered by gold nanoparticles. Using biochemical and biophysical methods we were able to determine both the mechanical properties and the gross compositional features of the cage which, combined with mathematical models and biophysical data, allowed the structure of the cage to be predicted. The accuracy of the overall geometrical prediction was confirmed by the cryo-EM structure determined to sub-5 Å resolution. This showed the cage to be nonregular but similar to a dodecahedron, being constructed from 12 11-membered rings. Surprisingly, the structure revealed that the cage also contained a single, small gold nanoparticle at each 3-fold axis meaning that each cage acts as a synthetic framework for regular arrangement of 20 gold nanoparticles in a three-dimensional lattice.
履歴
登録2021年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half map A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.41 / ムービー #1: 0.41
最小 - 最大-0.36436516 - 3.0404563
平均 (標準偏差)0.026209798 (±0.12071204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.200275.200275.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.3643.0400.026

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12526_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: main map

ファイルemd_12526_half_map_1.map
注釈main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_12526_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice

全体名称: Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice
要素
  • 複合体: Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice
    • タンパク質・ペプチド: Transcription attenuation protein MtrB

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超分子 #1: Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice

超分子名称: Supramolecular protein cage assembly with gold nano paticles lattice
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 1.6 MDa

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分子 #1: Transcription attenuation protein MtrB

分子名称: Transcription attenuation protein MtrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYTNSDFVVI KALEDGVNV I GLTRGADT RF HHSECLD KGE VLIAQF TEHT SAIKV RGKAY IQTS HGVIES EGK K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6266 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / ソフトウェア - 詳細: PatchCTF
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 434505
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 12000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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