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万見
- EMDB-1244: Visualizing the ATPase cycle in a protein disaggregating machine:... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1244
タイトルVisualizing the ATPase cycle in a protein disaggregating machine: structural basis for substrate binding by ClpB.
マップデータVolume file of TClpB trap mutant in ATP bound state
試料
  • 試料: ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation
  • タンパク質・ペプチド: ClpB
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å
データ登録者Tsai F
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2007
タイトル: Visualizing the ATPase cycle in a protein disaggregating machine: structural basis for substrate binding by ClpB.
著者: Sukyeong Lee / Jae-Mun Choi / Francis T F Tsai /
要旨: ClpB is a ring-shaped molecular chaperone that has the remarkable ability to disaggregate stress-damaged proteins. Here we present the electron cryomicroscopy reconstruction of an ATP-activated ClpB ...ClpB is a ring-shaped molecular chaperone that has the remarkable ability to disaggregate stress-damaged proteins. Here we present the electron cryomicroscopy reconstruction of an ATP-activated ClpB trap mutant, along with reconstructions of ClpB in the AMPPNP, ADP, and in the nucleotide-free state. We show that motif 2 of the ClpB M domain is positioned between the D1-large domains of neighboring subunits and could facilitate a concerted, ATP-driven conformational change in the AAA-1 ring. We further demonstrate biochemically that ATP is essential for high-affinity substrate binding to ClpB and cannot be substituted with AMPPNP. Our structures show that in the ATP-activated state, the D1 loops are stabilized at the central pore, providing the structural basis for high-affinity substrate binding. Taken together, our results support a mechanism by which ClpB captures substrates on the upper surface of the AAA-1 ring before threading them through the ClpB hexamer in an ATP hydrolysis-driven step.
履歴
登録2006年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年7月13日-
マップ公開2007年3月27日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.93246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.93246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1244.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume file of TClpB trap mutant in ATP bound state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 96 pix.
= 208.608 Å		2.17 Å/pix.
x 96 pix.
= 208.608 Å		2.17 Å/pix.
x 96 pix.
= 208.608 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.173 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.62 / ムービー #1: 0.93246
最小 - 最大-0.796974 - 5.93084
平均 (標準偏差)0.193313 (±0.627797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 208.608 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1732.1732.173
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.608208.608208.608
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.7975.9310.193

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation

全体名称: ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation
要素
  • 試料: ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation
  • タンパク質・ペプチド: ClpB

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超分子 #1000: ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation

超分子名称: ClpB Trap mutant with E271A and E668A double mutation
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa

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分子 #1: ClpB

分子名称: ClpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Trap mutant was generated by introducing double Walker B mutations: E271A and E668A. Trap mutant can bind ATP but not able to hydrolize ATP.
コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 細胞: E.coli / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM MOPS,150mM KCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: REICHERT-JUNG PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Reichert plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 400,000x magnification
日付2004年7月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 24 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 6900
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each CCD frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 19008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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