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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12124 | |||||||||
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タイトル | human Teneurin4 WT C2 | |||||||||
マップデータ | human Teneurin4 wt C2 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cardiac cell fate specification / positive regulation of myelination / central nervous system myelin formation / positive regulation of gastrulation / gastrulation with mouth forming second / cardiac muscle cell proliferation / regulation of myelination / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / neuron development ...cardiac cell fate specification / positive regulation of myelination / central nervous system myelin formation / positive regulation of gastrulation / gastrulation with mouth forming second / cardiac muscle cell proliferation / regulation of myelination / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / neuron development / cell adhesion molecule binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Meijer DH / Janssen BJC | |||||||||
資金援助 | オランダ, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Teneurin4 dimer structures reveal a calcium-stabilized compact conformation supporting homomeric trans-interactions. 著者: Dimphna H Meijer / Cátia P Frias / J Wouter Beugelink / Yanthi N Deurloo / Bert J C Janssen / 要旨: Establishment of correct synaptic connections is a crucial step during neural circuitry formation. The Teneurin family of neuronal transmembrane proteins promotes cell-cell adhesion via homophilic ...Establishment of correct synaptic connections is a crucial step during neural circuitry formation. The Teneurin family of neuronal transmembrane proteins promotes cell-cell adhesion via homophilic and heterophilic interactions, and is required for synaptic partner matching in the visual and hippocampal systems in vertebrates. It remains unclear how individual Teneurins form macromolecular cis- and trans-synaptic protein complexes. Here, we present a 2.7 Å cryo-EM structure of the dimeric ectodomain of human Teneurin4. The structure reveals a compact conformation of the dimer, stabilized by interactions mediated by the C-rich, YD-shell, and ABD domains. A 1.5 Å crystal structure of the C-rich domain shows three conserved calcium binding sites, and thermal unfolding assays and SAXS-based rigid-body modeling demonstrate that the compactness and stability of Teneurin4 dimers are calcium-dependent. Teneurin4 dimers form a more extended conformation in conditions that lack calcium. Cellular assays reveal that the compact cis-dimer is compatible with homomeric trans-interactions. Together, these findings support a role for teneurins as a scaffold for macromolecular complex assembly and the establishment of cis- and trans-synaptic interactions to construct functional neuronal circuits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12124.map.gz | 71.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12124-v30.xml emd-12124.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12124_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12124.png | 165.7 KB | ||
マスクデータ | emd_12124_msk_1.map | 115.9 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12124 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12124 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12124_validation.pdf.gz | 440.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12124_full_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12124_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12124_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12124 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12124 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human Teneurin4 wt C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.878 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12124_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human Teneurin4 wt C2 ectodomain
全体 | 名称: human Teneurin4 wt C2 ectodomain |
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要素 |
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-超分子 #1: human Teneurin4 wt C2 ectodomain
超分子 | 名称: human Teneurin4 wt C2 ectodomain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293E |
-分子 #1: Teneurin-4
分子 | 名称: Teneurin-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 217.683125 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: METACGDSKD NDGDGLVDCM DPDCCLQPLC HINPLCLGSP NPLDIIQETQ VPVSQQNLHS FYDRIKFLVG RDSTHIIPGE NPFDGGHAC VIRGQVMTSD GTPLVGVNIS FVNNPLFGYT ISRQDGSFDL VTNGGISIIL RFERAPFITQ EHTLWLPWDR F FVMETIIM ...文字列: METACGDSKD NDGDGLVDCM DPDCCLQPLC HINPLCLGSP NPLDIIQETQ VPVSQQNLHS FYDRIKFLVG RDSTHIIPGE NPFDGGHAC VIRGQVMTSD GTPLVGVNIS FVNNPLFGYT ISRQDGSFDL VTNGGISIIL RFERAPFITQ EHTLWLPWDR F FVMETIIM RHEENEIPSC DLSNFARPNP VVSPSPLTSF ASSCAEKGPI VPEIQALQEE ISISGCKMRL SYLSSRTPGY KS VLRISLT HPTIPFNLMK VHLMVAVEGR LFRKWFAAAP DLSYYFIWDK TDVYNQKVFG LSEAFVSVGY EYESCPDLIL WEK RTTVLQ GYEIDASKLG GWSLDKHHAL NIQSGILHKG NGENQFVSQQ PPVIGSIMGN GRRRSISCPS CNGLADGNKL LAPV ALTCG SDGSLYVGDF NYIRRIFPSG NVTNILELRN KDFRHSHSPA HKYYLATDPM SGAVFLSDSN SRRVFKIKST VVVKD LVKN SEVVAGTGDQ CLPFDDTRCG DGGKATEATL TNPRGITVDK FGLIYFVDGT MIRRIDQNGI ISTLLGSNDL TSARPL SCD SVMDISQVHL EWPTDLAINP MDNSLYVLDN NVVLQISENH QVRIVAGRPM HCQVPGIDHF LLSKVAIHAT LESATAL AV SHNGVLYIAE TDEKKINRIR QVTTSGEISL VAGAPSGCDC KNDANCDCFS GDDGYAKDAK LNTPSSLAVC ADGELYVA D LGNIRIRFIR KNKPFLNTQN MYELSSPIDQ ELYLFDTTGK HLYTQSLPTG DYLYNFTYTG DGDITLITDN NGNMVNVRR DSTGMPLWLV VPDGQVYWVT MGTNSALKSV TTQGHELAMM TYHGNSGLLA TKSNENGWTT FYEYDSFGRL TNVTFPTGQV SSFRSDTDS SVHVQVETSS KDDVTITTNL SASGAFYTLL QDQVRNSYYI GADGSLRLLL ANGMEVALQT EPHLLAGTVN P TVGKRNVT LPIDNGLNLV EWRQRKEQAR GQVTVFGRRL RVHNRNLLSL DFDRVTRTEK IYDDHRKFTL RILYDQAGRP SL WSPSSRL NGVNVTYSPG GYIAGIQRGI MSERMEYDQA GRITSRIFAD GKTWSYTYLE KSMVLLLHSQ RQYIFEFDKN DRL SSVTMP NVARQTLETI RSVGYYRNIY QPPEGNASVI QDFTEDGHLL HTFYLGTGRR VIYKYGKLSK LAETLYDTTK VSFT YDETA GMLKTINLQN EGFTCTIRYR QIGPLIDRQI FRFTEEGMVN ARFDYNYDNS FRVTSMQAVI NETPLPIDLY RYDDV SGKT EQFGKFGVIY YDINQIITTA VMTHTKHFDA YGRMKEVQYE IFRSLMYWMT VQYDNMGRVV KKELKVGPYA NTTRYS YEY DADGQLQTVS INDKPLWRYS YDLNGNLHLL SPGNSARLTP LRYDIRDRIT RLGDVQYKMD EDGFLRQRGG DIFEYNS AG LLIKAYNRAG SWSVRYRYDG LGRRVSSKSS HSHHLQFFYA DLTNPTKVTH LYNHSSSEIT SLYYDLQGHL FAMELSSG D EFYIACDNIG TPLAVFSGTG LMIKQILYTA YGEIYMDTNP NFQIIIGYHG GLYDPLTKLV HMGRRDYDVL AGRWTSPDH ELWKHLSSSN VMPFNLYMFK NNNPISNSQD IKCFMTDVNS WLLTFGFQLH NVIPGYPKPD MDAMEPSYEL IHTQMKTQEW DNSKSILGV QCEVQKQLKA FVTLERFDQL YGSTITSCQQ APKTKKFASS GSVFGKGVKF ALKDGRVTTD IISVANEDGR R VAAILNHA HYLENLHFTI DGVDTHYFVK PGPSEGDLAI LGLSGGRRTL ENGVNVTVSQ INTVLNGRTR RYTDIQLQYG AL CLNTRYG TTLDEEKARV LELARQRAVR QAWAREQQRL REGEEGLRAW TEGEKQQVLS TGRVQGYDGF FVISVEQYPE LSD SANNIH FMRQSE |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.075 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |