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- EMDB-12089: Acinetobacter baumannii multidrug transporter AdeB in L*OO state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12089
タイトルAcinetobacter baumannii multidrug transporter AdeB in L*OO state
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter
キーワードRND-transporter / multidrug transporter / antibiotic resistance / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / response to toxic substance / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii AYE (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (strain AYE) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Ornik-Cha A / Reitz J
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB807 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC115 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FR-1653/12 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB902 ドイツ
Innovative Medicines Initiative115525European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of the promiscuous AcrB and AdeB efflux pumps suggests different drug binding mechanisms.
著者: Alina Ornik-Cha / Julia Wilhelm / Jessica Kobylka / Hanno Sjuts / Attilio V Vargiu / Giuliano Malloci / Julian Reitz / Anja Seybert / Achilleas S Frangakis / Klaas M Pos /
要旨: Upon antibiotic stress Gram-negative pathogens deploy resistance-nodulation-cell division-type tripartite efflux pumps. These include a H/drug antiporter module that recognizes structurally diverse ...Upon antibiotic stress Gram-negative pathogens deploy resistance-nodulation-cell division-type tripartite efflux pumps. These include a H/drug antiporter module that recognizes structurally diverse substances, including antibiotics. Here, we show the 3.5 Å structure of subunit AdeB from the Acinetobacter baumannii AdeABC efflux pump solved by single-particle cryo-electron microscopy. The AdeB trimer adopts mainly a resting state with all protomers in a conformation devoid of transport channels or antibiotic binding sites. However, 10% of the protomers adopt a state where three transport channels lead to the closed substrate (deep) binding pocket. A comparison between drug binding of AdeB and Escherichia coli AcrB is made via activity analysis of 20 AdeB variants, selected on basis of side chain interactions with antibiotics observed in the AcrB periplasmic domain X-ray co-structures with fusidic acid (2.3 Å), doxycycline (2.1 Å) and levofloxacin (2.7 Å). AdeABC, compared to AcrAB-TolC, confers higher resistance to E. coli towards polyaromatic compounds and lower resistance towards antibiotic compounds.
履歴
登録2020年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b8q
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b8q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.07339091 - 0.11627398
平均 (標準偏差)0.00038290164 (±0.0041334922)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800268.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0730.1160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro

全体名称: Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro
要素
  • 複合体: Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter

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超分子 #1: Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro

超分子名称: Homotrimeric RND-transporter AdeB reconstituted in Salipro
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AYE (バクテリア)
分子量理論値: 345 KDa

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分子 #1: Efflux pump membrane transporter

分子名称: Efflux pump membrane transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AYE) (バクテリア)
株: AYE
分子量理論値: 115.143055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSMSQFFIRR PVFAWVIAIF IIIFGLLSIP KLPIARFPSV APPQVNISAT YPGATAKTIN DSVVTLIERE LSGVKNLLYY SATTDTSGT AEITATFKPG TDVEMAQVDV QNKIKAVEAR LPQVVRQQGL QVEASSSGFL MLVGINSPNN QYSEVDLSDY L VRNVVEEL ...文字列:
MSMSQFFIRR PVFAWVIAIF IIIFGLLSIP KLPIARFPSV APPQVNISAT YPGATAKTIN DSVVTLIERE LSGVKNLLYY SATTDTSGT AEITATFKPG TDVEMAQVDV QNKIKAVEAR LPQVVRQQGL QVEASSSGFL MLVGINSPNN QYSEVDLSDY L VRNVVEEL KRVEGVGKVQ SFGAEKAMRI WVDPNKLVSY GLSISDVNNA IRENNVEIAP GRLGDLPAEK GQLITIPLSA QG QLSSLEQ FKNISLKSKT NGSVIKLSDV ANVEIGSQAY NFAILENGKP ATAAAIQLSP GANAVKTAEG VRAKIEELKL NLP EGMEFS IPYDTAPFVK ISIEKVIHTL LEAMVLVFIV MYLFLHNVRY TLIPAIVAPI ALLGTFTVML LAGFSINVLT MFGM VLAIG IIVDDAIVVV ENVERIMATE GLSPKDATSK AMKEITSPII GITLVLAAVF LPMAFASGSV GVIYKQFTLT MSVSI LFSA LLALILTPAL CATILKPIDG HHQKKGFFAW FDRSFDKVTK KYELMLLKII KHTVPMMVIF LVITGITFAG MKYWPT AFM PEEDQGWFMT SFQLPSDATA ERTRNVVNQF ENNLKDNPDV KSNTAILGWG FSGAGQNVAV AFTTLKDFKE RTSSASK MT SDVNSSMANS TEGETMAVLP PAIDELGTFS GFSLRLQDRA NLGMPALLAA QDELMAMAAK NKKFYMVWNE GLPQGDNI S LKIDREKLSA LGVKFSDVSD IISTSMGSMY INDFPNQGRM QQVIVQVEAK SRMQLKDILN LKVMGSSGQL VSLSEVVTP QWNKAPQQYN RYNGRPSLSI AGIPNFDTSS GEAMREMEQL IAKLPKGIGY EWTGISLQEK QSESQMAFLL GLSMLVVFLV LAALYESWA IPLSVMLVVP LGIFGAIIAI MSRGLMNDVF FKIGLITIIG LSAKNAILIV EFAKMLKEEG MSLIEATVAA A KLRLRPIL MTSLAFTCGV IPLVIATGAS SETQHALGTG VFGGMISATI LAIFFVPVFF IFILGAVEKL FSSKKKISSA LE VLFQGPH HHHHHHHHH

UniProtKB: Efflux pump membrane transporter

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl pH 8.5
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2gif

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34890
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7b8q:
Acinetobacter baumannii multidrug transporter AdeB in L*OO state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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