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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1208 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair. | |||||||||
![]() | 3D structure of the DNA-bound DNAPKcs/Ku70/ku80 complex using cryoEM | |||||||||
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機能・相同性 | : / Ku70 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / protein kinase activity![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å | |||||||||
![]() | Spagnolo L / Rivera-Calzada A / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair. 著者: Laura Spagnolo / Angel Rivera-Calzada / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / ![]() 要旨: DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by ...DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by the Ku70/Ku80 heterodimer, with which it forms the core of a multiprotein complex that promotes synapsis of the broken DNA ends. We have purified the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzyme assembled on a DNA molecule. Its three-dimensional (3D) structure at approximately 25 Angstroms resolution was determined by single-particle electron microscopy. Binding of Ku and DNA elicits conformational changes in the FAT and FATC domains of DNA-PKcs. Dimeric particles are observed in which two DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzymes interact through the N-terminal HEAT repeats. The proximity of the dimer contacts to the likely positions of the DNA ends suggests that these represent synaptic complexes that maintain broken DNA ends in proximity and provide a platform for access of the various enzymes required for end processing and ligation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 990.6 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 203.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 202.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D structure of the DNA-bound DNAPKcs/Ku70/ku80 complex using cryoEM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Macromolecular Complex containing DNA, DNAPKcs, Ku70 and Ku80
全体 | 名称: Macromolecular Complex containing DNA, DNAPKcs, Ku70 and Ku80 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Macromolecular Complex containing DNA, DNAPKcs, Ku70 and Ku80
超分子 | 名称: Macromolecular Complex containing DNA, DNAPKcs, Ku70 and Ku80 タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One molecule of DNAPKcs and one Ku70-Ku80 dimer bound to one DNA molecule Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 650 KDa |
-分子 #1: DNA-PKcs
分子 | 名称: DNA-PKcs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 470 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: protein kinase activity InterPro: Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain |
-分子 #2: Ku70
分子 | 名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 70 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: double-strand break repair via nonhomologous end joining InterPro: Ku70 |
-分子 #3: Ku80
分子 | 名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 85 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: double-strand break repair / InterPro: INTERPRO: IPR011210 |
-分子 #4: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes, 200 mM KCl, 0.1 mM DTT, 0.5 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: 400 mesh carbon coated Rhodium-Copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made plunger / 手法: Blot for a few seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: FFT with ssCCD |
詳細 | Microscope model: TECNAI G2 200 kV, FEI. |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 32 / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry liquid-nitrogen cooled cryo specimen holder. Eucentric 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each partcile using CTFIND3 and EMAN. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 4189 |