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万見
- EMDB-1207: Structure of the bacteriophage phi6 nucleocapsid suggests a mecha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1207
タイトルStructure of the bacteriophage phi6 nucleocapsid suggests a mechanism for sequential RNA packaging.
マップデータReconstruction of phi6 empty nucleocapsid
試料
  • 試料: Bacteriophage phi6 nucleocapsid
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Huiskonen JT / de Haas F / Bubeck D / Bamford DH / Fuller SD / Butcher SJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of the bacteriophage phi6 nucleocapsid suggests a mechanism for sequential RNA packaging.
著者: Juha T Huiskonen / Felix de Haas / Doryen Bubeck / Dennis H Bamford / Stephen D Fuller / Sarah J Butcher /
要旨: Bacteriophage phi6 is an enveloped dsRNA virus with a segmented genome. Phi6 specifically packages one copy of each of its three genome segments into a preassembled polymerase complex. This leads to ...Bacteriophage phi6 is an enveloped dsRNA virus with a segmented genome. Phi6 specifically packages one copy of each of its three genome segments into a preassembled polymerase complex. This leads to expansion of the polymerase complex, minus and plus strand RNA synthesis, and assembly of the nucleocapsid. The phi6 in vitro assembly and packaging system is a valuable model for dsRNA virus replication. The structure of the nucleocapsid at 7.5 A resolution presented here reveals the secondary structure of the two major capsid proteins. Asymmetric P1 dimers organize as an inner T = 1 shell, and P8 trimers organize as an outer T = 13 laevo shell. The organization of the P1 molecules in the unexpanded and expanded polymerase complex suggests that the expansion is accomplished by rigid body movements of the P1 monomers. This leads to exposure of new potential RNA binding surfaces to control the sequential packaging of the genome segments.
履歴
登録2006年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年3月30日-
マップ公開2006年6月14日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1421
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1421
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1207.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of phi6 empty nucleocapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å		2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å		2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2130.0 / ムービー #1: 1421
最小 - 最大-2191.619999999999891 - 4825.579999999999927
平均 (標準偏差)54.487699999999997 (±896.19500000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-109-109-109
サイズ219219219
Spacing219219219
セルA=B=C: 613.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z219219219
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z613.200613.200613.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-109-109-109
NC/NR/NS219219219
D min/max/mean-2191.6204825.57754.488

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phi6 nucleocapsid

全体名称: Bacteriophage phi6 nucleocapsid
要素
  • 試料: Bacteriophage phi6 nucleocapsid
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage phi6 nucleocapsid

超分子名称: Bacteriophage phi6 nucleocapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 22 MDa

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超分子 #1: Pseudomonas phage phi6

超分子名称: Pseudomonas phage phi6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage phi6 / NCBI-ID: 10879 / 生物種: Pseudomonas phage phi6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bacteriophage phi6
宿主生物種: Pseudomonas syringae pv phaesolicola HB10Y / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: PC shell / 直径: 485 Å / T番号(三角分割数): 1
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: NC shell / 直径: 555 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 37 / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle, full CTF correction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: P3DR
詳細: The map was calculated from empty particles lacking the genome
使用した粒子像数: 1163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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