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- EMDB-12042: Cryo-EM structure of the human CAK bound to ICEC0942 at 2.5 Angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12042
タイトルCryo-EM structure of the human CAK bound to ICEC0942 at 2.5 Angstroms resolution
マップデータPost-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map, re-boxed into a 128 x 128 x 128 pixel box
試料
  • 複合体: CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942
    • タンパク質・ペプチド: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-H
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 7
  • リガンド: (3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]piperidin-3-ol
  • リガンド: water
キーワードKinase / protein complex / small molecules inhibitor / CDK-activating kinase / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / adult heart development / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination ...ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / adult heart development / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / Formation of Incision Complex in GG-NER / response to calcium ion / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / regulation of cell cycle / protein stabilization / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Ubiquitin interacting motif ...CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Greber BJ / Remis J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127018 米国
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2021
タイトル: 2.5 Å-resolution structure of human CDK-activating kinase bound to the clinical inhibitor ICEC0942.
著者: Basil J Greber / Jonathan Remis / Simak Ali / Eva Nogales /
要旨: The human CDK-activating kinase (CAK), composed of CDK7, cyclin H, and MAT1, is involved in the control of transcription initiation and the cell cycle. Because of these activities, it has been ...The human CDK-activating kinase (CAK), composed of CDK7, cyclin H, and MAT1, is involved in the control of transcription initiation and the cell cycle. Because of these activities, it has been identified as a promising target for cancer chemotherapy. A number of CDK7 inhibitors have entered clinical trials, among them ICEC0942 (also known as CT7001). Structural information can aid in improving the affinity and specificity of such drugs or drug candidates, reducing side effects in patients. Here, we have determined the structure of the human CAK in complex with ICEC0942 at 2.5 Å-resolution using cryogenic electron microscopy. Our structure reveals conformational differences of ICEC0942 compared with previous X-ray crystal structures of the CDK2-bound complex, and highlights the critical ability of cryogenic electron microscopy to resolve structures of drug-bound protein complexes without the need to crystalize the protein target.
履歴
登録2020年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b5o
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b5q
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map, re-boxed into a 128 x 128 x 128 pixel box
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 131.712 Å		1.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 131.712 Å		1.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 131.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.13677126 - 0.26206034
平均 (標準偏差)-0.000028703422 (±0.013377107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 131.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0291.0291.029
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z131.712131.712131.712
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1370.262-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12042_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map

ファイルemd_12042_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered half-map

ファイルemd_12042_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942

全体名称: CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942
要素
  • 複合体: CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942
    • タンパク質・ペプチド: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-H
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 7
  • リガンド: (3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]piperidin-3-ol
  • リガンド: water

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超分子 #1: CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942

超分子名称: CDK-activating kinase (CAK) in complex with ICEC0942
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

分子名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.13234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSSHHHHHH ENLYFQSNAM DDQGCPRCKT TKYRNPSLKL MVNVCGHTLC ESCVDLLFVR GAGNCPECGT PLRKSNFRVQ LFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDFP SLREYNDFLE EVEEIVFNLT NNVDLDNTKK KMEIYQKENK DVIQKNKLKL T REQEELEE ...文字列:
MGSSHHHHHH ENLYFQSNAM DDQGCPRCKT TKYRNPSLKL MVNVCGHTLC ESCVDLLFVR GAGNCPECGT PLRKSNFRVQ LFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDFP SLREYNDFLE EVEEIVFNLT NNVDLDNTKK KMEIYQKENK DVIQKNKLKL T REQEELEE ALEVERQENE QRRLFIQKEE QLQQILKRKN KQAFLDELES SDLPVALLLA QHKDRSTQLE MQLEKPKPVK PV TFSTGIK MGQHISLAPI HKLEEALYEY QPLQIETYGP HVPELEMLGR LGYLNHVRAA SPQDLAGGYT SSLACHRALQ DAF SGLFWQ PS

UniProtKB: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

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分子 #2: Cyclin-H

分子名称: Cyclin-H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.695473 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MYHNSSQKRH WTFSSEEQLA RLRADANRKF RCKAVANGKV LPNDPVFLEP HEEMTLCKYY EKRLLEFCSV FKPAMPRSVV GTACMYFKR FYLNNSVMEY HPRIIMLTCA FLACKVDEFN VSSPQFVGNL RESPLGQEKA LEQILEYELL LIQQLNFHLI V HNPYRPFE ...文字列:
MYHNSSQKRH WTFSSEEQLA RLRADANRKF RCKAVANGKV LPNDPVFLEP HEEMTLCKYY EKRLLEFCSV FKPAMPRSVV GTACMYFKR FYLNNSVMEY HPRIIMLTCA FLACKVDEFN VSSPQFVGNL RESPLGQEKA LEQILEYELL LIQQLNFHLI V HNPYRPFE GFLIDLKTRY PILENPEILR KTADDFLNRI ALTDAYLLYT PSQIALTAIL SSASRAGITM ESYLSESLML KE NRTCLSQ LLDIMKSMRN LVKKYEPPRS EEVAVLKQKL ERCHSAELAL NVITKKRKGY EDDDYVSKKS KHEEEEWTDD DLV ESL

UniProtKB: Cyclin-H

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分子 #3: Cyclin-dependent kinase 7

分子名称: Cyclin-dependent kinase 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.65107 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGGGSENLY FQSNAMALDV KSRAKRYEKL DFLGEGQFAT VYKARDKNTN QIVAIKKIK LGHRSEAKDG INRTALREIK LLQELSHPNI IGLLDAFGHK SNISLVFDFM ETDLEVIIKD NSLVLTPSHI K AYMLMTLQ ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGGGSENLY FQSNAMALDV KSRAKRYEKL DFLGEGQFAT VYKARDKNTN QIVAIKKIK LGHRSEAKDG INRTALREIK LLQELSHPNI IGLLDAFGHK SNISLVFDFM ETDLEVIIKD NSLVLTPSHI K AYMLMTLQ GLEYLHQHWI LHRDLKPNNL LLDENGVLKL ADFGLAKSFG SPNRAYTHQV VTRWYRAPEL LFGARMYGVG VD MWAVGCI LAELLLRVPF LPGDSDLDQL TRIFETLGTP TEEQWPDMCS LPDYVTFKSF PGIPLHHIFS AAGDDLLDLI QGL FLFNPC ARITATQALK MKYFSNRPGP TPGCQLPRPN CPVETLKEQS NPALAIKRKR TEALEQGGLP KKLIF

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 7

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分子 #4: (3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a...

分子名称: (3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]piperidin-3-ol
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: I74
分子量理論値: 394.513 Da
Chemical component information

ChemComp-I74:
(3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]piperidin-3-ol

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 73 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES-KOH
200.0 mMPotassium chlorideKCl
2.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
5.0 mMbeta-mercaptoethanol
1.0 %Glycerol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Incubated with 50 uM ICEC0942 for 5 min

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 3571 / #0 - 平均露光時間: 2.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 69.0 e/Å2
#0 - 詳細: Movies (69 frames) acquired in 3 x 3 pattern by image shift
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 2 / #1 - 実像数: 5302 / #1 - 平均露光時間: 2.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 69.0 e/Å2
#1 - 詳細: Movies (70 frames) acquired in 3 x 3 pattern by image shift
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 72886 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 10904715
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22123

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 205478
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 180000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: High-resolution, masked classification using 4 classes each for two datasets. One class from each dataset was selected, and the datasets were merged.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xbz


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Real space refinement in PHENIX; ligand coordinates from PHENIX-OPLS3e refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7b5o:
Cryo-EM structure of the human CAK bound to ICEC0942 at 2.5 Angstroms resolution

PDB-7b5q:
Cryo-EM structure of the human CAK bound to ICEC0942 (PHENIX-OPLS3e)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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