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- EMDB-11993: Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11993
タイトルStructure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -3 (structure 1)
マップデータDenoised main map.
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp8) with elongation scaffold containing remdesivir at position -3.
    • 複合体: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12)
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • 複合体: SARS-CoV-2 nsp7 and nsp8
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • 複合体: DNA and RNA
      • RNA: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*G)-D(P*(RMP))-R(P*UP*G)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSARS-CoV-2 / Polymerase / Transcription / Replication / RNA / Remdesivir / Inhibition / Nucleotide Analogue / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kokic G / Hillen HS
資金援助 ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP1784 ドイツ
European Research Council (ERC)682586 ドイツ
European Research Council (ERC)693023 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase stalling by remdesivir.
著者: Goran Kokic / Hauke S Hillen / Dimitry Tegunov / Christian Dienemann / Florian Seitz / Jana Schmitzova / Lucas Farnung / Aaron Siewert / Claudia Höbartner / Patrick Cramer /
要旨: Remdesivir is the only FDA-approved drug for the treatment of COVID-19 patients. The active form of remdesivir acts as a nucleoside analog and inhibits the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of ...Remdesivir is the only FDA-approved drug for the treatment of COVID-19 patients. The active form of remdesivir acts as a nucleoside analog and inhibits the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of coronaviruses including SARS-CoV-2. Remdesivir is incorporated by the RdRp into the growing RNA product and allows for addition of three more nucleotides before RNA synthesis stalls. Here we use synthetic RNA chemistry, biochemistry and cryo-electron microscopy to establish the molecular mechanism of remdesivir-induced RdRp stalling. We show that addition of the fourth nucleotide following remdesivir incorporation into the RNA product is impaired by a barrier to further RNA translocation. This translocation barrier causes retention of the RNA 3'-nucleotide in the substrate-binding site of the RdRp and interferes with entry of the next nucleoside triphosphate, thereby stalling RdRp. In the structure of the remdesivir-stalled state, the 3'-nucleotide of the RNA product is matched and located with the template base in the active center, and this may impair proofreading by the viral 3'-exonuclease. These mechanistic insights should facilitate the quest for improved antivirals that target coronavirus replication.
履歴
登録2020年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0002
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b3b
  • 表面レベル: 0.0002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11993.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Denoised main map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 200.16 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 200.16 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 200.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0002 / ムービー #1: 0.0002
最小 - 最大-0.0011212492 - 0.002032956
平均 (標準偏差)0.0000027598699 (±0.00004564599)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 200.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8340.8340.834
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.160200.160200.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0010.0020.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11993_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11993_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11993_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp...

全体名称: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp8) with elongation scaffold containing remdesivir at position -3.
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp8) with elongation scaffold containing remdesivir at position -3.
    • 複合体: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12)
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • 複合体: SARS-CoV-2 nsp7 and nsp8
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • 複合体: DNA and RNA
      • RNA: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*G)-D(P*(RMP))-R(P*UP*G)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp...

超分子名称: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase complex (nsp12, nsp7, nsp8) with elongation scaffold containing remdesivir at position -3.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12)

超分子名称: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
超分子 #3: SARS-CoV-2 nsp7 and nsp8

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp7 and nsp8 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
超分子 #4: DNA and RNA

超分子名称: DNA and RNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
分子 #1: RNA-directed RNA polymerase nsp12

分子名称: RNA-directed RNA polymerase nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 107.053227 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNASADAQSF LNRVCGVSAA RLTPCGTGTS TDVVYRAFDI YNDKVAGFAK FLKTNCCRFQ EKDEDDNLID SYFVVKRHTF SNYQHEETI YNLLKDCPAV AKHDFFKFRI DGDMVPHISR QRLTKYTMAD LVYALRHFDE GNCDTLKEIL VTYNCCDDDY F NKKDWYDF ...文字列:
SNASADAQSF LNRVCGVSAA RLTPCGTGTS TDVVYRAFDI YNDKVAGFAK FLKTNCCRFQ EKDEDDNLID SYFVVKRHTF SNYQHEETI YNLLKDCPAV AKHDFFKFRI DGDMVPHISR QRLTKYTMAD LVYALRHFDE GNCDTLKEIL VTYNCCDDDY F NKKDWYDF VENPDILRVY ANLGERVRQA LLKTVQFCDA MRNAGIVGVL TLDNQDLNGN WYDFGDFIQT TPGSGVPVVD SY YSLLMPI LTLTRALTAE SHVDTDLTKP YIKWDLLKYD FTEERLKLFD RYFKYWDQTY HPNCVNCLDD RCILHCANFN VLF STVFPP TSFGPLVRKI FVDGVPFVVS TGYHFRELGV VHNQDVNLHS SRLSFKELLV YAADPAMHAA SGNLLLDKRT TCFS VAALT NNVAFQTVKP GNFNKDFYDF AVSKGFFKEG SSVELKHFFF AQDGNAAISD YDYYRYNLPT MCDIRQLLFV VEVVD KYFD CYDGGCINAN QVIVNNLDKS AGFPFNKWGK ARLYYDSMSY EDQDALFAYT KRNVIPTITQ MNLKYAISAK NRARTV AGV SICSTMTNRQ FHQKLLKSIA ATRGATVVIG TSKFYGGWHN MLKTVYSDVE NPHLMGWDYP KCDRAMPNML RIMASLV LA RKHTTCCSLS HRFYRLANEC AQVLSEMVMC GGSLYVKPGG TSSGDATTAY ANSVFNICQA VTANVNALLS TDGNKIAD K YVRNLQHRLY ECLYRNRDVD TDFVNEFYAY LRKHFSMMIL SDDAVVCFNS TYASQGLVAS IKNFKSVLYY QNNVFMSEA KCWTETDLTK GPHEFCSQHT MLVKQGDDYV YLPYPDPSRI LGAGCFVDDI VKTDGTLMIE RFVSLAIDAY PLTKHPNQEY ADVFHLYLQ YIRKLHDELT GHMLDMYSVM LTNDNTSRYW EPEFYEAMYT PHTVLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.175309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARSE DKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT FTYASALWEI Q QVVDADSK ...文字列:
SNAAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARSE DKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT FTYASALWEI Q QVVDADSK IVQLSEISMD NSPNLAWPLI VTALRANSAV KLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 9.521062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SNASKMSDVK CTSVVLLSVL QQLRVESSSK LWAQCVQLHN DILLAKDTTE AFEKMVSLLS VLLSMQGAVD INKLCEEMLD NRATLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #4: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*G)-D(P*(RMP))-R(P*UP*G)-3')

分子名称: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*G)-D(P*(RMP))-R(P*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 4.831936 KDa
配列文字列:
UGAGCCUACG CG(F86)UG

+
分子 #5: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 18.138658 KDa
配列文字列:
UUUUCAUGCA UCGCGUAGGC UCAUACCGUA UUGAGACCUU UUGGUCUCAA UACGGUA

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式
20.0 mMHepes
100.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細30 deg tilt.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.0017 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0004 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1767915
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11007

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: M was used / 使用した粒子像数: 653972
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6yyt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7b3b:
Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -3 (structure 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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