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- EMDB-11991: Cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11991
タイトルCryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3
マップデータDeepEMhancer-postprocessed, local-sharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
試料
  • 複合体: Complement C4b bound to nanobody G3
    • 複合体: Complement C4b
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4b
    • 複合体: Nanobody G3
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody G3
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of molecule of bacterial origin / opsonization / symbiont cell surface / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway ...detection of molecule of bacterial origin / opsonization / symbiont cell surface / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / carbohydrate binding / blood microparticle / inflammatory response / axon / innate immune response / dendrite / synapse / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region ...: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Oosterheert W / De la O Becerra KI / Gros P
資金援助 メキシコ, 1件
OrganizationGrant number国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)604718 メキシコ
引用ジャーナル: J Immunol / 年: 2022
タイトル: Multifaceted Activities of Seven Nanobodies against Complement C4b.
著者: Karla I De la O Becerra / Wout Oosterheert / Ramon M van den Bos / Katerina T Xenaki / Joseph H Lorent / Maartje Ruyken / Arie Schouten / Suzan H M Rooijakkers / Paul M P van Bergen En Henegouwen / Piet Gros /
要旨: Cleavage of the mammalian plasma protein C4 into C4b initiates opsonization, lysis, and clearance of microbes and damaged host cells by the classical and lectin pathways of the complement system. ...Cleavage of the mammalian plasma protein C4 into C4b initiates opsonization, lysis, and clearance of microbes and damaged host cells by the classical and lectin pathways of the complement system. Dysregulated activation of C4 and other initial components of the classical pathway may cause or aggravate pathologies, such as systemic lupus erythematosus, Alzheimer disease, and schizophrenia. Modulating the activity of C4b by small-molecule or protein-based inhibitors may represent a promising therapeutic approach for preventing excessive inflammation and damage to host cells and tissue. Here, we present seven nanobodies, derived from llama () immunization, that bind to human C4b () with high affinities ranging from 3.2 nM to 14 pM. The activity of the nanobodies varies from no to complete inhibition of the classical pathway. The inhibiting nanobodies affect different steps in complement activation, in line with blocking sites for proconvertase formation, C3 substrate binding to the convertase, and regulator-mediated inactivation of C4b. For four nanobodies, we determined single-particle cryo-electron microscopy structures in complex with C4b at 3.4-4 Å resolution. The structures rationalize the observed functional effects of the nanobodies and define their mode of action during complement activation. Thus, we characterized seven anti-C4b nanobodies with diverse effects on the classical pathway of complement activation that may be explored for imaging, diagnostic, or therapeutic applications.
履歴
登録2020年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11991.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer-postprocessed, local-sharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.0017775423 - 2.2719932
平均 (標準偏差)0.0010497267 (±0.022660503)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 308.55 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.02851.02851.0285
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.550308.550308.550
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0022.2720.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11991_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Refined, unsharpened cryo-EM density map of complement C4b...

ファイルemd_11991_additional_1.map
注釈Refined, unsharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local-resolution filtered, sharpened cryo-EM density map of complement...

ファイルemd_11991_additional_2.map
注釈Local-resolution filtered, sharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the refinement of the...

ファイルemd_11991_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the refinement of the cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1 of the refinement of the...

ファイルemd_11991_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the refinement of the cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody G3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complement C4b bound to nanobody G3

全体名称: Complement C4b bound to nanobody G3
要素
  • 複合体: Complement C4b bound to nanobody G3
    • 複合体: Complement C4b
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4b
    • 複合体: Nanobody G3
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody G3

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超分子 #1: Complement C4b bound to nanobody G3

超分子名称: Complement C4b bound to nanobody G3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 14.4 KDa

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超分子 #2: Complement C4b

超分子名称: Complement C4b / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: The purchased C4b is generated from a mixture of C4A and C4B.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Nanobody G3

超分子名称: Nanobody G3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 Codon Plus (DE3)-RIL / 組換プラスミド: pHEN6-Thrombin-his

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分子 #1: Complement C4b

分子名称: Complement C4b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCS PKVDFTLSSE RDFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD S LSRTTNIQ GINLLFSSRR GHLFLQTDQP IYNPGQRVRY RVFALDQKMR ...文字列:
MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCS PKVDFTLSSE RDFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD S LSRTTNIQ GINLLFSSRR GHLFLQTDQP IYNPGQRVRY RVFALDQKMR PSTDTITVMV EN SHGLRVR KKEVYMPSSI FQDDFVIPDI SEPGTWKISA RFSDGLESNS STQFEVKKYV LPN FEVKIT PGKPYILTVP GHLDEMQLDI QARYIYGKPV QGVAYVRFGL LDEDGKKTFF RGLE SQTKL VNGQSHISLS KAEFQDALEK LNMGITDLQG LRLYVAAAII ESPGGEMEEA ELTSW YFVS SPFSLDLSKT KRHLVPGAPF LLQALVREMS GSPASGIPVK VSATVSSPGS VPEVQD IQQ NTDGSGQVSI PIIIPQTISE LQLSVSAGSP HPAIARLTVA APPSGGPGFL SIERPDS RP PRVGDTLNLN LRAVGSGATF SHYYYMILSR GQIVFMNREP KRTLTSVSVF VDHHLAPS F YFVAFYYHGD HPVANSLRVD VQAGACEGKL ELSVDGAKQY RNGESVKLHL ETDSLALVA LGALDTALYA AGSKSHKPLN MGKVFEAMNS YDLGCGPGGG DSALQVFQAA GLAFSDGDQW TLSRKRLSC PKEKTTRKKR NVNFQKAINE KLGQYASPTA KRCCQDGVTR LPMMRSCEQR A ARVQQPDC REPFLSCCQF AESLRKKSRD KGQAGLQRAL EILQEEDLID EDDIPVRSFF PE NWLWRVE TVDRFQILTL WLPDSLTTWE IHGLSLSKTK GLCVATPVQL RVFREFHLHL RLP MSVRRF EQLELRPVLY NYLDKNLTVS VHVSPVEGLC LAGGGGLAQQ VLVPAGSARP VAFS VVPTA AAAVSLKVVA RGSFEFPVGD AVSKVLQIEK EGAIHREELV YELNPLDHRG RTLEI PGNS DPNMIPDGDF NSYVRVTASD PLDTLGSEGA LSPGGVASLL RLPRGCGEQT MIYLAP TLA ASRYLDKTEQ WSTLPPETKD HAVDLIQKGY MRIQQFRKAD GSYAAWLSRD SSTWLTA FV LKVLSLAQEQ VGGSPEKLQE TSNWLLSQQQ ADGSFQDPCP VLDRSMQGGL VGNDETVA L TAFVTIALHH GLAVFQDEGA EPLKQRVEAS ISKANSFLGE KASAGLLGAH AAAITAYAL SLTKAPVDLL GVAHNNLMAM AQETGDNLYW GSVTGSQSNA VSPTPAPRNP SDPMPQAPAL WIETTAYAL LHLLLHEGKA EMADQASAWL TRQGSFQGGF RSTQDTVIAL DALSAYWIAS H TTEERGLN VTLSSTGRNG FKSHALQLNN RQIRGLEEEL QFSLGSKINV KVGGNSKGTL KV LRTYNVL DMKNTTCQDL QIEVTVKGHV EYTMEANEDY EDYEYDELPA KDDPDAPLQP VTP LQLFEG RRNRRRREAP KVVEEQESRV HYTVCIWRNG KVGLSGMAIA DVTLLSGFHA LRAD LEKLT SLSDRYVSHF ETEGPHVLLY FDSVPTSREC VGFEAVQEVP VGLVQPASAT LYDYY NPER RCSVFYGAPS KSRLLATLCS AEVCQCAEGK CPRQRRALER GLQDEDGYRM KFACYY PRV EYGFQVKVLR EDSRAAFRLF ETKITQVLHF TKDVKAAANQ MRNFLVRASC RLRLEPG KE YLIMGLDGAT YDLEGHPQYL LDSNSWIEEM PSERLCRSTR QRAACAQLND FLQEYGTQ G CQV

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分子 #2: Nanobody G3

分子名称: Nanobody G3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASESIFI NNMGWFRQAP GKERELVATI ARDYGPNYAD SAKGRFTITR DNAKNMYLQM NNLKTEDTGV YYCRVVVAGG YYYWGQGTQV TVSSHGSGLV PRGSGGGHHH HHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaPO4sodium phosphate
145.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 1x PBS.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 4.5 seconds, force 1.
詳細Purified components were mixed before vitrification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1658 / 平均露光時間: 6.4 sec. / 平均電子線量: 50.5 e/Å2 / 詳細: 32 frames of 0.2 seconds.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 845087
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4xam
PDB 未公開エントリ


詳細: First crystal structure of C4b.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 207769
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Performed in RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Performed in RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 258848 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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