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- EMDB-11952: Human LAT2-4F2hc complex in the apo-state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11952
タイトルHuman LAT2-4F2hc complex in the apo-state
マップデータ
試料
  • 複合体: Human LAT2 4F2hc complex in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • リガンド: Digitonin
キーワードHATs / amino-acid / transporter / membrane / protein / heterodimer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / toxin transmembrane transporter activity / proline transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / amino acid import across plasma membrane / neutral amino acid transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / exogenous protein binding / anchoring junction / antiporter activity / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / peptide antigen binding / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Rodriguez CF / Escudero-Bravo P
資金援助7件
OrganizationGrant number国
La Caixa FoundationLCF/PR/HR20/52400017
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)SAF2015-64869-R-FEDER
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)RTI2018-094211-B-100-FEDER
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)SAF2017-82632-P
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2015-071348
Generalitat de Catalunya2017 SGR 961
Comunidad de MadridY2018/BIO4747
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural basis for substrate specificity of heteromeric transporters of neutral amino acids.
著者: Carlos F Rodriguez / Paloma Escudero-Bravo / Lucía Díaz / Paola Bartoccioni / Carmen García-Martín / Joan G Gilabert / Jasminka Boskovic / Víctor Guallar / Ekaitz Errasti-Murugarren / ...著者: Carlos F Rodriguez / Paloma Escudero-Bravo / Lucía Díaz / Paola Bartoccioni / Carmen García-Martín / Joan G Gilabert / Jasminka Boskovic / Víctor Guallar / Ekaitz Errasti-Murugarren / Oscar Llorca / Manuel Palacín /
要旨: Despite having similar structures, each member of the heteromeric amino acid transporter (HAT) family shows exquisite preference for the exchange of certain amino acids. Substrate specificity ...Despite having similar structures, each member of the heteromeric amino acid transporter (HAT) family shows exquisite preference for the exchange of certain amino acids. Substrate specificity determines the physiological function of each HAT and their role in human diseases. However, HAT transport preference for some amino acids over others is not yet fully understood. Using cryo-electron microscopy of apo human LAT2/CD98hc and a multidisciplinary approach, we elucidate key molecular determinants governing neutral amino acid specificity in HATs. A few residues in the substrate-binding pocket determine substrate preference. Here, we describe mutations that interconvert the substrate profiles of LAT2/CD98hc, LAT1/CD98hc, and Asc1/CD98hc. In addition, a region far from the substrate-binding pocket critically influences the conformation of the substrate-binding site and substrate preference. This region accumulates mutations that alter substrate specificity and cause hearing loss and cataracts. Here, we uncover molecular mechanisms governing substrate specificity within the HAT family of neutral amino acid transporters and provide the structural bases for mutations in LAT2/CD98hc that alter substrate specificity and that are associated with several pathologies.
履歴
登録2020年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月27日-
マップ公開2021年10月27日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b00
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11952.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.03537637 - 0.0555047
平均 (標準偏差)0.00004061789 (±0.0006465394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 326.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z326.400326.400326.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0350.0560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human LAT2 4F2hc complex in the apo state

全体名称: Human LAT2 4F2hc complex in the apo state
要素
  • 複合体: Human LAT2 4F2hc complex in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • リガンド: Digitonin

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超分子 #1: Human LAT2 4F2hc complex in the apo state

超分子名称: Human LAT2 4F2hc complex in the apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Large neutral amino acids transporter small subunit 2

分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.420133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEGARHRNN TEKKHPGGGE SDASPEAGSG GGGVALKKEI GLVSACGIIV GNIIGSGIFV SPKGVLENAG SVGLALIVWI VTGFITVVG ALCYAELGVT IPKSGGDYSY VKDIFGGLAG FLRLWIAVLV IYPTNQAVIA LTFSNYVLQP LFPTCFPPES G LRLLAAIC ...文字列:
MEEGARHRNN TEKKHPGGGE SDASPEAGSG GGGVALKKEI GLVSACGIIV GNIIGSGIFV SPKGVLENAG SVGLALIVWI VTGFITVVG ALCYAELGVT IPKSGGDYSY VKDIFGGLAG FLRLWIAVLV IYPTNQAVIA LTFSNYVLQP LFPTCFPPES G LRLLAAIC LLLLTWVNCS SVRWATRVQD IFTAGKLLAL ALIIIMGIVQ ICKGEYFWLE PKNAFENFQE PDIGLVALAF LQ GSFAYGG WNFLNYVTEE LVDPYKNLPR AIFISIPLVT FVYVFANVAY VTAMSPQELL ASNAVAVTFG EKLLGVMAWI MPI SVALST FGGVNGSLFT SSRLFFAGAR EGHLPSVLAM IHVKRCTPIP ALLFTCISTL LMLVTSDMYT LINYVGFINY LFYG VTVAG QIVLRWKKPD IPRPIKINLL FPIIYLLFWA FLLVFSLWSE PVVCGIGLAI MLTGVPVYFL GVYWQHKPKC FSDFI ELLT LVSQKMCVVV YPEVERGSGT EEANEDMEEQ QQPMYQPTPT KDKDVAGQPQ P

UniProtKB: Large neutral amino acids transporter small subunit 2

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分子 #2: Isoform 2 of 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: Isoform 2 of 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.003652 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSQDTEVDMK EVELNELEPE KQPMNAASGA AMSLAGAEKN GLVKIKVAED EAEAAAAAKF TGLSKEELLK VAGSPGWVRT RWALLLLFW LGWLGMLAGA VVIIVRAPRC RELPAQKWWH TGALYRIGDL QAFQGHGAGN LAGLKGRLDY LSSLKVKGLV L GPIHKNQK ...文字列:
MSQDTEVDMK EVELNELEPE KQPMNAASGA AMSLAGAEKN GLVKIKVAED EAEAAAAAKF TGLSKEELLK VAGSPGWVRT RWALLLLFW LGWLGMLAGA VVIIVRAPRC RELPAQKWWH TGALYRIGDL QAFQGHGAGN LAGLKGRLDY LSSLKVKGLV L GPIHKNQK DDVAQTDLLQ IDPNFGSKED FDSLLQSAKK KSIRVILDLT PNYRGENSWF STQVDTVATK VKDALEFWLQ AG VDGFQVR DIENLKDASS FLAEWQNITK GFSEDRLLIA GTNSSDLQQI LSLLESNKDL LLTSSYLSDS GSTGEHTKSL VTQ YLNATG NRWCSWSLSQ ARLLTSFLPA QLLRLYQLML FTLPGTPVFS YGDEIGLDAA ALPGQPMEAP VMLWDESSFP DIPG AVSAN MTVKGQSEDP GSLLSLFRRL SDQRSKERSL LHGDFHAFSA GPGLFSYIRH WDQNERFLVV LNFGDVGLSA GLQAS DLPA SASLPAKADL LLSTQPGREE GSPLELERLK LEPHEGLLLR FPYAA

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2

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分子 #4: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: CTF refinement in cisTEM / 使用した粒子像数: 176132
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7b00:
Human LAT2-4F2hc complex in the apo-state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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