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- EMDB-11934: Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to mono-ubiquitinated FANCD2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11934
タイトルCryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to mono-ubiquitinated FANCD2, and FANCI
マップデータGlobally sharpened map
試料
  • 複合体: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA
    • 複合体: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (61-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードdeubiquitination / specificity / DNA repair / Fanconi Anemia / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / monoubiquitinated protein deubiquitination / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance ...regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / monoubiquitinated protein deubiquitination / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / deubiquitinase activator activity / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA repair complex / skeletal system morphogenesis / skin development / seminiferous tubule development / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / homeostasis of number of cells / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / protein deubiquitination / single fertilization / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / embryonic organ development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / interstrand cross-link repair / regulation of DNA repair / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / response to UV / condensed chromosome / DNA polymerase binding / Maturation of protein E / Maturation of protein E / cytosolic ribosome / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of epithelial cell proliferation / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway
類似検索 - 分子機能
WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain ...WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / WD repeat-containing protein 48 / Fanconi anemia group D2 protein / Fanconi anemia group I protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rennie ML / Arkinson C
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2015-CoG-681582 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/12 英国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of FANCD2 deubiquitination by USP1-UAF1.
著者: Martin L Rennie / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Rachel Toth / Helen Walden /
要旨: Ubiquitin-specific protease 1 (USP1) acts together with the cofactor UAF1 during DNA repair processes to specifically remove monoubiquitin signals. One substrate of the USP1-UAF1 complex is the ...Ubiquitin-specific protease 1 (USP1) acts together with the cofactor UAF1 during DNA repair processes to specifically remove monoubiquitin signals. One substrate of the USP1-UAF1 complex is the monoubiquitinated FANCI-FANCD2 heterodimer, which is involved in the repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anemia pathway. Here we determine structures of human USP1-UAF1 with and without ubiquitin and bound to monoubiquitinated FANCI-FANCD2. The crystal structures of USP1-UAF1 reveal plasticity in USP1 and key differences to USP12-UAF1 and USP46-UAF1, two related proteases. A cryo-EM reconstruction of USP1-UAF1 in complex with monoubiquitinated FANCI-FANCD2 highlights a highly orchestrated deubiquitination process, with USP1-UAF1 driving conformational changes in the substrate. An extensive interface between UAF1 and FANCI, confirmed by mutagenesis and biochemical assays, provides a molecular explanation for the requirement of both proteins, despite neither being directly involved in catalysis. Overall, our data provide molecular details of USP1-UAF1 regulation and substrate recognition.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structural basis of FANCD2 deubiquitination by USP1-UAF1
著者: Rennie ML / Arkinson C / Chaugule VK / Toth R / Walden H
履歴
登録2020年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ay1
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.8 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.8 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.8290775 - 1.7649769
平均 (標準偏差)-0.001652111 (±0.050598904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 324.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0151.0151.015
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.800324.800324.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.8291.765-0.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11934_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer map using the high resolution deep learning model

ファイルemd_11934_additional_1.map
注釈DeepEMhancer map using the high resolution deep learning model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally filtered and sharpened map

ファイルemd_11934_additional_2.map
注釈Locally filtered and sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_11934_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_11934_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA

全体名称: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA
要素
  • 複合体: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA
    • 複合体: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (61-MER)
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA

超分子名称: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub-dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 490 KDa

+
超分子 #2: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub

超分子名称: Enzyme substrate complex of USP1-UAF1 and FANCI-FANCD2ub
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Fanconi anemia group I protein

分子名称: Fanconi anemia group I protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150.459125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGTL RRRKIYTCCI QLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI ILTALATKKE NLAYGKGVLS G EECKKQLI ...文字列:
MHHHHHHMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGTL RRRKIYTCCI QLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI ILTALATKKE NLAYGKGVLS G EECKKQLI NTLCSGRWDQ QYVIQLTSMF KDVPLTAEEV EFVVEKALSM FSKMNLQEIP PLVYQLLVLS SKGSRKSVLE GI IAFFSAL DKQHNEEQSG DELLDVVTVP SGELRHVEGT IILHIVFAIK LDYELGRELV KHLKVGQQGD SNNNLSPFSI ALL LSVTRI QRFQDQVLDL LKTSVVKSFK DLQLLQGSKF LQNLVPHRSY VSTMILEVVK NSVHSWDHVT QGLVELGFIL MDSY GPKKV LDGKTIETSP SLSRMPNQHA CKLGANILLE TFKIHEMIRQ EILEQVLNRV VTRASSPISH FLDLLSNIVM YAPLV LQSC SSKVTEAFDY LSFLPLQTVQ RLLKAVQPLL KVSMSMRDCL ILVLRKAMFA NQLDARKSAV AGFLLLLKNF KVLGSL SSS QCSQSLSVSQ VHVDVHSHYN SVANETFCLE IMDSLRRCLS QQADVRLMLY EGFYDVLRRN SQLANSVMQT LLSQLKQ FY EPKPDLLPPL KLEACILTQG DKISLQEPLD YLLCCIQHCL AWYKNTVIPL QQGEEEEEEE EAFYEDLDDI LESITNRM I KSELEDFELD KSADFSQSTS IGIKNNICAF LVMGVCEVLI EYNFSISSFS KNRFEDILSL FMCYKKLSDI LNEKAGKAK TKMANKTSDS LLSMKFVSSL LTALFRDSIQ SHQESLSVLR SSNEFMRYAV NVALQKVQQL KETGHVSGPD GQNPEKIFQN LCDITRVLL WRYTSIPTSV EESGKKEKGK SISLLCLEGL QKIFSAVQQF YQPKIQQFLR ALDVTDKEGE EREDADVSVT Q RTAFQIRQ FQRSLLNLLS SQEEDFNSKE ALLLVTVLTS LSKLLEPSSP QFVQMLSWTS KICKENSRED ALFCKSLMNL LF SLHVSYK SPVILLRDLS QDIHGHLGDI DQDVEVEKTN HFAIVNLRTA APTVCLLVLS QAEKVLEEVD WLITKLKGQV SQE TLSEEA SSQATLPNQP VEKAIIMQLG TLLTFFHELV QTALPSGSCV DTLLKDLCKM YTTLTALVRY YLQVCQSSGG IPKN MEKLV KLSGSHLTPL CYSFISYVQN KSKSLNYTGE KKEKPAAVAT AMARVLRETK PIPNLIFAIE QYEKFLIHLS KKSKV NLMQ HMKLSTSRDF KIKGNILDMV LREDGEDENE EGTASEHGGQ NKEPAKKKRK K

UniProtKB: Fanconi anemia group I protein

+
分子 #2: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 164.623828 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRR HPSYPKIIEE FVSGLESYIE DEDSFRNCLL SCERLQDEEA SMGASYSKSL IKLLLGIDIL QPAIIKTLFE K LPEYFFEN ...文字列:
GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRR HPSYPKIIEE FVSGLESYIE DEDSFRNCLL SCERLQDEEA SMGASYSKSL IKLLLGIDIL QPAIIKTLFE K LPEYFFEN KNSDEINIPR LIVSQLKWLD RVVDGKDLTT KIMQLISIAP ENLQHDIITS LPEILGDSQH ADVGKELSDL LI ENTSLTV PILDVLSSLR LDPNFLLKVR QLVMDKLSSI RLEDLPVIIK FILHSVTAMD TLEVISELRE KLDLQHCVLP SRL QASQVK LKSKGRASSS GNQESSGQSC IILLFDVIKS AIRYEKTISE AWIKAIENTA SVSEHKVFDL VMLFIIYSTN TQTK KYIDR VLRNKIRSGC IQEQLLQSTF SVHYLVLKDM CSSILSLAQS LLHSLDQSII SFGSLLYKYA FKFFDTYCQQ EVVGA LVTH ICSGNEAEVD TALDVLLELV VLNPSAMMMN AVFVKGILDY LDNISPQQIR KLFYVLSTLA FSKQNEASSH IQDDMH LVI RKQLSSTVFK YKLIGIIGAV TMAGIMAADR SESPSLTQER ANLSDEQCTQ VTSLLQLVHS CSEQSPQASA LYYDEFA NL IQHEKLDPKA LEWVGHTICN DFQDAFVVDS CVVPEGDFPF PVKALYGLEE YDTQDGIAIN LLPLLFSQDF AKDGGPVT S QESGQKLVSP LCLAPYFRLL RLCVERQHNG NLEEIDGLLD CPIFLTDLEP GEKLESMSAK ERSFMCSLIF LTLNWFREI VNAFCQETSP EMKGKVLTRL KHIVELQIIL EKYLAVTPDY VPPLGNFDVE TLDITPHTVT AISAKIRKKG KIERKQKTDG SKTSSSDTL SEEKNSECDP TPSHRGQLNK EFTGKEEKTS LLLHNSHAFF RELDIEVFSI LHCGLVTKFI LDTEMHTEAT E VVQLGPPE LLFLLEDLSQ KLESMLTPPI ARRVPFLKNK GSRNIGFSHL QQRSAQEIVH CVFQLLTPMC NHLENIHNYF QC LAAENHG VVDGPGVKVQ EYHIMSSCYQ RLLQIFHGLF AWSGFSQPEN QNLLYSALHV LSSRLKQGEH SQPLEELLSQ SVH YLQNFH QSIPSFQCAL YLIRLLMVIL EKSTASAQNK EKIASLARQF LCRVWPSGDK EKSNISNDQL HALLCIYLEH TESI LKAIE EIAGVGVPEL INSPKDASSS TFPTLTRHTF VVFFRVMMAE LEKTVKKIEP GTAADSQQIH EEKLLYWNMA VRDFS ILIN LIKVFDSHPV LHVCLKYGRL FVEAFLKQCM PLLDFSFRKH REDVLSLLET FQLDTRLLHH LCGHSKIHQD TRLTQH VPL LKKTLELLVC RVKAMLTLNN CREAFWLGNL KNRDLQGEEI KSQNSQESTA DESEDDMSSQ ASKSKATEDG EEDEVSA GE KEQDSDESYD DSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

+
分子 #3: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.875125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GPGSMQIFVK TLTGKTITLE VEPSDTIENV KAKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein

+
分子 #4: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.390273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TSYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP ...文字列:
GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TSYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP EKYTDELATQ PRRLLNTLRE LNPMYEGYLQ HDAQEVLQCI LGNIQETCQL LKKEEVKNVA ELPTKVEEIP HP KEEMNGI NSIEMDSMRH SEDFKEKLPK GNGKRKSDTE FGNMKKKVKL SKEHQSLEEN QRQTRSKRKA TSDTLESPPK IIP KYISEN ESPRPSQKKS RVKINWLKSA TKQPSILSKF CSLGKITTNQ GVKGQSKENE CDPEEDLGKC ESDNTTNGCG LESP GNTVT PVNVNEVKPI NKGEEQIGFE LVEKLFQGQL VLRTRCLECE SLTERREDFQ DISVPVQEDE LSKVEESSEI SPEPK TEMK TLRWAISQFA SVERIVGEDK YFCENCHHYT EAERSLLFDK MPEVITIHLK CFAASGLEFD CYGGGLSKIN TPLLTP LKL SLEEWSTKPT NDSYGLFAVV MHSGITISSG HYTASVKVTD LNSLELDKGN FVVDQMCEIG KPEPLNEEEA RGVVENY ND EEVSIRVGGN TQPSKVLNKK NVEAIGLLAA QKSKADYELY NKASNPDKVA STAFAENRNS ETSDTTGTHE SDRNKESS D QTGINISGFE NKISYVVQSL KEYEGKWLLF DDSEVKVTEE KDFLNSLSPS TSPTSTPYLL FYKKL

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

+
分子 #5: WD repeat-containing protein 48

分子名称: WD repeat-containing protein 48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.300656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSMAA HHRQNTAGRR KVQVSYVIRD EVEKYNRNGV NALQLDPALN RLFTAGRDSI IRIWSVNQHK QDPYIASME HHTDWVNDIV LCCNGKTLIS ASSDTTVKVW NAHKGFCMST LRTHKDYVKA LAYAKDKELV ASAGLDRQIF L WDVNTLTA ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSMAA HHRQNTAGRR KVQVSYVIRD EVEKYNRNGV NALQLDPALN RLFTAGRDSI IRIWSVNQHK QDPYIASME HHTDWVNDIV LCCNGKTLIS ASSDTTVKVW NAHKGFCMST LRTHKDYVKA LAYAKDKELV ASAGLDRQIF L WDVNTLTA LTASNNTVTT SSLSGNKDSI YSLAMNQLGT IIVSGSTEKV LRVWDPRTCA KLMKLKGHTD NVKALLLNRD GT QCLSGSS DGTIRLWSLG QQRCIATYRV HDEGVWALQV NDAFTHVYSG GRDRKIYCTD LRNPDIRVLI CEEKAPVLKM ELD RSADPP PAIWVATTKS TVNKWTLKGI HNFRASGDYD NDCTNPITPL CTQPDQVIKG GASIIQCHIL NDKRHILTKD TNNN VAYWD VLKACKVEDL GKVDFEDEIK KRFKMVYVPN WFSVDLKTGM LTITLDESDC FAAWVSAKDA GFSSPDGSDP KLNLG GLLL QALLEYWPRT HVNPMDEEEN EVNHVNGEQE NRVQKGNGYF QVPPHTPVIF GEAGGRTLFR LLCRDSGGET ESMLLN ETV PQWVIDITVD KNMPKFNKIP FYLQPHASSG AKTLKKDRLS ASDMLQVRKV MEHVYEKIIN LDNESQTTSS SNNEKPG EQ EKEEDIAVLA EEKIELLCQD QVLDPNMDLR TVKHFIWKSG GDLTLHYRQK ST

UniProtKB: WD repeat-containing protein 48

+
分子 #6: DNA (61-MER)

分子名称: DNA (61-MER) / タイプ: dna / ID: 6
詳細: Arbitrary DNA sequence modelled due to insufficient local resolution to determine sequence register. DNA used TGATCAGAGGTCATTTGAATTCATGGCTTCGAGCTTCATGTAGAGTCGACGGTGCTGGGAT
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.17782 KDa
配列文字列:
(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClNaCl
2.0 mMC4H10O2S2DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 14.9 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 249732
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in cryosparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13.2) / 使用した粒子像数: 391552
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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