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- EMDB-11895: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11895
タイトル43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 helicase bound with ATP
マップデータ
試料
  • 複合体: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60
    • タンパク質・ペプチド: kDDX60
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードpreinitiation / factors / kinetoplastid / helicase / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DEAD/H RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Bochler A / Brito Querido J
資金援助 フランス, チェコ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2017-STG#759120TransTryp フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR10LABX0036NETRNA フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR 14 ACHN0024 CryoEM80S フランス
Czech Science FoundationGrant of Excellence in Basic Research (EXPRO2019) チェコ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Differences in Translation Initiation between Pathogenic Trypanosomatids and Their Mammalian Hosts.
著者: Anthony Bochler / Jailson Brito Querido / Terezie Prilepskaja / Heddy Soufari / Angelita Simonetti / Mayara Lucia Del Cistia / Lauriane Kuhn / Aline Rimoldi Ribeiro / Leoš Shivaya Valášek / Yaser Hashem /
要旨: Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation ...Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation factors (eIFs) to the small ribosomal subunit (40S). Compared to their mammalian hosts, trypanosomatids present significant structural differences in their 40S, suggesting substantial variability in translation initiation. Here, we determine the structure of the 43S PIC from Trypanosoma cruzi, the parasite causing Chagas disease. Our structure shows numerous specific features, such as the variant eIF3 structure and its unique interactions with the large rRNA expansion segments (ESs) 9, 7, and 6, and the association of a kinetoplastid-specific DDX60-like helicase. It also reveals the 40S-binding site of the eIF5 C-terminal domain and structures of key terminal tails of several conserved eIFs underlying their activities within the PIC. Our results are corroborated by glutathione S-transferase (GST) pull-down assays in both human and T. cruzi and mass spectrometry data.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ask
  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ask
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.635 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0344 / ムービー #1: 0.0344
最小 - 最大-0.12133194 - 0.2213153
平均 (標準偏差)0.0005708663 (±0.010546387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 490.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6351.6351.635
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z490.500490.500490.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1210.2210.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicas...

全体名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60
要素
  • 複合体: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60
    • タンパク質・ペプチド: kDDX60
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicas...

超分子名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

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分子 #1: kDDX60

分子名称: kDDX60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 246.749875 KDa
配列文字列: MSSRYRELIA IFGEFLEEND FHVRISMDRV GEVKTLFSAK TIPVESETEA AIEVVTIEAA RRRDALRRTC NAVLRTRHSD QHVDVGTIV ADEEERLAWK FLIGALAAKN SEILPVVEAE LLLAAVEYHY ATARPELCDM FVHLSASEMF FIDGDSLFMA A LSPQSVDW ...文字列:
MSSRYRELIA IFGEFLEEND FHVRISMDRV GEVKTLFSAK TIPVESETEA AIEVVTIEAA RRRDALRRTC NAVLRTRHSD QHVDVGTIV ADEEERLAWK FLIGALAAKN SEILPVVEAE LLLAAVEYHY ATARPELCDM FVHLSASEMF FIDGDSLFMA A LSPQSVDW DLIQPLHVIY NAQKLLYDMH CRGARFHVVF FDSLLWIWES APAKLFMREN LRKTLMSLSE NDAKVGLSIS NF SSYYSEA FETYVKQWEP EFILMSDGEQ LGRLNPLQAF FVRPSAANNT HDSRRKANYT DADEANPYRL RRQYRSIVED EAV GDKAAL YYRCIHLWAA TRRLKVAYSS RIIYKENAMV VFTVRVDGAS FERAVTIESD VQALAQSMEH EVQLPAISSA SLGL LDEED LSCRERVVYA ALHAYLRASA RSEQEHQLCQ ALAITTYITG YLNKEARAQQ VRPNPILAGF LNEISPFLLA VWRHA DCTN GNGQEFDLID GHLFSAVSQQ LRTASVSELF DEYGVEDIES TWGVLDDQGS ADIVNAPLSY LPVIDSVDVE KLQPYP LIT HELVERLAKG FGISTHRADA PYPTDFGAAN ELAGWDITTP FDRLNDVIDA EGDAIAKSMM TEKEAKNVQE YYKKFVR NA LKQAQSMGIS GFAAHELAMV CSDNDSDDDA GGNSANNKTA GAKKVNKEHA GQRNKKERSK EDEIRERSNV IAATATVA E WHKQMNHLLH AVDMSHGRTT NRDRDESINT IMAAIKRLSQ EKFGKNFDPG YTLGGSTNTA VPLKLEMWRL LVAASQLRE VEFAFAMEDP ALKDSKGASK KKDSKSEYKM LYGFHVINQF VEREAVKGNH WGQLDPLRKA KPDMTIVEAR SYLRWVYLSF VEMHIQLKL KCRVVKLQLE NWRAERERAR LAQESPKIAL GIPLFLYCHH HVLAVIRDEG PRMSSEDIDT VRSALKHFDL P DSYYNKLD QCIARWQNMT LGTLLPSLLP QDKQLFETPE MLQLIHMGHL LERPFVREHD YRVAFNPDNW QRELLDIVDG RG SAVVCAP TSAGKTFISY YCMYKALRRT NKKVVVYLAP ARALINQAVA DVCARYGSKK YKNPGRYIYG ALGGADYHQF HDS CQVLLT VPETFETMLL SPKYTDWVEL IDYVILDEIH SMESNGNGDV WERILALLPC PFVALSATLG ETQQLCSWLN RVQG RLKEQ TEEMSGKMRD FEVHLLPSEG KSIQRWNDIK KYIYLPPPGA ALTQKKIKAQ YNNCYIRDLH PLSILTADQL QRGFP PDIS LVPSEVVSLF EKMHSKFNEV VWPNYSSLQL AKTLRAQLML IEPSKYFEAE TYITQERARQ YEAEVKNAFA YWAYLG HEG CELPENLVEE DLDDFSASMN MAVESILRTF AQKLNEDEAL LERHAADGME KKKRMLLRQQ HLQLLQQQEQ ENEPNQE ES MEQKSEEQGG AQEEEQEKET VGSVSFPGSR QFIREHILNV LRELIARDMG PTIVFSFESE DCGDLVKYVV EQLEEAES R YRKTNEFALY KARIERAAAA QEARRKQRES TLKQKRLTTG DDGDVEVADR DMSDGEGEDE LFVVPDVLPE FTFIGEKCT VEPEVVDSLM EDCEKEGEDL LLRALQRGIG MHHAGVKGKL RAHVERLFRG RHCGVIFSTE TLALGIHSPC RSVVLAGDHI LLNPTQFRQ MMGRAGRRGL DYLGHLVFLG ITMRRIKRLM TSSMTVIKGN VQMDPISNLR LLQLYDFNTL RHLKNEAGWK T HVLKLAER LFVNPLFFQG RNSVAGGNME GFTVEWLQML LGYFQREGLH FSDHASSLGS ILQDAMYVFR EAHVGNEGFS FI RMLTSGV FDKAHYSPLY DKKLNSGVLD EPLAELLAYL FSTHQTCGVP LEMHRSALLD PAVSTLWEGK TGPTQHRAVL SPI DVCSPT IHAFDNTDFF ALLSAFYNYL ASHLAPQTGA ALRLPCMKST NKKCRIFGGG STEFLLKQKL QESSVPYKAR SPFV AISGC GDLFTSVDDV TFTLRDGLYC DRTLLPILDL ADGWRHDGAQ ILINACLLDF LRAKAQIDTT RKNYRFTLLE ELNGL SQSL SYAVLNRAEK ILSNLAGLVR PTKLPRAKVL TAIMPDESEE GIFMAGAPRL LEVAERLNSL QPQIQKRLAE ELLTAK WAK RISEMNAQRK D

UniProtKB: ATP-dependent DEAD/H RNA helicase

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4f93

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19700
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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